Mai 2004

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UNIVERSITE HENRI POINCARE, NANCY 1-FACULTE DES SCIENCESSUJET D'EXAMENDIPLOME: Maîtrise de BiochimieEpreuve de : UV7M ARN et bioinfoSession de : Mai 2004Date:Horaire:13/05/20039.00-11.00Durée du sujet: 1hNom du rédacteur: ProI.MOTORINE0 Documents autorisés D INONI(1)0 Calculatrice autorisée D INONj(1)(1)Rayer la mention inutileFaites une comparaison de mécanismes assurant la modification et l'édition des ARN.Quels sont les points communs et les différences entre ces deux processus?
........--UV7MF. LECLERCUNIVERSITE HENRI POINCARE, NANCY 1-FACULTE DES SCIENCESSUJET D'EXAMENDIPLOME: Maîtrise de Biochimie Durée du sujet: 1hNom du rédacteur:Dr. F. LECLERCEpreuve de : UV7M ARN et bioinfoSession de : Mai 2004Date: 13/05/2003Horaire: 9.00-11.000 Documents autorisés D Elu0 Calculatrice autorisée D ~ (I)(1)Rayer la mention inutile1) Le sucre et ses conformations:Quelle est la différence chimiqueentre le ribose et le désoxy-ribose ? Quel est la confonnation majeurepour chacun de ces 2 sucres? Dans quel acide nucléique (nature et confonnation) retrouve-t'on defaçon majoritaire l'une et l'autreconfonnation ? Expliquer.2) La base nucléique et ses conformations:Quelles sont les 2 confonnations relatives à l'orientation de la base nucléique dans un nucléotide etquel est l'angle de torsion qui définit cette orientation? Existe-t'il une préférence pour cette orientationen fonction de la nature de la base? Si oui, laquelle?Quelle est la confonnation de la base nucléique pour des nucléotides dans une double hélice d'ARN oud'ADN? Dans quels cas peut-on retrouver, selon vous, une autre confonnation (dans quelle type demolécule, pour quel type de base, dans quel contexte) ?3) Les forces de stabilisation des ARN:Commenter la représentationschématiquede la structure 3D de la boucle de l'anticodon (figure 1) endécrivant la nature des interactionsqui stabilisent la structure. Les interactions pourront être décrites enutilisant la numérotation des nucléotides.4) Les sillons des acides nucléiques et les interactions:Représenter une paire de base Watson-Crick (celle de votre choix) et indiquer la face qui correspondau grand sillon et celle qui correspond au petit sillon. A partir de la représentation de la structure desdoubles hélices d'ADN (figure 2, gauche) et d'ARN (figure 2, droite), expliquer les différences dansles dimensions des grands et petits sillons pour chacun des 2 cas et comparer les entre ADN et ARN.Expliquer les implications fonctionnellesde la dimension de chacun des sillons sur la reconnaissanceacide nucléique (ADN ou ARN)/protéine.Dans le cas des ARN, citer les éléments structuraux qui sontsusceptibles d'altérer les dimensions des sillons et leur(s) conséquence(s) possible(s) sur lareconnaissance ARN/protéine.5) La notion d'isostérie et son utilisation en modélisation 3D:L'ARN RBE ("Rev Binding Element") a fait l'objet d'expériences de sélections in vitro (SELEX) quiont suggéré l'existence d'appariemments dits ïsostériques" (ayant une géométrie similaire) à certainespositions entre des paires G:G, A:A et C:A.En utilisant la figure 3 qui répertorie les paires possibles (fonnées par 2 liaisons hydrogènes),identifier les paires G:G, A:A et C:A qui sont, pour vous, isostériques (indiquer les paires en utilisantles chiffres romains correspondant). En ne considérant que les paires G:G et A:A, y-a-t'il d'autrespaires isostériques possibles?Qu'est-ce que la présence de paires isostériques suppose quant à la structure des différents variantsportant une paire G:G, une paire A:A ou une paire C:A ? En quoi des données de covariations deséquence entre variants obtenus par sélection in vitro sont-elles utiles pour la modélisation de lastructure 3D des ARN ? Citer un autre type de données expérimentales qui peut être utilisé pour lamodélisation de la structure 3D des ARN.
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