Partie 1 - Eurobiomed
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EuroBioMed – 2009.04.28
http://mgx.montp.inserm.fr
Les technologies disponibles<br />
Microarrays<br />
in-house, spotted microarrays<br />
Operon<br />
Affymetrix<br />
NimbleGen<br />
Next Generation Sequencing<br />
Illumina (Solexa)<br />
Real-time PCR<br />
Roche’s 384-well PCR machine<br />
Bioinformatics<br />
microarrays & NGS data mangement and analysis
La plateforme MGX est constituée de 4 plateaux<br />
Responsable<br />
Localisation<br />
Technologies<br />
Thérèse COMMES<br />
(commes@univ-montp2.fr)<br />
Université Montpellier 2<br />
(UM2)<br />
High-throughput, realtime<br />
PCR<br />
John DE VOS<br />
(devos@montp.inserm.fr)<br />
Laurent JOURNOT<br />
(laurent.journot@igf.cnrs.fr)<br />
Charles THEILLET<br />
(charles.theillet@valdorel.fnclcc.fr)<br />
Institut de Recherche en<br />
Biothérapie (IRB)<br />
Institut de Génomique<br />
Fonctionnelle (IGF)<br />
Institut de Recherche sur<br />
le Cancer de Montpellier<br />
(IRCM)<br />
Microarrays Affymetrix<br />
Microarrays à façon,<br />
Nimblegen, Operon,<br />
Next Generation<br />
Sequencing<br />
Array CGH
Le plateau IGF-IGH<br />
Wet Lab<br />
Dany SEVERAC<br />
Ivanna FUENTES<br />
Hugues PARRINELLO<br />
Bioinformatics<br />
Christelle DANTEC<br />
Jean-Pierre DESVIGNES<br />
Prestations<br />
Genopole, Région, CNRS,<br />
INSERM<br />
ANR AgriArray<br />
ANR PFTV
Le plateau IGF-IGH<br />
In-house microarrays<br />
mouse<br />
human<br />
drosophila<br />
grape<br />
rice<br />
coffee<br />
Commercial microarrays<br />
Operon<br />
NimbleGen<br />
Bioinformatics<br />
gestion de données<br />
contrôle qualité<br />
analyse<br />
publication<br />
16K oligo arrays (Operon)<br />
21K oligo arrays (Operon)<br />
14K oligo arrays (Operon, Indac)<br />
14K oligo arrays (Operon)<br />
20K cDNA arrays (CIRAD)<br />
15K oligo arrays (Operon)
Quelques programmes…<br />
• Validation d’une plate-forme infrarouge complète (lames,<br />
marquage, scanner) en collaboration avec GeneWave (ANR<br />
AgriArray)<br />
• Validation d’une puce "Café" (ANR Nestlé-IRD-CIRAD)<br />
• Séquençage d’étiquettes à très haut débit pour l’analyse<br />
du transcriptome, la ChIP et la 3C (ANR PFTV)
Processus microarrays<br />
Design exp.<br />
Echantillons<br />
RNA totaux<br />
Collections<br />
de reporters<br />
Reverse Transcription<br />
+<br />
Marquage Cy3/Cy5<br />
Spotting<br />
Lames commerciales<br />
Hybridation<br />
Scanning /quantification<br />
Rapport, publication<br />
Analyse
Next generation sequencing
Next generation sequencing
Next generation sequencing<br />
The Solexa Genome Analyzer II in figures:<br />
• 50 M tags/run<br />
• 1.5 Gb (single read); 3.0 Gb (PE)<br />
• 600 Mb/day<br />
• Run Time:<br />
– 2.5 day single read run<br />
– 5 day PE runs<br />
• Supported Read Length: 18/36/72 nt<br />
• Raw Accuracy: ≥ 98.5%<br />
•1 To/run
Next generation sequencing<br />
Applications:<br />
• whole genome re-sequencing<br />
• targeted re-sequencing<br />
• de novo sequencing<br />
• Digital Gene Expression (DGE=SAGE-like)<br />
•RNA-Seq<br />
• Chromatin IP (ChIP-Seq)<br />
• Chromatin Conformation Capture (3C-Seq)<br />
•MAR-Seq
http://mgx.montp.inserm.fr<br />
mgx@igf.cnrs.fr<br />
04 67 14 29 32<br />
IGF – Institut de Génomique Fonctionnelle<br />
141, rue de la la cardonille<br />
34094 Montpellier Cedex 05
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