o_194c354f0fne14b05mcimi6ppa.pdf
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
симплициален комплекс представящ геномни данни, изключва<br />
филогенетичното строителство в генетичния разстояние.<br />
Персистентната хомология може бързо да извлече и определи ясни<br />
топологически свойства на еволюцията от големи геномични групи от данни.<br />
Персистентната топология позволява генерирането на баркодове, които<br />
представят структурата на тези топологични свойства на всички еволюционни<br />
скали. Персистентната хомология запазва и позволява представянето на<br />
вертикалната еволюция – филогенетичното дърво, където се осъществява<br />
вериткалната размяна на гени, но така също улавя хоризонталните събития като<br />
рекомбинации и реасортиране. Високоизмерните топологии могат да<br />
разкриват комплексен еволюционен дизайн.<br />
В изследването си Чен, Карлсон и Рабадън предлагат речник, който свързва<br />
еволюционните концепции с принципите на алгебричната топология.<br />
Персистентната хомология предлага своеобразно напускане на йерархичната<br />
– вертикална еволюционна парадигма, представена чрез дървото на<br />
филогенезата. Персистентната хомология не е просто съчетание на<br />
структурите „дърво” и „мрежа”, а анализира инвариантните топологически<br />
характеристики на всички симплициални комплекси обхващайки всичките<br />
параметри на пространството на генетичната дистанция.<br />
Чен, Карлсон и Рабадън предлагат феноменологичен подход за изучаване на<br />
еволюцията, обхващащ топологическите характеристики на<br />
взаимоотношенията и връзките между геномите. Този подход не е просто<br />
вариант или комбинация на двата структурни подхода дърво или мрежа. Тези<br />
връзки могат да бъдат филогенетични или не, между организми от един и същи<br />
или от различни видове. Чрез разкриване на глобалните топологични<br />
характеристики, които не могат да бъдат представени от филогенезиса,<br />
персистентата хомология анализира вирусни геномни набори от данни за (I)<br />
представяне на общи еволюционни процеси, които могат да включват<br />
ретикуларни събития, (II) оценка на ретикуларни, и (III) извличане на сложни<br />
модели в тези процеси. Заключението на авторите е че в бъдеще, се предвижда<br />
по-нататъшно прилагане на устойчиви хомология с други невирусна таксони и<br />
за справяне на проблема с видове от геномни данни.<br />
Топологичния анализ на данните (Topological Data Analysis) е нова област на<br />
изследване с приложения към това което днес се нарича „data mining” и<br />
„computer vision”. С други думи, това е един нов математически метод за<br />
анализиране на данни, който имат ново, драматично и неочаквано приложение<br />
в движението при роботика, сензорните мрежи, статистиката, медицината и др.<br />
Топологичния анализ на данните има приложение към комплекскните<br />
динамични системи, поради факта, че този тип анализ използва като свой<br />
Borislav G. Dimitrov 50
Change language