Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias
Capítulo 5: Introducción a los alineamientos de secuencias
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En el siguiente capítulo apren<strong>de</strong>remos qué se tiene en cuenta al calcular un Score y un<br />
“e-value”, y cómo éste último se relaciona con la probabilidad <strong>de</strong> que el alineamiento<br />
conseguido se <strong>de</strong>ba únicamente al azar.<br />
Recuer<strong>de</strong>: cuando usted hace un alineamiento global está suponiendo que tiene en frente<br />
<strong>secuencias</strong> homólogas y va a comparar su historia evolutiva al analizar <strong>los</strong> cambios que se han<br />
presentado.<br />
Cuando usted hace <strong>alineamientos</strong> locales usted estudia la conservación local <strong>de</strong> sus residuos.<br />
Esto le permite inferir (en caso que la similitud no sea explicable razonablemente por azar) que<br />
las dos proteínas son homólogas.<br />
Note el or<strong>de</strong>n <strong>de</strong> <strong>los</strong> supuestos. En el primer caso está suponiendo homología y en el segundo<br />
la está verificando.<br />
¿Cómo se relacionan <strong>los</strong> conceptos selectividad y sensibilidad con este ejemplo?<br />
Ejercicio:<br />
En la siguiente página hay una proteína humana y una proteína que se aisló <strong>de</strong>l gallo:<br />
http://bioinformate.unian<strong>de</strong>s.edu.co/Secuencias/LAlign04.txt<br />
¿Hay razón para creer que estas proteínas son homólogas? Argumente su respuesta. También<br />
explique qué método <strong>de</strong> alineamiento escogió y por qué.<br />
Practiejemplo C – ¿Cómo encontrar <strong>secuencias</strong> en bases <strong>de</strong> datos mediante<br />
<strong>alineamientos</strong>?<br />
En este ejemplo vamos a utilizar por primera vez el programa BLAST (Basic Local Alignment<br />
Search Tool). Este programa es para la bioinformática como el martillo es para el carpintero.<br />
Sin él, la caja <strong>de</strong> herramientas no pue<strong>de</strong> estar completa. Tan importante es, que <strong>de</strong>dicaremos<br />
toda una sección <strong>de</strong>l próximo capítulo para estudiarlo mejor.<br />
Sin embargo, no sobra dar un llamado <strong>de</strong> alerta. Es fácil caer en la tentación <strong>de</strong> usar BLAST<br />
para todos <strong>los</strong> problemas bioinformáticos. Al hacerlo, nos olvidamos que BLAST sigue siendo<br />
como un martillo: una herramienta más. Todo resultado que obtengamos con BLAST <strong>de</strong>bemos<br />
justificarlo rigurosamente. Esto se consigue conociendo BLAST más a fondo. Pero por ahora<br />
basta con una corta introducción.<br />
1. Ingrese a la página principal <strong>de</strong>l NCBI:<br />
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/<br />
2. Des<strong>de</strong> ahí, haga clic en el vínculo “BLAST” que está encima <strong>de</strong> la casilla <strong>de</strong> búsqueda.<br />
Esto lo lleva a la página principal <strong>de</strong> BLAST.<br />
3. El párrafo <strong>de</strong> introducción resume la funcionalidad <strong>de</strong>l programa.<br />
Lo primero que hay que notar es que BLAST (como su nombre lo indica) hace<br />
<strong>alineamientos</strong> locales, para buscar <strong>secuencias</strong> similares a un ‘query’ en una base <strong>de</strong><br />
datos. En esta <strong>de</strong>scripción también sugieren tres usos: inferir relaciones funcionales y<br />
relaciones evolutivas e i<strong>de</strong>ntificar miembros <strong>de</strong> una familia <strong>de</strong> genes.<br />
4. Lo siguiente es darse cuenta que hay muchas formas diferentes <strong>de</strong> hacer BLAST. Las<br />
gran<strong>de</strong>s divisiones son: Nucleótidos, proteínas, traducciones, BLAST genómico y<br />
“BLASTs” especiales.<br />
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