Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

7. Con base en estos Scores, ClustalW genera un cladograma y un filograma. El que se
carga primero es el cladograma, pero a nosotros nos interesa más en este momento el
filograma. Para visualizarlo, haga clic en el botón “Show as Phylogram Tree”.
En la parte inferior de la página aparece entonces el árbol filogenético, donde la
longitud de las ramas se relaciona con la distancia evolutiva entre las especies. Note
como todos los vertebrados se encuentran relativamente cerca entre sí, seguidos
después por el gusano (Caenorhabditis elegans), y finalmente por la levadura (un
hongo) y la planta.
Hemos visto como la comparación de varias secuencias mediante alineamientos múltiples nos
puede dar una idea de la filogenia (parentesco evolutivo). Sin embargo, hay detalles que no
cuadran. Por ejemplo, el humano parece ser más cercano a la rata, el ratón y el perro que al
chimpancé (algunos argumentarán en broma que esto tiene sentido). Esto se debe a que el
Score del alineamiento entre humano y rata es 99 mientras que el Score entre el humano y el
chimpancé es 95. Pero surge la pregunta, ¿es suficiente una diferencia de tres puntos en el
Score para definir relaciones filogenéticas?
En el siguiente capítulo, cuando hablemos acerca de puntajes en los alineamientos, trataremos
de dar una respuesta parcial a esta pregunta.
Ejercicio:
En el siguiente vínculo hay cinco secuencias:
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/Clustal02.txt
Las primeras dos pertenecen a humanos. Las siguientes dos fueron extraídas de un
chimpancé.
La quinta secuencia tiene origen desconocido, pero se sabe que pertenece a alguna de las dos
especies y que está en el mismo locus.
¿Cuál es el origen más probable de la última secuencia?
3. Aplicaciones basadas en alineamientos
Practiejemplo A – Encontrar exones e intrones a partir de la proteína y su ADN
correspondiente
En la sección anterior el énfasis estuvo en la parte conceptual. Conocimos los alineamientos
locales y globales, además de conocer un programa para cada uno de estos tipos de
alineamiento: BLAST hace alineamientos locales contra una base de datos, mientras que
ClustalW hace alineamientos globales múltiples.
Haciendo uso de los conceptos de la sección anterior puede usted resolver muchos problemas
concretos. En el ejercicio que acompaña al Practiejemplo 2A, por ejemplo, se pide encontrar
los intrones y exones de un gen, si se tiene una secuencia de ADN y su mRNA respectivo.
Un ligero cambio en el problema se pretende resolver en este ejemplo: en lugar de tener la
secuencia de mRNA tenemos la secuencia de la proteína que codifica. ¿Cómo resolver este
problema?
Es posible hacerlo en tres pasos: el primero sería elaborar una lista de todos los mRNAs que
pueden codificar la proteína. Esto se puede hacer a mano o mediante un pequeño programa de
computador que genere la lista.
El segundo paso sería ver cuál de todos los mRNAs de la lista es el mejor candidato a ser
codificado por la secuencia de ADN que tenemos. Esto se puede hacer mediante alineamientos
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