“Sperimenta il BioLab” - CusMiBio - Università degli Studi di Milano

VISUALIZZAZIONE DELLA STRUTTURA TRIDIMENSIONALE
DELL’INSULINA
Esistono anche database per le strutture tridimensionali delle proteine. Andare sul sito:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ e selezionare Structure dalla barra blu in alto.
Nella nuova schermata, alla voce “Search Entrez Structure/MMDB” bisogna inserire la proteina
di cui si vuole visualizzare la struttura (in questo caso scrivere tra virgolette “insulin structure”) e
cliccare su GO.
Dalla ricerca si ottengono diversi modelli, ciascuno identificato da una sigla (ad es. 2AIY).
Usando il programma Cn3D (scaricabile gratuitamente dal sito) è possible visualizzare la struttura
3D delle proteine. Cliccando sulla sigla e su Related Structures si ottengono informazioni
aggiuntive come:
l’articolo scientifico di riferimento (Reference): è importante visualizzarlo perchè sono specificati
il tipo di insulina (ricombinante o no), la tecnica usata e le condizioni in cui è stata analizzata la
struttura tridimensionale della proteina (a volte è specificato infatti che l’ormone si trova in
soluzione con qualche altra sostanza, es. fenolo, che compare poi nell’immagine della struttura);
informazioni sulle catene polipeptidiche che saranno visualizzate (Biopolymer chains page);
mettendo il cursore sulle diverse catene appare il numero di aminoacidi; inoltre la catena è messa
in relazione con la famiglia proteica a cui appartiene (sequenza rossa). Ad esempio l’insulina
appartiene alla famiglia “IlGF_like family” (famiglia di proteine simili all’”Insulin like Growth
Factor”), nel sottogruppo “insulina- simile”, specifico dei vertebrati. Dal sito si apprende che
questa famiglia comprende l’insulina e i fattori di crescita insulina-simili I e II, in generale peptidi
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