Técnicas de análise de DNA e RNA

Técnica de footprinting de DNA (2)
(A) A técnica de footprinting de DNA requer uma molécula de DNA previamente marcada numa
das extremidades.
A proteína representada na figura tem uma ligação forte com sete nucleótidos da sequência de
DNA específica, protegendo esses nucleótidos do agente de clivagem, a enzima DNase I.
Na reacção paralela de clivagem com DNase I realizada sem a proteína de ligação a DNA,
é visualizado no gel de acrilamida desnaturante o conjunto completo de bandas (não está
representado).
Os resultados são analisados, em paralelo, com as quatro reacções de sequenciação pelo
método de Sanger do fragmento em estudo, o que permite determinar a sequência de DNA
reconhecida pela proteína. A identificação dos nucleótidos envolvidos na interacção com a
proteina é obtida por mutagénese in vitro.
(B) O footprint foi realizado para determinar o local de ligação de uma proteína humana que
estimula a transcrição de genes eucarióticos específicos. Estes resultados indicaram que o local de
ligação se situa a cerca de 60 nucleótidos a montante do local de início da transcrição.