Epidemiología de Plum pox virus y Citrus tristeza virus en bloques ...

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6. Validación de “Spot” y “Tissue-print” RT-PCR a tiempo real. Comparación con técnicas serológicas y cálculo de parámetros de diagnóstico Tabla 6.14: Estima de la sensibilidad y especificidad de ELISA-DASI y “Spot” RT-PCR a tiempo real mediante modelos latentes Modelo 7 g Modelo 6 f Modelo 5 e Modelo 4 d Modelo 3 c Modelo 2 b Modelo 1 a DIC 121,45 96,63 121,41 120,75 94,96 96,93 Se1 0,894 (0,861-0,952) h 0,889 (0,861-0,917) i 0,908 (0,871-0,952) i 0,884 (0,856-0,915) i 0,891 (0,864-0,919) i 0,876 (0,832-0,912) i 0,847 (0,807-0,890) i Sp1 0,999 (0,997-1,000) 0,999 (0,996-0,999) 0,998 (0,995-1,000) 0,999 (0,996-1,000) 0,998 (0,993-0,999) 0,992 (0,971-1,000) 0,987 (0,967-0,998) Se2 1,000 (1,000-1,000) 0,982 (0,973-0,988) 0,999 (0,995-1,000) 0,975 (0,967-0,982) 0,981 (0,971-0,988) 0,971 (0,915-0,997) 0,939 (0,911-0,962) Sp2 0,968 (0,933-0,990) 0,969 (0,948-0,985) 0,958 (0,928-0,981) 0,968 (0,946-0,985) 0,965 (0,943-0,984) 0,951 (0,919-0,976) 0,950 (0,918-0,976) Pr1 0,413 (0,361-0,450) 0,405 (0,375-0,433) 0,394 (0,361-0,427) 0,406 (0,376-0,435) 0,403 (0,373-0,432) 0,402 (0,369-0,436) 0,413 (0,376-0,448) Pr2 0,624 (0,590-0,659) 0,622 (0,587-0,655) 0,618 (0,583-0,652) 0,625 (0,590-0,659) 0,621 (0,587-0,655) 0,633 (0,592-0,679) 0,650 (0,610-0,690) Pr3 0,026 (0,012-0,041) 0,027 (0,015-0,045) 0,026 (0,014-0,043) 0,027 (0,015-0,045) 0,026 (0,013-0,044) 0,020 (0,004-0,040) 0,017 (0,003-0,038) rhoD 0,111 (0,053-0,179) 0,024 (-0,005-0,066) 0,438 (0,072-0,717) 0,584 (0,464-0,714) rhoDc 0,001 (-0,007-0,023) 0,115 (0,004-0,312) 0,330 (0,015-0,640) 0,431 (0,054-0,691) 128 (DIC: Deviance information criterion; Se1: Sensibilidad de ELISA-DASI; Sp1: Especificidad de ELISA-DASI; Se2: Sensibilidad de “Spot” RT-PCR a tiempo real; Sp2: Especificidad de “Spot” RT- PCR a tiempo real; Pr1: Prevalencia población nº1; Pr2: Prevalencia población nº2; Pr3: Prevalencia población nº 3; rhoD: Correlación entre resultados positivos (Sensibilidad); rhoDc: Correlación entre resultados negativos (Especificidad)) a Modelo 1: basado en razones de máxima verosimilitud (Hui y Walter, 1980) b Modelo 2: modelo bayesiano asumiendo independencia condicional entre pruebas, con las siguientes distribuciones previas: Se1 (β (108,41; 18,49)), Sp1 (β (34,17; 1,34)), Se2 (β (262,96; 20,72)), Sp2 (β (42,11; 1,84)), Pr1 (β (79,55; 146,88)), Pr2 (β (50,69; 35,53)), Pr3 (β (1,84; 42,11)) c Modelo 3: modelo bayesiano asumiendo independencia condicional entre pruebas, no asumiendo ninguna distribución previa (β (1,1)) para Se1,Sp1,Se2 y Sp2. En el resto de parámetros mismas distribuciones previas que en Modelo 2 d Modelo 4: modelo bayesiano asumiendo dependencia condicional entre pruebas, asumiendo mismas distribuciones previas que en Modelo 2. Pruebas 1 (ELISA-DASI), Pruebas 2 (“Spot” RT-PCR) e Modelo 5: modelo bayesiano asumiendo dependencia condicional entre pruebas, asumiendo mismas distribuciones previas que en Modelo 2. Pruebas 1(“Spot” RT-PCR), Pruebas 2 (ELISA-DASI) f Modelo 6: modelo bayesiano asumiendo dependencia condicional entre pruebas, no asumiendo ninguna distribución previa para Se2 y Sp2. En el resto de parámetros mismas distribuciones previas que en Modelo 2. Pruebas 1 (ELISA-DASI), Pruebas 2 (“Spot” RT-PCR) g Modelo 7: modelo bayesiano asumiendo dependencia condicional entre pruebas, no asumiendo ninguna distribución previa para Se1 y Sp1. En el resto de parámetros mismas distribuciones previas que en Modelo 2. Pruebas 1 (“Spot” RT-PCR), Pruebas 2 (ELISA-DASI) h Valor estimado mediante razones de máxima verosimilitud e intervalos de confianza bootstrap i Mediana e intervalo de probabilidad (95%) estimado mediante métodos bayesianos
6. Validación de “Spot” y “Tissue-print” RT-PCR a tiempo real. Comparación con técnicas serológicas y cálculo de parámetros de diagnóstico No hubo grandes diferencias entre los valores estimados de sensibilidad y especificidad de ambas técnicas empleando los diferentes modelos. Únicamente se observa que aplicando el Modelo 7, la estimación de la sensibilidad en ambas pruebas de diagnóstico fue menor que con los otros modelos. El programa TAGS (Modelo 1) tiene la cualidad de poder indicar si las dos asunciones que asumen las razones de verosimilitud de Hui y Walter (1980) (independencia entre los test y sensibilidad y especificidad entre las poblaciones son constantes) se cumplen. Para ello se aplica un test χ 2 de la Deviance (Pouillot et al., 2002). En nuestro caso el test fue significativo, por tanto alguna de las dos asunciones puede no estar justificada. Así, en la Tabla 6.15 se exponen los resultados al analizar las tres poblaciones independientemente. Se empleó un modelo asumiendo independencia condicional entre las pruebas y asumiendo distribuciones previas (mismas aplicadas en el Modelo 2). Tabla 6.15: Estima de la sensibilidad y especificidad de ELISA-DASI y “Spot” RT-PCR a tiempo real en cada una de las tres poblaciones mediante métodos bayesianos d Se1 e Sp1 Se2 Sp2 f g a P1 129 b P2 c P3 0,858 (0,807-0,907) h 0,928 (0,903-0,950) 0,856 (0,789-0,910) 0,999 (0,994-1.000) 0,997 (0,986-1.000) 0,997 (0,998-1.000) 0,971 (0,957-0,982) 0,971 (0,957-0,982) 0,930 (0,897-0,955) 0,942 (0,902-0,982) 0,987 (0,960-0,998) 0,984 (0,970-0,994) a Población 1: Parcela situada en Llíria muestreada en abril de 2007 b Población 2: Parcela situada en Llíria muestreada en mayo de 2008 c Población 3: Nueva parcela situada en Llíria muestreada en abril de 2008 d Sensibilidad de ELISA-DASI e Especificidad de ELISA-DASI f Sensibilidad de “Spot” RT-PCR a tiempo real g Especificidad de “Spot” RT-PCR a tiempo real h Mediana e intervalo de probabilidad (95%) estimado mediante métodos bayesianos
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