selection-name - abc

PyMOL 简 介 及 相 关 操 作
报 告 人 : 丁 洁 女
组 员 : 廖 杨 洁 、 杨 承 峰 、 段 博 、 谭 菲
组 号 :G13
2013-1-18

主 要 内 容
一 、PyMOL 简 介
• PyMOL 概 述
• PyMOL 的 特 点
• PyMOL 的 界 面 介 绍
二 、PyMOL 功 能
三 、PyMOL 的 基 本 操 作
• 鼠 标 操 作
• 命 令 操 作
四 、PyMOL 应 用 实 例
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PyMOL 概 述
• Pymol 名 字 的 来 源 :“Py” 表 示 该 软 件 基 于 python 这 个 计 算 机 语 言 ,
“Mol” 则 是 英 文 分 子 (molecule) 的 缩 写 , 表 示 该 软 件 用 来 显 示
分 子 结 构 。
• 主 要 功 能 : 创 作 高 品 质 的 小 分 子 或 是 生 物 大 分 子 ( 特 别 是 蛋 白 质 )
的 三 维 结 构 图 像 。
• 软 件 的 作 者 宣 称 , 在 所 有 正 式 发 表 的 科 学 文 献 中 的 蛋 白 质 结 构 图
像 中 , 有 四 分 之 一 是 使 用 PyMOL 来 制 作 。
• 网 站 :http://www.pymol.org/
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‣ 优 点
• 强 大 的 分 子 可 视 化 软 件
• 高 质 量 科 学 论 文 发 表 图 形
• 动 画 制 作
• 文 档 文 件 和 会 话 文 件 并 存
• 鼠 标 操 作 与 命 令 行 操 作
• 免 费 的 开 放 源 码
‣ 缺 点
• 缺 乏 足 够 的 文 件 资 料
• 没 有 UNDO 功 能
• 功 能 不 完 善
PyMOL 的 特 点
Introduction to PyMOL
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PyMOL 的 界 面 介 绍
• PyMOL 的 使 用 界 面 : 包
括 一 个 图 形 显 示 窗 口 和
一 个 GUI 窗 口 。
• GUI 是 图 形 用 户 界 面
(Graphical User
Interface) 的 缩 写 , 由
菜 单 、 按 钮 、 正 文 框 和
其 他 小 工 具 构 成 。
• Viewer 是 PyMOL 系 统 的
心 脏 。 这 是 一 个 开 放 式
图 形 语 言 (OpenGL) 窗
口 , 所 有 的 3D 图 形 在 此
展 示 , 并 且 用 户 可 直 接
操 纵 这 些 图 形 。
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The Viewer Window
• A: Action
• S: Show
• H: Hide
• L: Label
• C: Color
• PyMol 可 以 同 时 打 开 多 个 PDB 文 件 , 或 将 某 个 PDB 文 件 拆
分 成 多 个 独 立 单 元 。 每 个 PDB 或 独 立 单 元 可 以 通 过 ”A” 中
的 ”rename selection” 重 新 命 名 后 显 示 在 Names Panel 上 。
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ASHLC menu
• Action Show Hide Label Color
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The External GUI Window
Standard menu bar
Command input field Output region Buttons
• 与 Viewer window 相 比 的 优 势 : 能 通 过 Ctrl−X,
Ctrl−C, and Ctrl−V 使 用 剪 切 、 复 制 、 黏 贴 功 能
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☞ 比 对
基 于 蛋 白 序 列
• Action -> align
PyMOL 功 能
• Pymol> align (2xuv and n. CA ), (hdea
and n. CA)
基 于 原 子 对
• Wizard-> Pair Fiting
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☞ 测 量
距 离
• Pymol> distance (sele1), (sele2)
角 度
• Pymol> angle (sele1), (sele2), (sele3)
二 面 角
• Pymol> Dihedral (sele1), (sele2), (sele3), (sele4)
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☞ 二 级 结 构 归 属
• PyMOL 具 有 快 速 合 理 的 二 级 结 构 归 属 算 法 , 即 “dss”, 但 由 于 二 级 结
构 归 属 的 主 观 因 素 ,dss 的 结 果 可 能 会 不 同 于 PDB 文 件 中 DSSP 程 序 的 结
果 。
• Pymol> dss selection
• 以 2xuv.pdb 为 例
• Pymol> fetch 2xuv # 载 入 对 象 2xuv
• Pymol> as cartoon # 显 示 cartoon
• Pymol> color cyans, 2xuv
• Pymol> dss 2xuv # 对 2xuv 计 算 二 级 结 构
• Pymol> fetch 2xuv, hdeb
• # 载 入 对 象 , 命 名 为 hdeb
• Pymol> as cartoon # 显 示 cartoon
• Pymol> color magentas, hdeb
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☞ 立 体 效 果
‣ PyMOL 能 够 支 持 的 立 体 图 形 模 式 :
• Crosseye stereo
• Walleye stereo
• Hardware stereo
• Geowall stereo
• Sidebyside stereo
• Quadbuffer stereo
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‣ Crosseye stereo
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☞ 光 线 追 踪
• 光 线 追 踪 能 制 作 出 最 高 质 量 的 分 子 图 像 。PyMOL 是 第 一 个 拥 有 高 速 光
线 追 踪 器 的 全 功 能 分 子 图 像 程 序 。
‣ 通 过 ray 命 令 或 点 击 “Ray” 按 钮 , 可 以 光 线 追 踪 PyMOL 内 的 任 意 图 像 。
内 置 的 光 线 追 踪 器 也 使 组 配 高 质 量 的 动 画 成 为 可 能 。
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☞ 探 测 静 电 力 学
• PyMOL 能 够 利 用 泊 松 波 尔 兹 曼 方 程 计 算 水 溶 液 状 态 下 的 静 电 力 学 。
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☞ 动 画 制 作
• PyMOL 有 强 大 的 分 子 动 画 制 作 功 能 。
‣ 几 个 重 要 概 念
• States( 状 态 ): 状 态 指 对 象 (object) 某 一 个 时 间 点 特 定 的 原 子 坐 标 。
• Scenes ( 场 景 ): 场 景 存 储 镜 头 (camera) 的 位 置 和 定 向 、 对 象 的 活
动 信 息 、 原 子 的 可 见 性 (visibility)、 着 色 、 表 示 形 式 和 全 局 帧 索 引
(global frame index)
• Frames( 帧 ): 帧 就 像 电 影 胶 片 中 一 个 个 单 独 的 图 片 , 在 PyMOL 中 ,
帧 是 由 状 态 (states) 而 不 是 图 片 构 成 的 , 而 且 对 帧 可 以 进 行 相 关 操
作 ( 如 camera 的 选 转 )。 帧 存 储 状 态 信 息 和 场 景 信 息 。
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‣ 重 要 命 令
Mset 命 令
• Mset 命 令 用 来 指 定 那 些 状 态 作 为 动 画 的 帧 而 被 包 括 。
• Mset 命 令 后 紧 跟 定 义 整 个 动 画 的 状 态 列 表 。 每 个 状 态 采 用 以 下 形 式 之
一 :
• 1 # 一 个 数 字 : 指 定 下 一 个 放 映 的 状 态
• X # 一 个 数 字 紧 随 小 写 “x”( 无 空 格 ): 指 定 状 态 总 共 该 重 复 的 次 数
• - # 一 个 数 字 紧 随 连 字 号 ( 无 空 格 ): 指 定 状 态 按 载 入 的 顺 序 的 放 映 。
举 例
• mset 1 x30 # 创 建 一 个 由 状 态 1 放 映 30 遍 组 成 的 30 帧 的 动 画
• mset 1 −30 # 创 建 一 个 30 帧 的 动 画 : 从 状 态 1 到 30,“−” 是 “ 到 或 至 ”
的 意 思 , 但 其 前 必 须 有 空 格 .
• mset 1 6 5 2 3 # 5 帧 : 状 态 1, 6, 5, 2, 3 放 映
• 注 : 当 只 有 一 个 状 态 时 , 状 态 1 到 状 态 x(x>=1) 只 能 显 示 状 态 1; 当 n
(n>=2) 个 状 态 时 , 若 设 定 的 x>n, 那 么 不 存 在 的 状 态 不 显 示 任 何 对 象 ,
而 不 是 一 直 显 示 状 态 n
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Mdo 命 令
• Mdo 命 令 可 以 把 一 系 列 的 PyMOL 命 令 捆 绑 到 帧 上 。
• “util” 组 件 为 产 生 mdo 命 令 有 两 个 脚 本 命 令 ,“util.mrock” 和
“util.mroll”。 这 些 功 能 还 没 入 档 , 但 源 程 序 可 在
modules/PyMOL/util.py 找 到 。
• util.mrock start, finish, angle, phase, loop-flag
• util.mroll start, finish, loop-flag
举 例
• 下 面 命 令 创 建 了 一 个 30 帧 的 动 画 , 此 动 画 180 度 摇 摆 蛋 白 。
• Pymol> load test/dat/pept.pdb # 载 入 结 构
• Pymol> mset 1 x30 # 定 义 动 画
• Pymol> util.mrock 1,30,180,1,1 # mdo 命 令 创 建 摇 摆 +/-180 度 的 30 帧 动
画
• Pymol> mplay
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Example
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‣ Ray-traced 动 画
• PyMOL 能 够 在 RAM 中 缓 存 一 系 列 图 片 , 然 后 以 比 它 们 渲 染 时 高 很 多
的 速 度 放 映 。
Cache_frames
• Cache_frames 控 制 PyMOL 是 否 把 帧 保 存 到 内 存 。 注 : 缓 存 的 图 片 占
很 大 的 内 存 空 间 , 所 以 在 使 用 此 功 能 前 先 用 “viewport” 命 令 缩 小 窗
口 。
举 例
• Pymol> viewport 320,240
• Pymol> orient
• Pymol> show sph
• Pymol> mset 1 x30
• Pymol> util.mrock 1,30,180,1,1
• Pymol> set ray_trace_frames,1
• Pymol> set cache_frames,1
• Pymol> mplay
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Ray-traced 动 画
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清 除 缓 存
• 一 旦 把 一 系 列 帧 载 入 RAM, 这 些 帧 会 一 直 存 在 , 即 使 操 纵 这 个 模 型 。
通 过 “mclear” 命 令 或 mclear 按 钮 可 清 楚 缓 存 :
• Mclear # 清 除 帧 的 缓 存
‣ 保 存 动 画
通 过 “mpng” 命 令 或 “File” 菜 单 可 保 存 动 画
• Mpng mov # 将 自 动 创 建 mov0001.png mov0002.png……
如 果 想 每 帧 都 被 光 线 追 踪 , 应 打 开 光 线 追 踪 , 关 闭 并 清 除 缓 存 :
• Pymol> set ray_trace_frames,1
• Pymol> set cache_frames,0
• Pymol> Mpng mov
• Pymol> mclear
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PyMOL 基 本 操 作
• Pymol 的 基 本 操 作 , 包 括 窗 口 菜 单 、 加 载 文 件 、 图 像 处 理 等 等 。 可 以
用 鼠 标 操 作 , 也 可 以 用 命 令 操 作 。
‣ 鼠 标 操 作
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‣ 命 令 操 作
• Pymol 是 区 分 大 小 写 的 , 不 过 目 前 为 止 Pymol 还 是 只 用 小 写 。
• Pymol 的 命 令 都 是 由 关 键 词 (keyword) 加 上 一 些 变 量 (argument) 组
成 , 格 式 如 下 :
• Pymol> keyword argument
• 其 中 关 键 词 (keyword) 如 load、zoom、color、set 等 等 , 是 必 须 的 ,;
而 变 量 则 不 是 必 须 的 , 比 如 退 出 命 令 quit 就 不 需 要 附 加 变 量 :
• Pymol> quit
• 通 常 情 况 下 需 要 加 变 量 , 当 不 加 任 何 变 量 时 ,Pymol 会 默 认 一 个 变 量
all
• Pymol 命 令 中 需 要 避 免 的 符 号 :
• ! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /
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☞ 对 象 选 择
• Pymol> load name.pdb, name # 载 入 pdb 文 件 , 并 命 名
• Pymol> fetch object # 直 接 从 网 上 下 载 , 不 用 加 后 缀
如 果 打 开 了 多 个 PDB 文 件 , 想 暂 时 关 闭 / 打 开 某 个 对 象 , 可 以 这 样 :
• Pymol> disable object-name
Pymol> enable object-name
删 除 选 定 的 目 标 或 者 整 个 对 象 :
• Pymol> delete selection-name
Pymol> delete object-name
☞ 对 象 显 示
• Pymol> show representation # 以 不 同 方 式 显 示 蛋 白 质 结 构
Pymol> hide representation
• Pymol>as representation # 不 论 原 来 有 多 少 种 表 示 形 式 , 只 显 示 一 种
• 其 中 representation 可 以 为 :cartoon, ribbon, dots, spheres, surface 和
mesh。
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☞ 保 存 对 象
1、 保 存 文 档 文 件
• Pymol> log_open script-file-name .pml # 记 录 一 个 文 本 文 档 , 该 文 件 的
后 缀 名 应 为 .pml
• Pymol> log_close # 终 止 记 录
• Pymol> @script-file-name # 调 用 该 文 档
2、 保 存 会 话 文 件
• 外 部 GUI 窗 口 里 面 的 File - Save Session, 创 建 一 个 会 话 文 件 (.pse),
下 次 打 开 Pymol 时 直 接 回 到 当 前 所 在 的 状 态 。
‣ 两 者 区 别 : 文 档 文 件 可 以 编 辑 , 但 会 话 文 件 不 可 以 ; 记 录 文 档 文 件 前 必 须 先
运 行 log_open 命 令 , 而 会 话 文 件 可 以 随 时 创 建 ; 最 后 文 档 文 件 以 文 档 形 式 运
行 (@), 而 打 开 会 话 文 件 则 必 须 选 择 外 部 GUI 窗 口 中 的 File - Open。
3、 保 存 图 片
• Pymol> ray # 优 化 图 像 , 使 图 像 具 有 三 维 的 反 射 及 阴 影 特 效
Pymol> png file-name # 图 片 被 保 存 在 PyMOL 安 装 默 认 的 文 件 夹 中
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☞ 关 于 视 点
• Pymol 中 的 视 点 可 以 通 过 zoom、orient、view 这 三 个 命 令 来 改 变 。
Zoom( 变 焦 ) 命 令 可 使 对 象 或 选 择 在 视 野 中 央 显 示 : 如 果 对 象 或 选 择 没
显 示 在 当 前 的 视 野 , 命 令 会 使 它 显 示 ; 如 果 当 前 视 野 仅 显 示 了 一 小 部 分 ,
命 令 会 使 它 充 满 视 野 。
• Pymol> zoom selection-expression
Orient 命 令 会 调 整 对 象 或 选 择 , 使 其 最 大 维 度 水 平 显 示 , 次 最 大 维 度 垂 直
显 示 , 方 便 重 新 查 看 分 子 :
• Pymol> orient selection-expression
View 可 用 来 保 存 或 调 用 视 角
• Pymol> view key, action
• 其 中 “key” 是 你 随 便 给 当 前 视 角 定 的 名 字 ,“action” 可 以 为 :store 或 者 recall。
如 果 不 加 任 何 “action”, 则 默 认 为 recall:
• Pymol> view v1, store # 当 前 视 野 被 命 名 为 v1 并 保 存
Pymol> view v1, recall # 调 用 保 存 的 v1 定 向
Pymol> view v1 # recall 是 默 认 的 view 语 句 , 所 以 此 命 令 行 也 是 调 用
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☞ 关 于 选 择
• Pymol> select selection-name, selection-expression
• selection-name 即 给 选 择 表 达 起 个 名 字 , 这 个 名 字 可 以 由 字 母 [A/a-
Z/z], 数 字 [0-9] 已 经 下 划 线 [_] 组 成 , 但 是 要 避 免 使 用 :
• ! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /
• selection-expression 表 示 一 些 被 选 中 的 部 分 , 它 们 可 以 是 一 些 个 原 子 ,
一 些 个 Helix, 一 些 个 Beta sheet, 或 者 它 们 的 混 合 物 。
• selection-expression=selector identifier, 其 中 "selector" 定 义 了 某 类 属 性 ,
而 "identifier" 则 在 该 类 属 性 下 需 要 被 选 择 的 部 分 。
• eg. Pymol> select test, name c+o+n+ca
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常 用 selector
Selector 简 写 Identifier 及 例 子
symbol e.
name n.
resn r.
resi i.
alt
alt
chain c.
chemical-symbol-list
周 期 表 中 的 元 素 符 号
Pymol> select polar, symbol o+n
atom-name-list
pdb 文 件 中 的 原 子 名 字
Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd
residue-name-list
氨 基 酸 的 名 字
Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+gln
residue-identifier-list
pdb 文 件 中 基 团 的 编 号
Pymol> select mults10, resi 1+10+100
residue-identifier-range
Pymol> select nterm, resi 1-10
alternate-conformation-identifier-list
一 些 单 字 母 的 列 表 , 选 择 具 有 2 种 构 型 的 氨 基 酸
Pymol> select altconf, alt a+b
chain-identifier-list
一 些 单 字 母 或 数 字 的 列 表
Pymol> select firstch, chain a
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Selector 简 写 Identifier 及 例 子
segi s.
flag f.
numeric_type nt.
text_type
tt.
id
id
index
idx.
ss
ss
segment-identifier-list
一 些 字 母 ( 最 多 4 位 ) 的 列 表
Pymol> select ligand, segi lig
flag-nummer
一 个 整 数 (0-31)
Pymol> select f1, flag 0
type-nummer
一 个 整 数
Pymol> select type1, nt. 5
type-string
一 些 字 母 ( 最 多 4 位 ) 的 列 表
Pymol> select subset, tt. HA+HC
external-index-number
一 个 整 数
Pymol> select idno, id 23
internal-index-number
一 个 整 数
Pymol> select intid, index 23
secondary-structure-type
代 表 该 类 结 构 的 单 字 母
Pymol> select allstrs, ss h+s+l+""
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有 关 比 较 的 selector
Selector 简 写 Identifier 及 例 子
b
q
formal_charge
partial_charge
b
q
fc.
pc.
comparison-operator b-factor-value
一 个 实 数 , 用 来 比 较 b-factor
Pymol> select fuzzy, b > 12
comparison-operator occupancy-value
一 个 实 数 , 用 来 比 较 occupancy
Pymol> select lowcharges, q > 0.5
comparison-operator formal charge-value
一 个 整 数 , 用 来 比 较 formal charge
Pymol> select doubles, fc. = -1
comparison-operator partial charge-value
一 个 实 数 , 用 来 比 较 partial charge
Pymol> select hicharges, pc. > -1
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不 需 要 加 identifier 的 selector
Selector 简 写 描 述
all *
所 有 当 前 被 Pymol 加 载 的 原
子
none none 什 么 也 不 选
hydro h.
所 有 当 前 被 Pymol 加 载 的 氢
原 子
hetatm
het
所 有 从 蛋 白 质 数 据 库
HETATM 记 录 中 加 载 的 原 子
visible v.
所 有 在 被 “ 可 见 ” 的 显 示 的 对
象 中 的 原 子
present
pr.
所 有 的 具 有 定 义 坐 标 的 原
子
• 在 Identifier 中 用 到 的 原 子 以 及 氨 基 酸 的 命 名 规 则 可 以 在 下
面 的 网 址 中 找 到 :http://www.wwpdb.org/docs.html
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配 合 逻 辑 操 作 子 的 selector
Operator 简 写 效 果 与 例 子
not s1
s1 and s2
s1 or s2
s1 in s2
s1 like s2
! s1
s1 & s2
s1 | s2
s1 in s2
s1 l. s2
选 择 原 子 但 不 包 括 s1 中 的
Pymol> select sidechains, ! bb
选 择 既 在 s1 又 在 s2 中 的 原 子
Pymol> select far_bb, bb & farfrm_ten
选 择 s1 或 者 s2 中 的 原 子 ( 也 就 是 包 含
全 部 的 s1 和 s2 原 子 )
Pymol> select all_prot, bb | sidechain
选 择 s1 中 的 那 些 原 子 , 其 identifiers
(name, resi, resn, chain, segi) 全 部 符
合 s2 中 对 应 的 原 子
Pymol> select same_atom, pept in
prot
选 择 s1 中 的 那 些 原 子 , 其 identifiers
(name, resi) 符 合 s2 中 对 应 的 原 子
Pymol> select similar_atom, pept like
prot
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Operator 简 写 效 果 与 例 子
s1 gap X
s1 around X
s1 expand X
s1 within X of s2
byres s1
byobject s1
neighbor s1
s1 gap X
s1 a. X
s1 e. X
s1 w. X of s2
br. s1
bo. s1
nbr. s1
选 择 那 些 原 子 , 其 van der Waals 半 径 至 少 和
s1 的 van der Waals 半 径 相 差 X
Pymol> select farfrm_ten, resi 10 gap 5
选 择 以 s1 中 任 何 原 子 为 中 心 ,X 为 半 径 , 所
包 括 的 所 有 原 子
Pymol> select near_ten, resi 10 around 5
选 择 以 s1 中 任 何 原 子 为 中 心 ,X 为 半 径 , 然
后 把 s1 扩 展 至 该 新 的 范 围 所 包 含 的 所 有 原 子
Pymol> select near_ten_x, near10 expand 3
选 择 以 s2 为 中 心 ,X 为 半 径 , 并 包 含 在 s1 中
的 原 子
Pymol> select bbnearten, bb w. 4 of resi 10
把 选 择 扩 展 到 全 部 residue
Pymol> select complete_res, br. bbnear10
把 选 择 扩 展 到 全 部 object
Pymol> select near_obj, bo. near_res
选 择 直 接 和 s1 相 连 的 原 子
Pymol> select vicinos, nbr. resi 10
另 外 , 利 用 括 号 可 以 多 重 逻 辑 选 择 , 如 选 择 chain b, 但 不 选 择 其 中 的 residue
88:
Pymol> select chain b and (not resi 88)
注 : 当 有 多 个 括 号 时 ,Pymol 优 先 处 理 最 里 层 括 号 里 面 的 内 容 。 35

☞ 关 于 cartoon
‣ cartoon 的 命 令 格 式 如 下 :
• Pymol> cartoon type, (selection)
‣ cartoon 的 显 示 类 型 :
• Automatic: 默 认 的 显 示 方 式 Putty: 按 R-factor 显 示 , 值 越 大 越 粗
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Loop Tube Oval
Dumbbell Rectangle Arrow
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‣ 细 节 设 置
Sheet 显 示
• Pymol> set cartoon_flat_sheets, 1 # 1 开 启
• Pymol> set cartoon_flat_sheets, 0 # 0 关 闭
Loop 显 示
• Pymol> set cartoon_smooth_loops, 1
Pymol> set cartoon_smooth_loops, 0
Helix 的 厚 度 和 宽 度
• Pymol> set cartoon_oval_width, 0.2
Pymol> set cartoon_oval_length, 1.5
sheet 的 厚 度 和 宽 度
• Pymol> set cartoon_rect_width, 0.5
Pymol> set cartoon_rect_length, 1.5
loop 的 半 径
• Pymol> set cartoon_loop_radius, 0.2
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cartoon 显 示 风 格 为 fancy
• Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1 # helix 的 边 上 会 带 有 一 个 很 细 的
cylinder
Pymol> set cartoon_fancy_sheets, 1
• 此 时 设 置 helix 的 厚 度 , 宽 度 , 以 及 这 个 cylinder 的 半 径 分 别 是 :
• Pymol> set cartoon_dumbbell_width, 0.1
Pymol> set cartoon_dumbbell_length, 2
Pymol> set cartoon_dumbbell_radius, 0.2
上 色
• Pymol> set cartoon_color, green
Refine
• Pymol> set cartoon_refine, 20
• # 数 字 越 大 越 漂 亮 , 可 选 范 围 为 1~20
设 置 透 明
• Pymol> set cartoon_transparency, 0.5
• # 可 选 范 围 为 0~1
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☞ 关 于 label
‣ label 的 命 令 格 式 如 下 :
• Pymol> label selection, expression
• Selection 为 已 命 名 的 对 象 ,expression 为 标 签 的 内 容 , 如 name, resn,
resi, chain 等 等 。
‣ Label 的 一 些 设 置
投 影 模 式
• Pymol> set label_shadow_mode, 3
• 可 选 值
• 0: 无 投 影 ,
• 1:object 有 投 影 到 label 上 , 但 是 label 本 身 无 投 影 ,
• 2:object 有 投 影 到 label 上 ,label 也 有 投 影 ,
• 3:object 不 投 影 到 label 上 ,label 本 身 有 投 影
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文 字 颜 色
• Pymol> set label_color, color-name, selection
字 体
• Pymol> set label_font_id, 5 # pymol 内 置 了 12 种 字 体 , 编 号 为 5-16
字 体 大 小
• Pymol> set label_size, -0.5 # 正 值 单 位 为 px, 负 值 单 位 为 Å
Pymol> set label_size, 4
label 位 置
• Pymol> set label_position, (x,y,z)
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☞Cartoon 及 表 面 显 示
1. Load the PDB file
• File -> Open -> 1w2i.pdb
PyMOL 应 用 实 例
2. Hide everything and then show protein cartoon
• PyMOL> hide everything, all
• PyMOL> show cartoon, all
3. Color the helix, sheet, and loop
• PyMOL> color purple, ss h
• PyMOL> color yellow, ss s
• PyMOL> color green, ss ""
4. Color chain A and B
• PyMOL> color red, chain A
• PyMOL> color blue, chain B
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5. Create a surface display for chain A
• PyMOL> create obj_a, chain A
• PyMOL> show surface, obj_a
6. Color the active site residue
• PyMOL> select active, (resi 14-20,38 and chain A)
• PyMOL> color yellow, active
• PyMOL> turn y, -60; turn x, -20
• PyMOL> zoom active
Note: Rotate the molecule to see a hole around the yellow surface. That's
the active site craddle for binding phosphate
7. Locate and display the bound formate ion in the active site.
• PyMOL> select ligand, active around 3.5 and resn FMT
• PyMOL> show sticks, ligand
• PyMOL> show spheres, ligand
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• PyMOL> alter ligand, vdw=0.5
• PyMOL> rebuild
• PyMOL> set transparency=0.25
8. Rendering and output
• PyMOL> bg_color white
• PyMOL> ray
• File -> Save Image
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☞ 活 性 位 点 侧 链 显 示 及 距 离 的 测 量
‣ Display the side-chain of active site residues on top of the
cartoon representation
• PyMOL> hide surface
• PyMOL> select sidechain, not (name c+n+o)
• PyMOL> show sticks, (active and sidechain)
• PyMOL> color blue, name n*
• PyMOL> color red, name o*
• PyMOL> color white, name c*
‣ Display and measure distances
• Wizard -> Measurement -> Distance
• Use this to measure the distance between the arginine N atoms and the
oxygen atoms of formate ion.
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• PyMOL> distance resi 20 and name NH2 and chain A, resi 1092 and name
O2 and chain A
• PyMOL> hide labels
• PyMOL> ray
• File -> Save Image
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☞ 电 子 密 度 图
1. Loading PDB file
• File -> Open -> 1w2i.pdb
2. Load the map file
• File -> Open -> 1w2i.map.xplor
• It takes a while to load the map file.
3. Zoom in the active site
• PyMOL> select active, (resi 14-20,38) and chain A
• PyMOL> zoom active
• PyMOL> hide all
• PyMOL> show stick, active
4. Locate and Display the active site water
• PyMOL> select active_water, ( (resi 38 and name ND2 and chain A) around
3.5) and (resn HOH)
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• PyMOL> show spheres, active_water
• PyMOL> alter active_water, vdw=0.5
• PyMOL> rebuild
5. Display the electron density around the active site atoms at sigma level=1.0
• PyMOL> isomesh mesh1, 1w2i.map, 1.0, (resi 14-20,38 and chain A),
carve=1.6
• PyMOL> isomesh mesh1, 1w2i.map, 1.0, active, carve=1.6
6. Change the color of the map
• PyMOL> color grey, mesh1
7. Set the background color
• PyMOL> bg_color white
8. save the figures in PNG
• To render a figure with high resolution
• PyMOL> ray 2400,2400
• File -> Save Image
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