Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias

Ejercicios
Introducción
Los ejercicios de este capítulo son una simulación de una rutina común en bioinformática: se
aísla un pedazo de ADN, se obtiene la secuencia, y mediante ésta se pretende inferir la mayor
cantidad de información posible usando de bases de datos.
El ejemplo dista de representar una situación real en algunos casos (las secuencias del primer
ejercicio, por ejemplo, no presentan errores de secuenciación y no tienen repeticiones que
generen ambigüedad). Aún así, los conceptos que subyacen son los mismos.
Primer ejercicio
El resultado de un experimento de secuenciación es un electroferograma, en donde cada pico
corresponde a un nucleótido específico en el ADN (ver un ejemplo en el siguiente vínculo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?cmd=retrieve&size=479999&s=search&m=obtain
&retrieve=Submit&val=1386897769&x_join=and&x_field=CENTER_NAME&x_cond=%3D&file=t
race&gz=on&fasta=on&dopt=trace&dispmax=5&page=1) . La secuencia de ADN obtenida de
un diagrama de este estilo tiene un tamaño de aproximadamente 700 nucleótidos, por lo que se
requieren varias pasadas para secuenciar un gen completo. Estas secuencias deben
ensamblarse, esto es, compararse entre sí para determinar una secuencia consenso de todo el
gen.
Además de que sólo es posible secuenciar pedazos cortos de ADN, muchos picos de los
electroferogramas son ambiguos. Esto lleva a que dos secuencias – así pertenezcan a la
misma región cromosómica – parezcan tener un orden diferente de nucleótidos.
Si bien existen programas especializados en secuenciación (que van desde el análisis del
electroferograma, pasando por la optimización de las secuencias para el alineamiento, hasta el
análisis conjunto de varios experimentos de secuenciación para obtener una secuencia
consenso), vamos a usar las herramientas de este capítulo para obtener un resultado
aproximado.
En la siguiente página Web hay tres secuencias que deben ensamblarse en un orden
específico (esto significa, que una secuencia representa el inicio, otra el segmento medio y la
tercera el extremo final):
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/Ejer05_01_01.txt
Sin embargo, no se sabe en qué orden deben ir. Usando Dotlet determine: ¿cuál es la
secuencia inicial, cuál es la intermedia y cuál es la final?
Pista: Las siguientes secuencias, pertenecientes a otro gen, están en orden (“Secuencia_1” es
el segmento corriente arriba y “Secuencia_2” el segmento corriente abajo):
http://bioinformate.uniandes.edu.co/Secuencias/Ejer05_01_02.txt
Practiejemplos de repaso:
1A, 1B
Segundo ejercicio
(Depende del ejercicio anterior)
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