Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

Ejemplo: ALFABETO y FABRICA
A A B - E F - L O T - (ALFABETO)
A A B C – F I - - - R (FABRICA)
Respuesta:
Falso. El orden de los residuos en cada secuencia debe preservarse y en este caso, al ordenar
alfabéticamente, esto no ocurre.
La primera B de fábrica, por ejemplo, está antes de la F y después de la segunda A en el
alineamiento, cuando el orden correcto es FaBricA.
Practiejemplos:
1. Visualizando similitud entre secuencias
Practiejemplo A - El Dotplot
El alineamiento de secuencias es la herramienta más importante de la bioinformática
actualmente. Para empezar a entender porqué conviene realizar alineamientos, empecemos
explorando una herramienta para visualizar el parecido entre dos secuencias: el Dotplot.
1. Ingrese a la siguiente página Web, que contiene un pequeño tutorial acerca del Dotplot:
http://imagebeat.com/dotplot/
Si bien no está pensada para explicar las aplicaciones biológicas de un Dotplot, sirve
para ilustrar el concepto.
2. Haga clic en el vínculo “Overview” que se encuentra en la parte inferior de la página.
Esto lo lleva a la descripción de qué es un Dotplot.
3. Como notará, es una forma de representar la similitud entre dos secuencias de texto
mediante tablas. En el ejemplo con el texto “to be or not to be” la tabla tiene un punto
en todas las celdas (esto es, cruces entre fila y columna) en donde la palabra en la fila
y la columna es la misma.
Naturalmente, todas las celdas en la diagonal principal de la tabla tendrán un punto.
Pero lo interesante es ver lo que ocurre por fuera de la diagonal o cuando tenemos una
secuencia en orden vertical y otra diferente en orden horizontal.
4. Haga clic en el vínculo “interpretation” de la parte inferior. Esta página resume algunos
patrones comunes que se pueden visualizar.
5. Note, por ejemplo, cómo identificar si una sub-secuencia está repetida dentro de la
secuencia completa (el ejemplo de abcdefghiabcdefghi). La sub-secuencia que se
repite aparece como un par de líneas paralelas a la diagonal principal.
6. También existe la posibilidad de encontrar inserciones en una de las sub-secuencias
que se repiten. En lugar de tener una línea continua (paralela a la diagonal principal),
se tiene una línea fragmentada – como si hubieran cortado y movido un pedazo de la
línea original.
7. Estudie también la forma de visualizar reordenamientos. ¿Cómo describiría este
patrón?
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