selection-name - abc

Operator 简 写 效 果 与 例 子
s1 gap X
s1 around X
s1 expand X
s1 within X of s2
byres s1
byobject s1
neighbor s1
s1 gap X
s1 a. X
s1 e. X
s1 w. X of s2
br. s1
bo. s1
nbr. s1
选 择 那 些 原 子 , 其 van der Waals 半 径 至 少 和
s1 的 van der Waals 半 径 相 差 X
Pymol> select farfrm_ten, resi 10 gap 5
选 择 以 s1 中 任 何 原 子 为 中 心 ,X 为 半 径 , 所
包 括 的 所 有 原 子
Pymol> select near_ten, resi 10 around 5
选 择 以 s1 中 任 何 原 子 为 中 心 ,X 为 半 径 , 然
后 把 s1 扩 展 至 该 新 的 范 围 所 包 含 的 所 有 原 子
Pymol> select near_ten_x, near10 expand 3
选 择 以 s2 为 中 心 ,X 为 半 径 , 并 包 含 在 s1 中
的 原 子
Pymol> select bbnearten, bb w. 4 of resi 10
把 选 择 扩 展 到 全 部 residue
Pymol> select complete_res, br. bbnear10
把 选 择 扩 展 到 全 部 object
Pymol> select near_obj, bo. near_res
选 择 直 接 和 s1 相 连 的 原 子
Pymol> select vicinos, nbr. resi 10
另 外 , 利 用 括 号 可 以 多 重 逻 辑 选 择 , 如 选 择 chain b, 但 不 选 择 其 中 的 residue
88:
Pymol> select chain b and (not resi 88)
注 : 当 有 多 个 括 号 时 ,Pymol 优 先 处 理 最 里 层 括 号 里 面 的 内 容 。 35