Jánosi - Állatorvostudományi Doktori Iskola - Szent István Egyetem ...

5.8 A H. somni genetikai állományának vizsgálata
5.8.1 Pulzáló mezejű gélelektroforézis – a teljes genom vizsgálata
A teljes genom makrorestrikciós mintázatának vizsgálata PFGE alkalmazását teszi szükségessé
(Soll, 2000). A PFGE eukarióták esetén (Schwartz és Cantor, 1984) a kromoszómák méret-
polimorfizmusa, prokarióták esetén (Kardos és Kiss, 2005) pedig a genomban megtalálható
restrikciós hasítási helyek megléte vagy hiánya alapján vizsgálja az izolátumok genetikai
hasonlóságát. Mint a legtöbb jelenleg alkalmazott tipizáló módszer, így a PFGE is alkalmas a
mintázatok közti eltérések és hasonlóságok alapján a vizsgált izolátumok közti genetikai rokonság
vizsgálatára, de filogenetikai és rendszertani következtetések nem vonhatók le (Riley, 2004).
Előnye számos más DNS alapú elemző módszerhez képest, hogy kiváló laboratóriumon belüli és
laboratóriumok közötti reprodukálhatósággal rendelkezik (Birren és Lai, 1993).
Az elektródák száma és elhelyezkedése alapján a PFGE számos típusa ismert, a legáltalánosabban
alkalmazott módszer a rögzített homogén elektromos mezejű (CHEF) gélelektroforézis, amelynek
során 24 hexagonálisan elrendezett elektróda alakítja ki az elektromos erőteret és hozza létre annak
változásait (Chu et al., 1986).
A H. somni PFGE módszerrel végzett teljes genom vizsgálatáról kevés szakirodalmi adat áll
rendelkezésre. St. Michael és mtsai. (2005) egy szarvasmarha tüdőgyulladásból származó H. somni
törzset (2336) és annak egyszeri borjúoltással felerősített változatát (738) vizsgálta PFGE-vel, a
törzsek SmaI restrikciós enzimmel végzett emésztése után.
A SmaI endonukleázzal nem emészthető baktériumtörzseket a Cfr9I enzim, az SmaI metilásióra
nem érzékeny izoschizomerje emészti (Silva-Costa et al., 2006).
5.8.2 A teljes genomszekvencia
Challacombe és mtsai. (2007) egy nem virulens, szarvasmarha tasak eredetű H. somni (129Pt) törzs,
egy nem virulens Haemophilus influenzae (H. i. Rd) törzs és egy virulens Haemophilus ducrei (H.
d. 35000HP) törzs teljes genom szekvenciájának vizsgálata során számos közös gén mellett, több a
H. somni-ban egyedülállóan előforduló a szénhidrát- és aminosav metabolizmusban, a LOS-, az
ubiquinon- és a menaquinon bioszintézisében, valamint a kation- és elektron transzportban szerepet
játszó gén jelenlétét bizonyították.
Ugyanebben a tanulmányban a H. somni 129Pt törzs szénhidrát metabolizmusában 94, míg
aminosav metabolizmusában 58 gén szerepét igazolták. A vizsgált H. somni törzs a purin
bioszintézisére képes, a pirimidin bioszintézishez szükséges enzimek génjeivel azonban nem
rendelkezik, ami magyarázatot ad a törzsek uracil igényére (Inzana és Corbeil, 1987). Az ubiquinon
és menaquinon szintézishez szükséges enzimeket kódoló génszakaszok megtalálhatók a H. somni
24