Técnicas de análise de DNA e RNA

Retardação em gel (2)
Este método permite determinar, após sequenciação, a sequência de DNA reconhecida por
uma proteína reguladora de um gene. A identificação dos nucleótidos envolvidos na
interacção com a proteína é obtida por mutagénese in vitro.
A proteína relevante é purificada e misturada com milhões de diferentes fragmentos curtos de
DNA, cada um com uma sequência diferente de nucleótidos. Um conjunto destes fragmentos pode
ser produzido programando um sintetizador de DNA, aparelho que sintetiza quimicamente DNA
com a sequência pretendida. Por exemplo, há 4 11 , ou aproximadamente 42 milhões de sequências
possíveis para um fragmento de DNA de 11 nucleótidos.
Os fragmentos de DNA de cadeia dupla que se ligam fortemente à proteína reguladora do gene
são depois separados dos fragmentos de DNA que não se ligam por retardação em gel.
Após separação dos complexos proteína-DNA do DNA livre, os fragmentos de DNA são
removidos da proteína, e são realizados vários ciclos adicionais do mesmo processo de selecção. As
sequências de nucleótidos dos fragmentos de DNA que permanecem através de múltiplos ciclos de
selecção são determinadas, e uma sequência consenso de DNA reconhecida pela proteína pode ser
obtida.