Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

El último menú desplegable permite graduar el Zoom. Para este ejemplo particular,
escojamos un Zoom de 1:5.
6. Al hacer clic en “compute” se genera nuestra representación gráfica. Es evidente la
línea blanca en la diagonal principal, que es la misma que vimos en todos los Dotplot
del ejemplo pasado. Sin embargo, las otras líneas se ven difusas.
Para mejorar esto usemos los controles que están a la derecha del gráfico. En ella, se
ve un histograma en la parte central, y dos barras de deslizamiento: una arriba y otra
abajo. Ajuste la barra de deslizamiento superior moviéndola totalmente a la izquierda y
la barra de desplazamiento inferior completamente a la derecha. Hasta ahora sólo
cambió el color, de forma que lo que era blanco ahora es negro y viceversa.
Luego, mueva poco a poco las barras de desplazamiento hacia el centro, y note que
mientras lo hace van desapareciendo las líneas más claras y resaltándose las más
oscuras.
Con algo de práctica, la imagen se parecerá a la que se encuentra en la siguiente
página Web:
http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/repeats.html
Lea el texto que aparece en esta página. ¿Nota como se pueden distinguir dominios
repetidos en una proteína mediante Dotlet?
7. En la parte inferior de la página del Dotlet está el alineamiento entre los residuos. Si
hace clic (con suficiente precisión) sobre una de las líneas oscuras, verá en la parte
inferior cuáles residuos son idénticos alrededor de esa fila-columa particular.
Pruebe lo siguiente: haga clic cerca de la diagonal principal y presione las flechas en el
teclado hasta estar seguro que el cursor se encuentra sobre ésta. ¿Ve como todos los
residuos se alinean unos con otros, resaltados en azul? Ahora presione alguna de las
flechas del teclado, para tener como referencia un alineamiento corrido en un residuo.
¿Nota la diferencia en la cantidad de identidades?
En este ejemplo logró identificar dominios repetidos en una proteína usando únicamente la
secuencia. Note la diferencia que supone esto con analizar la estructura tridimensional de la
molécula mediante cristalografía de rayos X, que es un procedimiento largo y complicado.
Sin embargo, no sobra recalcar que mediante Dotlet sólo podemos plantear la hipótesis de que
hay dominios repetidos. Para comprobarlo es necesario un experimento, como determinar la
estructura tridimensional.
Dos conceptos que vimos en el capítulo 1 adquieren aquí especial importancia: selectividad y
sensibilidad. Para poder resaltar las características de la molécula debemos ocultar
selectivamente el ruido, pero ser suficientemente sensibles para ver más que sólo la identidad
de la diagonal principal.
Ejercicio:
Repita el ejercicio, esta vez con las secuencias que se encuentran en la página:
http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/exonintron.html
Requiere presionar el botón “input” dos veces, para poder ingresar las dos secuencias. Debe
poder ver la imagen de forma casi idéntica a la del ejemplo.
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