2004 - Instituto de Biotecnología - UNAM

asas de ocho barriles seleccionados en base a diversidad de funciones enzimáticas, independencia de
grupos prostéticos para su función y cuyo sitio activo no esté comprometido en interfaces de
oligomerización, para generar variabilidad en las asas catalíticas. Pensamos que una estrategia como
está nos permite explorar la combinación de asas de diversos tamaños, con la ventaja de que éstas ya
han sido seleccionadas por su compatibilidad con el plegamiento de barril TIM del que estamos
partiendo, disminuyendo considerablemente el número de variantes en nuestras bibliotecas y
aumentando la probabilidad de generar variantes que se plieguen correctamente. Cabe mencionar que
los residuos generalmente involucrados en la catálisis y en la unión al sustrato se encuentran realmente
ocupando las últimas posiciones de las hebras ?, por lo que estos tendrían que ser aleatorizados
también para lograr una migración catalítica. Los avances recientes en Genómica han producido un gran
número de secuencias de proteínas de estructura desconocida. Esto ha generado una fuerte demanda
de técnicas rápidas y precisas para inferir el plegamiento que adquieren estas proteínas. Existen
secuencias que tienen plegamientos similares las cuales no tienen similitud detectable a nivel de
secuencia primaria. Uno de los objetivos de los métodos de reconocimiento de plegamiento es asignar el
plegamiento correcto bajo estas circunstancias o en su caso identificar secuencias que tuvieran un
plegamiento hasta entonces desconocido. Existen numerosas técnicas para predecir la estructura
terciaria a partir de la estructura primaria basadas en comparaciones de secuencia a secuencia o de
secuencia a estructura. Sin embargo todavía es necesario desarrollar y afinar estos métodos y sobre
todo automatizarlos. Hemos desarrollado un nuevo método, al cual hemos llamado FASE (Fold
Assignment through Sequence Entropy profiles), para identificar y agrupar familias de proteínas que
tienen el mismo plegamiento basado en la comparación de perfiles de entropía derivados de
alineamiento múltiples de proteínas homólogas. Una diferencia importante de nuestro método con otros
métodos basados en la comparación de perfiles es que no utiliza los perfiles de secuencias en si sino
que utiliza los valores de entropía derivados a partir de ellos; de tal manera FASE, a diferencia de los
otros métodos, es capaz de reconocer plegamientos que no tienen ninguna similitud a nivel de
secuencia. Fase nos permite también agrupar familias de proteínas homólogas de estructura
desconocida ya que es independiente de cualquier innformación estructural, como tal puede ser utilizado
para agrupar secuencias con plegamientos nuevos. Presentaremos esta herramienta y nuevas
aplicaciones derivadas a partir de su análisis. Hemos utilizado esta herramienta para agrupar y asignar
plegamiento a las secuencias contenidas en la base de Datos UNIPROT (de más de 150000
secuencias).
PUBLICACIONES 2004
Arias CF, Déctor MA, Segovia L, López T, Camacho M, Isa P, Espinosa R, López S . 2004. RNA
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Hernández-Lucas I, Rogel-Hernandez MA, Segovia L, Rojas-Jiménez K, Martinez-Romero E . 2004.
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Pérez-Rueda E, Collado J, Segovia L . 2004. Phylogenetic distribution of DNA-binding transcription
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PUBLICACIONES SELECTAS:
Peimbert M, Segovia L . 2003. Evolutionary engineering of beta-lactamase activity on a D-Ala D-Ala