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Theophanu starb mit 31 Jahren am 15. Juni 991 auf einer
Reichsversammlung in Nimwegen und wurde nach ihrem Wunsch in St.
Pantaleon bestattet. Sie ruht in einem Sarkophag aus weißem,
griechischem Marmor im südlichen Seitenschiff.
So war es selbstverständlich, dass die Mönche über acht Jahrhunderte
hinweg am 15. Juni jeden Jahres eine Gedenkmesse zu Ehren
Theophanus feierten.
Im Verlaufe der hochmittelalterlichen Stadterweiterungen und
Ummauerung Kölns wurde St. Pantaleon dann in des Stadtgebiet
einbezogen. Während des Spätmittelalters tat sich in der Kirche recht
wenig. Andere Klöster in und um Köln wurden erheblich mehr mit
Stiftungen bedacht. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts wurde der
spätgotische Lettner errichtet, welcher heute die Orgel trägt.
Ab 1618 wurde die Kirche in mehreren Bauabschnitten barockisiert.
Davon ist heute noch der Orgelprospekt von 1652 und die
Chorausstattung nebst Kanzel von 1747 erhalten. Baufälligkeit führte
1757 zum Einsturz eines der beiden Seitentürme und danach zur
Erneuerung des Mittelturms und der beiden Seitentürme in verminderter
Größe mit barocken Turmabschlüssen.
Die französische Besetzung Kölns 1794 brachte die Auflösung des
Klosters mit sich. Die Kirche wurde zunächst Pferdestall, in der
Preußenzeit nach 1815 dann evangelische Garnisonskirche. Auf dem
Mittelturm wurde ein optischer Telegraph installiert, der die schnelle
Übermittlung von Nachrichten von und nach Berlin ermöglichen sollte.
Nachdem diese Einrichtung durch die Entwicklung der elektrischen
Telegraphie nicht mehr benötigt wurde, wurde das Westwerk 1890-92
romanisch restauriert.
Im Jahre 1872 genehmigten die Militärbehörden den Alt-Katholiken die
Mitbenutzung der Garnisonkirche St. Pantaleon. Dies entsprach letztlich
aber nicht den Vorstellungen der alt-katholischen Gemeinde; sie mußte
sich mit anderen Konfessionen den Raum auch hinsichtlich der zeitlichen
Verfügbarkeit teilen. Allerdings fand im Jahre 1873 in St. Pantaleon die
Wahl des ersten alt-katholischen Bischofs statt.
Nach der Entmilitarisierung des Rheinlands tauschte die evangelische
Gemeinde 1922 St. Pantaleon gegen die wenige hundert Meter entfernte
Kartäuserkirche mit ihren Klostergebäuden beim preußischen Staat ein.
St. Pantaleon wurde danach katholische Pfarrkirche.