laporan akhir program insentif peningkatan kemampuan ... - KM Ristek

LAPORAN AKHIR 

PROGRAM INSENTIF PENINGKATAN KEMAMPUAN PENELITI 

DAN PEREKAYASA TAHUN 2010 

JUDUL: 

KARAKTERISASI GENETIK BERBAGAI SPESIES CHAETOCEROS 

SERTA ANALISIS PEMANFAATANNYA PADA PERBENIHAN 

UDANG WINDU (Panaeus monodon) 

DEWAN RISET NASIONAL 

KEMENTERIAN NEGARA RISET DAN TEKNOLOGI 

JAKARTA 

2010

LEMBAR 1IOE 

S DAN PENGESAHAN 

Judul Riset 

Peneliti Utama 

Jenis kelamin 

Bidang Prioritas 

Program 

araKterisasi Genetik Berbagai Spesies 

Chaetoceros Serta Analisis Pemanfaatannya pada 

Perbenihan Udang Windu (Panaeus monodon) 

erlinah, S.Pi, M.Si 

Perempuan 

Ketahanan Pangan 

I nsentif Peningkatan Kemampuan Peneliti dan 

Perekayasa 

Jenis Prioritas 

Lama Riset 

Tahun Mulai Riset 

Total Biaya Riset 

Terbilang 

Riset T erapan 

1 (satu) tahun 

2010 

Rp. 85.006.091,- 

Delapan Puluh Lima Juta Enam Ribu sembilan Puluh 

Satu Rupiah 

Maros, 22 November 2010 

Kepala Balai Riset Perikanan 

Budidav~Payau, 

Peneliti Utama, 

~ 

Dr. lr. Rachman Syah, MS. 

NIP . 1961102 198603 1 004 

Herlinah, S.Pi. MS. 

NIP.19760517200112 2 002

GKASAN 

Perbenihan udang masrr; r-. en~ad i pennasalahan utama dalam industri udang 

hingga saat ini. Pennasalaha'1 ya'1g dihadapi dalam perbenihan udang windu, salah 

satunya adalah proses produksi larva. Belum tersedianya pakan alami yang tepat serta 

dalam jumlah dan kualitas yang mencukupi kebutuhan harian larva masih menjadi 

kendala dalam kegiatan perbenihan pada produksi post larva (PL). Mikroalga, 

Chaetoceros sp. adalah jenis pakan alami yang umum digunakan sebagai pakan alami 

bagi larva udang windu (Penaeus monodon). Saat ini telah ditemukan berbagai jenis 

Chaetoceros yang digunakan dipanti-panti perbenihan namun belum diketahui 

karakteristik genetik dan perbandingan maupun keunggulan masing-masing jenis 

terhadap performa larva udang windu yang dihasilkan. 

Kegiatan penelitian · Karakterisasi Genetik Berbagai Spesies Chaetoceros Serta 

Analisis Pemanfaatannya pada Perbenihan Udang Windu (Panaeus monodon)" meliputi 3 

kegiatan yakni 1) karakterisasi genetik berbagai jenis, 2) Pemantauan pertumbuhan dan 

kualitas nutrisi dari berbagai jenis Chaetoceros yang diperoleh serta, 3) analisis 

pemanfaatan dari Chaetoceros tersebut pada larva udang windu. 

Penelitian diawali dengan karakterisasi genetik berbagai spesies Chaetoceros 

dengan teknik PCR untuk memastikan pemilihan spesies yang digunakan. Selanjutnya, 

dilakukan uji komposisi biokimia dan uji pertumbuhan serta aplikasi penggunaan 

mikroalga tersebut pada larva udang windu. Penelitian menggunakan kontainer volume 

100 L dan didesain denga!l rancangan acak lengkap dengan 5 perlakuan dan 3 ulangan. 

Hasil yang diharapkan dari kegiatan penelitian ini adalah diketahuinya secara jelas 

karakteristik genetik dari berbagai spesies Chaetoceros yang banyak digunakan selama 

ini dan komposisi biokimia nutrisi dari masing-masing spesies sehingga dapat diterapkan 

untuk menentukan jenis pakan alami dalam hal ini jenis Chaetoceros yang tepat pada 

perbenihan larva udang windu. Sehingga dengan sendirinya akan diperoleh peningkatan 

produksi dan kualitas larva udang windu.

'RAKA TA 

~~~_:... . ~ 

Alhamdulillahirabbil a !a~- s.ega:a puji hanya bagi Allah SWT yang telah 

memperkenankan kita se ga elaksanakan segala aktifitas penelitian ini 

dengan baik tanpa halanga ang berar+J. 

Penelitian dengan judul ·Karakterisasi Genetik Berbagai Spesies Chaetoceros 

Serta Analisis Pemanfaatannya pada Perbenihan Udang Windu (Panaeus monodon)" 

merupakan penelitian Program lnsentif Peningkatan Kemampuan Peneliti dan 

Perekayasa Tahun 2010. Seluruh rangkaian kegiatan dari penelitian ini telah selesai dan 

diharapkan hasilnya dapat segera dipublikasikan baik berupa laporan akhir/laporan teknis 

hasil penelitian dan beberapa laporan ilmiah. 

Tanpa bantuan dan kekompakan dari tim peneliti, pembantu peneliti dan tenaga 

lapangan serta dukungan dari rekan-rekan di lingkup 'Badan Riset Kelautan ·dan 

Perikanan khususnya Balai Riset Perikanan Budidaya, Maros, tentunya penelitian ini tidak 

akan dapat be~alan dengan baik. Untuk itu melalui prakata singkat ini kami 

mengucapkan terimakasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya kepada semua pihak 

yang tidak dapat kami sebutkan satu per satu. Semoga semua langkah, aktifitas dan 

ke~a 

keras yang telah kita lakukan bernilai ibadah di sisi Allah SWT dan semoga 

penelitian yang dilakukan ini bermanfaat baik bagi pengembangan ilmu dan teknologi 

perikanan dan kelautan di Indonesia, Amin. 

Maros, 22 November 2010 

Peneliti Utama, 

Herlinah

~- .:, - ·=r;...R lSI 

29 

LEMBAR IDENTITAS DAN PENG~~-. 

RINGKASAN 

PRAKATA 

DAFTAR lSI 

DAFTAR TABEL 

DAFTAR GAMBAR 

Halaman 

ii 

iii 

iv 

v 

vii 

viii 

BASI PENDAHULUAN 

1 

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 

2.1. Biologi dan Morfologi Chaetoceros 

2.2. Pertumbuhan Chaetoceros 

3 

3 

4 

2.3. Komposisi Kimia Chaetoceros 

5 

2.4. Karakterisasi Genetik 

2.5. Hubungan Kekerabatan dan Jarak Genetik 

2.6. Pakan Larva 

2.7. Kualitas Air 

6 

9 

10 

11 

BAB Ill TUJUAN DAN MANFAAT 

12 

BAB IV METODOLOGI 

13 


4.1.1 . Ekstraksi DNA 

13 

13 

4.1.2. Penggandaan DNA 

4.1.3. Elektroforesis 

4 .1.4. Analisa sekuen DNA 

14 

14 

15 

4.2. Pemantauan Pertumbuhan dan Komposisi Biokimia 

16 

4.3. Aplikasi Chaetoceros terhadap Larva Udang Windu 

18 

BAB V HAS~L o;..N PEMBAHASAN 

21 

5.1 Of"s~e-~as 1 Gsr--€:."ca Molekuler 

21 

52 

28

BAS VI 

KES IMPUU..N D.!. 

32 

6.1 KES IMP .... - 

6.2 SARAN 

DAFT AR PUSTAKA 

32 

32 

33

1. Komposisi PUFA beberapa 

2. Komposisi Asam lemak. Prote 

3. Komposisi Medium Steril Walne (P 

RTABEL 

pad a medi~m Guillard · s 

al l emak beberapa jenis Chaetoceros 

Conwy) 

6 

6 

17 

4. Hasil Slash Sampel Chaetoceros 25 

5. Hasil Pengamatan klorofil a 5 Jenis Chaetoceros sp 28 

6. Hasil Pengamatan Komposisi Proksimat 5 Jenis Chaetoceros 29 

7. laju metamorfosis larva udang windu setiap perlakuan sampai hari ke-9 30 

8. Kisaran rata-rata Hasil Peng ukuran parameter kualitas air 31 

9. Hasil Pengukuran Klorofil a 38 

10. Sintasan larva Udang windu setiap perlakuan sampai pad a Hari Kesembilan 39

~-r.1BAR 

1. Morfologi C. grad/is 3 

2. Siklus hidup Chaetoceros sp 4 

3. Fase pertumbuhan mikroalagae 5 

4. Sampel Chaetoceros yang siap d1sentrifuge 14 

5. Pemantauan Pertumbuhan Chaetoceros di Lab. Biologi dan 

Pengukuran kandungan Chlorofil di Lab. Kualitas Air BRPBAP Maros 17 

6. Kegiatan Ekstraksi Chaetoceros spp dengan Sentrifuge 18 

7. Aplikasi Chaetoceros pada larva udang windu (Penaeus monodon) 18 

8. Hasil elektorforesis DNA genom 21 

9. Hasil kromatografi fragmen 16S rRNA mtDNA (bawah) Ghaetoceros 23 

10. Dendrogram UPGMA berdasarkan nukleotida daerah 16S rRNA mtDNA 24 

11. Grafik Perkembangan Cell Chaetoceros sp yang Dikultur dengan Aerasi 28 

12. Grafik Sintasan Larva Udang windu 29 

13. Met ode Ekstraksi DNA (Lampi ran 1) 36 

14. Metode PCR 37

BABI.PENDAHULUAN 

Mikroalga secara kuantitatif merupakan komponen dan juga memiliki fungsi 

biologis dan ekologis yang sangat penting, misalnya sebagai produsen primer dalam 

rantai makanan (Lin et a/. 2005), sebagai pakan hidup dalam marikultur (Brown and Miller 

1992; Rao eta/. 2005), sebagai penyerap bahan pencemar (Gonzales-Davina 1995) dan 

sebagai transfer polutan dalam rantai makanan (Okay et a/. 2000). Keberadaan 

konsumen primer berupa zooplankton, larva invertebrata (udang dll) serta ikan sangat 

dipengaruhi oleh jumlah produsen primer dalam hal ini mikroalga yang terdapat di suatu 

perairan (Bosman and Hockey 1988) dan dalam lingkup yang lebih kecil yakni 

ketersediaan mikroalga di perbenihan. Faktor pendukung utama dalam peningkata 

produksi budidaya udang di tambak adalah perbenihan, dimana kebutuhan akan be · 

terus meningkat seiring dengan perkembangan teknologi budidaya. Salah satu faKto 

pendukung dalam keberhasilan usaha perbenihan · udang adalah ketersediaan paKa., 

alami berupa mikroalga. 

Pemberian pakan alami yang tepat dan berkualitas dengan jumlah yang cukup 

dapat meningkatkan kelangsungan hidup larva udang. Pemberian pakan alami sangat 

penting terutama pada fase awal larva dimana saluran cema belum berkembang 

sempuma sehingga diperlukan suplai nutrisi dari luar tubuh. Karakterisasi pakan alami 

yang digunakan yaitu mempunyai nilai nutrisi yang tinggi, mudah dibudidayakan, memiliki 

ukuran yang sesuai dengan bukaan mulut larva, dan kemampuan berkembang biak 

dengan cepat. Pada kultur pakan alami yang berupa fitoplankton, pemantauan 

pertumbuhan sel sangat diperlukan disamping kualitas dan jumlah selnya. Pertumbuhan 

setiap jenis fitoplankton bervariasi tergantung pada kondisi kultur (kualitas air, 

pencahayaan dan suhu), inokulan, unsur hara, keterampilan teknis dalam 

penangananannya serta spesies yang digunakan (Liao et a/. 1983). 

Selama ini ske/etonema costatum merupakan jenis yang paling banyak digunakan 

karena kemudahan dalam kulturnya, tetapi teknik ,pengawetan dalam·· waktu lama 

mengalami kendala serta performa larva yang dihasilkan lebih rendah dibanding dengan 

penggunaan Chaetoceros sp (Haryanti et a/. 1992). Aplikasi penggunaan beberapa 

jenis mikroalga telah dilakukan oleh Nunez et a/. (2002) terhadap larva stadia zoea 

Utopenaeus vannamei selama 72 jam. Berdasarkan penelitian tersebut diperoleh laju 

kecemaan. s "tasa~ can tota! biomassa tertinggi pada Chaetoceros sp dibandingkan 

S.coscawm -aa~ a ....... ~.m demikian, ketersediaan Chaetoceros sering

2 

mengalami kendala karena 

dicapai pada umur 3-6 ha · 

relatif lambat dimana puncak populasi 

Penyediaan pakan ala'111 yang bericualitas dan mencukupi sangat penting untuk 

pemeliharaan larva, terutama pada pantJ-panti pembenihan.. Pentingnya penyediaan 

pakan alami lebih dirasakart paca ,pembenihan organisme laut seperti udang windu 

karena hingga saat ini belum ada pa'-::a:-1 buatan yang dapat menggantikan peranan pakan 

alami secara sempuma. Salah satu jenis pakan alami yang sering digunakan sebagai 

pakan larva udang di pembenihan adalah Chaetoceros sp. Menurut Suryanto dan 

Hardjono (1987) bahawa salah satu jenis diatom yang telah populer dan cocok untuk 

larva pada stadia awal adalah Chaetoceros. Selanjutnya Nurdjana et al., (1980) dan Lim 

et al., (1987) menyatakan bahwa Chaetoceros merupakan salah satu jenis diatom yang 

cukup baik sebagai pakan larva udang. 

Di panti-panti perbenihan, dijumpai beberapa· jenis ··-chaetoceros ·yang diduga 

merupakan spesies yang berbeda dan memberikan kualitas nutrisi dan pengaruh yang 

berbeda terhadap performa dan kualitas larva udang. Untuk itu perlu dilakukan 

karakterisasi genetik dari berbagai jenis Chaetoceros yang sering digunakan di 

perbenihan larva udang windu; kajian perbandingan pertumbuhan dan kualitas 

(komposisi biokimia) berbagai spesies Chaetoceros; serta kaji terap (aplikasi) 

penggunaan berbagai jenis Chaetoceros terhadap perform a· dan kualitas· larva udang 

windu yang dihasilkan, sehingga produksi (kuantitas) dan kualitas larva yang dihasilkan 

akan meningkat karena penggunaan mikroalga jenis Chaetoceros yang tepat.

BAB II. 

AUAN PUSTAKA 

2.1. Biologi dan Morfologi Chaetoceros 

Secara biologi Chaetoceros termasuk kelas diatom yang hidup pada lingkungan 

perairan laut, dimana pada bagian luamya dibungkus oleh cangkang dari silikat dengan 

bentuk yang geometric beraturan. Jenis ini telah banyak diidentifikasi dan diklasifikasi 

berdasarkan ukuran, bentuk dan struktur silikat pada cangkangnya (Hourmant et a/., 

2009)(Gambar 1). 

Gambar 1. Morfologi C. gracilis (Hourman et a/.,2009) 

C. gracilis merupakan frtoplankton sel tunggal dan dapat membentuk rantai menggunakan 

duri yang saling berhubungan dari sel yang berdekatan. Tubuh utama berbehtuk selinder 

pipih. Jika dilihat dari samping mikroalgae ini berbentuk persegi dengan panjang 12-14 

!Jm dan Iebar 15-17 !Jm, dengan setae yang menonjol . Selnya dapat membentuk rantai 

sebanyak 10-20 sel dan mencapai panjang 200 IJm (Pilar eta/., 2003). 

Klasifikasi mikroalga Chaetoceros menurut Botes (2003) Sebagai berkut: 

Phyi!Jm Chrisophyta 

Klass 

Bacillariophyceae 

Ordo 

Biddulphiales 

Sub ordo Biddulphineae 

Famili Chaetocerotaceae 

Genus Chaetoceros 

Species C. gracillis 

Ukuran beberapa jenis Chaetoceros bervariasi yaitu C. ceratosporum berukuran 

5-7 !Jm dengan pa~a~ cetae 20 !Jm, sedangkan C. gracillis berukuran 6-12 IJm, volume 

sel vaitw v 

as1h dapat diterima larva udang yaitu sekitar 3-30 !Jm 

Nei can 'F-: 

.4 1:.:=-

4 

Siklus hidup Chaetoceros yai:"..J peri-\ - ... . .; .. '-._-.) 

' 

,.. ..:. ' . 

.L.., 

'· '' " •. ' 

\ 

.· '-'v· 

:) "" :--- ~ - -)., 

. , - 

•_, "'~;{· 

.., __ ;), / 

(~/ ---&:.-:::: 

. 

.. r-=-- . 

""a.. J -~ - .• 

,. ~ i - -- ..,- ' ~ -'\.;_, I '' .. ' " -·· '--.~ -' ... '·~-• - I 

·_. ' J· "!- ,. I • 

'--; .'• ,./ •: L 

:-,. ..../ ~ - -;---..,-l 

j 

/ 

~- 

. ,"'t 

l--c V>>\ ~""'---Y ..... ~ -~ 

:• ' •, ....._/ ~ • 

-·-'\ ......,. - '· .... .. .. ••. ) .·.... . r-.._: -, -, 

'.; .•.\:-:,._ I• '\. _;.:.r.:::_ "t -\ '. _I.._" ·-:~ : [-"" j . ' 

" '·.·......- , ,, L-"'"~ ---t -......... ~,, ,_ 

• ' ·-'~ •· ./-' -- )..,... '' : I 

< - > __ _, ._---: . .. -- . .. ~ /------:-" 

,. ~ ·' ...._ 1'--;--- -- < - ·- ~ - ' - o • ·~ ,. .. ' . 

•. ( - J - j ' v " >!; / ? ~ 

- ·;:;·-"..,o, )-···:·/ · · ._.c, - · ,-- ., 

15"-L ~~;;...._:..~ :;:' ·;:- ,. ;:;· ~~ -- ~~

5 

karena penurunan faktor pembatas seperti nutrient, cahaya, pH, karbon dioksida dan 

faktor fisika kimia lainnya (Gam bar 3). 

3 4 

f u 

jl 

E 

:J 

c 

"ij 

0 

't 

IS) 

.2 

11a~ or induction phase 

2 e>

6 

yang dikultur pad a Guillard · s F2 mec 

dan 12 jam gelap terlihat pad a Tabe 

dengan periode pencahayaan 12 jam terang 

Tabel 1. Komposisi PUFA beberapa jenis Diatom pada medi~m Guillard's 

Pol_lunsaturated C.cal 

16:2(n-7) 3,5 

16:2(n-6) 

16:2(n-4) 

16:3(n-6) 

16:3(n-4) 

16:3(n-3) 

16:4(n-3) 

16:4(n-1) 

18:2(n-9) 

18:2(n-6) 

18:3(n-6) 

18:3(n-3) 

18:4(n-3) 

18:6(n-3) 

20:4(n-6) 

20:4(n-3) 

20:5(n-3) 

22:5(n-3) 

1,0 

8,0 

0,3 

0,8 

0,8 

0,4 

TR 

0,5 

5,7 

0,2 

11 '1 

C.gra no 1 

2,9 

1,7 

2,3 

2,0 

0,5 

0,8 

0,2 

4,5 

TR 

4,6 

C._g_ra. no 2 

2,4 

0,7 

2,2 

TR 

4,2 

0,7 

1,1 

1,2 

0,2 

TR 

5,7 

Skele 

3,3 

3,6 

3,7 

2,0 

2,2 

0,3 

0,3 

. ·-.2~ 2 

TR 

6,0 

Thai 

2,7 

4,6 

12,7 

2,3 

TR 

0,4 

0,2 

0,1 

.6,3 

0,3 

0,3 

19,3 

22-6(n-3) 0,8 0,3 0,4 2,0 3,9 

S~mber : Boeing (2008) Ket. C.CAL (Chaetoceros ca/citrans) I C.GRA (Chaetoceros 

gracilis) I SKEL (Ske/etonema costatum) I THAL (Tha/assiosira pseudonana) 

Tabel2. Komposisi Asam Lemak, Protein dan Total Lemak beberapa jenis chaetoceros 

Nutrien 

C. neog_racilis 

C20.4 n-6 3,1 

C20.5 n-3 14,0 

C22.5 n-3 0,0 

C22.6 n-3 0,8 

Protein 25,7 

Lemak total 10,7 

S~mber . Okauci et at (1997) 

C. neog_racilis 

2,8 

15,0 

0,2 

0,8 

24,0 

11,8 

C. calcitrans 

0,5 

15,3 

0,6 

1,4 

20,1 

9,9 

Chaetoceros se_ 

3,0 

16,0 

0,2 

1,0 

22,3 

1-1 ~D 

Kondisi kultur berpengaruh terhadap nilai nutrisi C. muelleri dimana kadar protein 

tertinggi didapatkan pada kultur dalam ruangan (Indoor) pada musim panas tetapi 

menurun drastis pada musim dingin, sedangkan lemak tertinggi didapatkan pada kultur 

luar ruangan (Outdoor) (Elias eta/., 2005). 


Diferensiasi ~e~e· oat

7 

habitat, komunitas, populasi, dan jenis. Keragaman genetik ini dianggap penting 

dibanding jenis dan ekosistem. Hal ini disebabkan karena sumber daya genetik 

merupakan kunci penting bagi suatu jenis untuk bertahan hidup sampai generasi 

berikutnya. Krisis biodiversitas atau keragaman hayati dimulai dari semakin menurunnya 

tingkat keragaman genetik dari suatu jenis. 

Menurut Sumantadinata (1980) keragaman genetik antar populasi merupakan 

hasil interpretasi dari isolasi secara fisik maupun terhalang secara ekologis, terpisah jauh 

secara geografis atau pengaruh tingkah laku seperti migrasi dan waktu memija ... 

Keragaman genetik suatu populasi memiliki arti penting, karena faktor yang 

mempengaruhi respon suatu populasi terhadap seleksi alam maupun buatan ya 

dilakukan oleh manusia untuk mengeksploitasi sumberdaya hayati tersebut ses:..;a 

kebutuhannya. Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi memili 

yang lebih baik. Hal ini disebabkan karena setiap 9en meffii.liki respon yang be:t:>edabeda 

terhadap kondisi lingkungan, sehingga dengan dimilikinya berbagai macam gen da · 

individu-individu di dalam populasi maka berbagai perubahan lingkungan yang ada akan 

dapat direspons lebih baik. Beberapa studi menunjukkan bahwa karakteristik genetik 

suatu populasi ikan di alam pada umumnya menunjukkan adanya heterogenitas spasial, 

bahkan pada jarak yang sang at dekat (Ryman & Utter, 1987). 

Keragaman genetik juga dipengaruhi oleh perpindahan materi genetik antar dua 

populasi yang berbeda tempat (Soelistyawati, 1996). Keragaman genetik mempunyai arti 

penting dalam stabilitas dan ketahanan populasi seperti pencegahan terhadap kehilangan 

fitness individu yang disebabkan oleh inbreeding yang dapat mengakibatkan kepunahan 

karena sifat yang seragam (Ferguson et a/., 1995). Leary et a/. (1985) memaparkan 

bahwa keragaman genetik yang rendah akan berakibat negatif terhadap sifat penting 

dalam makhluk hidup seperti kecilnya sintasan suatu organisme, berkurangnya 

pertumbuhan, dan keragaman ukuran, serta turunnya kemampuan adaptasi. 

Leary et a/. (1985) mengungkapkan bahwa rendahnya - keragaman · genetik 

berhubungan dengan terjadinya silang dalam populasi yang meningkat sehingga akan 

terjadi perubahan morfologi pada individu akibat meningkatnya homozigositas. 

Homozigositas ini akan menyebabkan berkurangnya kemampuan individu untuk 

berkembang secara normal. Menurut Frankham (1999) kehilangan keragaman genetik 

akan mengurang i kemampuan spesies tersebut untuk beradaptasi terhadap perubahan 

lingku'"'fa... 1:-;J.::';,;c:.; dengan keragaman genetik yang tinggi akan mempunyai komponen

8 

fitness yang besar yang me!iputi Ia~ pertumbuhan, fekunditas, viabilitas, dan daya tahan 

terhadap perubahan lingkungan da~ stress. 

Ada beberapa metode untuk mengukur keragaman genetik di dalam atau antar 

populasi. Menurut Chambers & Bayless (1983) dalam lmron (1998), ada tujuh cara untuk 

mengetahui keragaman genetik yaitu pengukuran asam inti, sekuensing protein, 

elektroforesis, imunologi, kromosom, hubungan antar lokus, morfometrik, dan studi 

breeding. Metode untuk mengukur keragaman genotipe yang sekarang ini banyak 

digunakan oleh para ahli genetika salah satunya adalah DNA mitokondria. Pengukuran 

tingkat DNA ini mempunyai hasil yang lebih akurat (Ryman & Utter, 1987). DNA tersusun 

dari rangkaian tinier nukleotida. Masing-masing nukleotida mengandung basa organik 

yaitu gula, pentosa, dan fosfat. Di samping itu terdapat pula empat basa nitrogen yang 

berbeda yaitu adenin, timin, sitosin, dan guanin. Keragaman genetik dapat dideteksi 

dengan bantuan enzim yang dapat mengenali rangkaian nukleotida · yang ··spesifik 4 ·- 6 

pasangan basa dari DNA (Watson & Crick, 1953 dalam Warwick eta/., 1995). Menurut 

Ryman & Utter (1987) untuk mengetahui genom suatu hewan yang bertujuan untuk 

kepentingan studi populasi dan evolusi adalah dengan menggunakan DNA mitokondria 

yang merupakan genom mitokondria yang berbentuk lingkaran ganda terdiri atas 5 - 10 

untai setiap organel. 

Mitokondria merupakan organel berupa kantung yang diselaputi oleh dua 

membran yaitu membran l~ar dan dalam, sehingga memiliki dua kompartemen yaitu 

matriks mitokondria yang diselimuti langsung oleh membran dalam dan ruang antar 

membran. Matriks mitokondria berupa cairan kental serupa gel, dengan campuran 

ratusan jenis enzim dengan konsentrasi yang sangat tinggi, untuk proses oksidasi piruvat, 

oksidasi asam lemak, dan untuk menjalankan siklus asam trikarboksilat. Matriks 

mitokondria juga mengandung salinan identik DNA genom mitokondria, ribosom 

mitokondria, tRNA, dan berbagai jenis enzim yang diperlukan untuk ekspresi gen 

mitokondria (Artika, 2003). 

Molekul DNA mitokondria mempunyai banyak kelebihan sebagai penanda 

molekuler dalam mempelajari hubungan evolusi hewan pada berbagai tingkat. Hal ini 

disebabkan ukurannya relatif kecil, mengandung 13 gen penyandi protein, 22 gen 

penyandi tRNA, 2 penyandi rRNA, dan satu ruas DNA berukuran besar yang tidak 

menyandj prate· Pola pewarisan melalui garis ibu yang menyebabkan tidak ada 

~ m:.:tasi tinggi, sehingga mempunyai keunggulan tersendiri sebagai 

Genom mitokondria mempunyai variasi sekuens DNA

9 

yang beberapa kali lebih tingg; d;:Ja 

1 0 kali lebih cepat. 

an dengan DNA inti dan kecepatan evolusi 5 - 

2.5. Hubungan Kekerabatan dan Jarak Genetik 

Phylogenetic merupakan studi tentang hubungan antar organisme berdasarkan 

penanda genetik. Di antaranya menguraikan hubungan secara evolusi antara organisme 

atau molekul, karena semua org anisme antara satu dan lainnya ada hubungan 

keturunan. Pada periode sebelumya, hubungan kekerabatan diduga berdasarkan 

karakter morfologi organisme hidup atau dari fosil (Hall dalam Nuryanto, 2007). 

Walaupun demikian pada saat ini data molekuler, khususnya data sekuens DNA lebih 

banyak diminati untuk mengetahui studi phylogenetic karena lebih akurat. Selain itu, 

dapat memberikan gambaran yang jelas mengenai hubungan antara organisme. 

Ditambahkan, data molekuler lebih mudah digunakan sebagai pengukuran kuantitatif 

daripada karakter morfologi. 

Menurut Li, 1997 dalam Nuryanto, 2007, hubungan evolusi antar organisme 

digambarkan dengan pohon phylogenetic. Pada filogeni molekuler, pohon phylogenetic 

dibuat berdasarkan perbedaan sekuens DNA antar individu atau sekuens aiel dari gen 

individu tersebut. Ada 4 macam metode untuk membentuk pohon filogeni dari protein 

maupun data sekuens DNA. Metode tersebut adalah neighbour joining (NJ), maximum 

parsimony (MP), maximum likehood (ML), dan Bayesian (BAY). 

2.6. Pakan Larva 

Siklus hidup larva udang peneaid (

10 

~m 3 ) memberikan performa larva yang lebih baik dibandingkan dengan Pinnata sp (60 

~m 3 ) dan T. nitchioides (780 ~m 3 ) tidak mendukung pertumbuhan larva. Sedangkan lsmi 

et a/ (1991) menyatakan bahwa penggunaan Chaetoceros sebagai pakan larva 

menunjukkan C. ceratosporum lebih baik dibandingkan dengan C gracillis karena 

perbedaan ukuran dimana larva lebih merespon pakan yang berkuran kecil. Larva P. 

merguiensis yang diberi algae biru hijau tidak dapat bermetamorfosis ke stadia 

selanjutnya meskipun secara histologi usus larva nampak penuh tetapi kebutuhan nutrisi 

tidak terpenuhi. 

2.7. Kualitas Air 

Kualitas air adalah setiap variabel yang mempengaruhi pengelolaan, sintasa .., 

reproduksi, pertumbuhan dan produksi hewan budidaya (Boyd, 1982). Variabel terseb 

meliputi suhu, salinitas, pH, senyawa amoniak dan oksigen tertarut. 

Suhu berpengaruh langsung terhadap keadaan tubuh organisme, dimana 

kenaikan suhu sebesar 1 ooc akan meningkatkan metabolisme dua kali lipat dan 

mereduksi kelarutan gas esensial dalam air. Kungvangkij (1986) menyatakan telur udang 

penaeid tidak akan menetas pada suhu dibawah 24°C. Suhu optimal dicapai pada kisaran 

29 - 31°C dimana telur menetas setelah 18 jam. Lebih lanjut dijelaskan bahwa pada 

stadia zoea larva udang windu bertangsung selama 6 hari pada suhu 28°C. Sedangkan 

pada suhu 30°C, metamorfosis berlangsung lebih singkat yaitu 4 hari. Kenaikan suhu 

diatas ambang optimal membahayakan kehidupan larva dan bahkan perubahan 

mendadak 2°C menyebabkan stres dan mortalitas tinggi. 

Salinitas merupakan jumlah bahan padat total yang terkandung dalam tiap 

kilogram air laut apabila semua karbonat dirubah menjadi bentuk oksida, bromida dan 

iodin diganti dengan klorin serta semua bahan organik mengalami oksidasi dan 

dinyatakan dalam gram perkilogram (Spotte, 1979). Larva udang windu menghendaki 

salinitas air media 30 - 35 ppt. (Nurdjana et a/., 1980). Selanjutnya dijelaskan bahwa 

stadia nauplius sampai dengan zoea dari induk ablasi tumbuh baik pada salinitas 30 - 35 

ppt, sedangkan mysis dan pascalarva 22 - 30 ppt. 

pH merupakan tingkat konsentrasi ion hidrogen yang ada dalam perairan air laut 

melalui kisaran pH 7,5 - 8,5 dimana pada konsentrasi lebih rendah atau lebih tinggi dari 

kisaran tersebut menyebabkan ketidaknormalan larva. Sutaman (1992) menyatakan 

bahwa pH dia:as 8,5 menyeoao!":an bentuk larva tidak normal dan menyebabkan 

metaformosis. Sedangkan pada kisaran 

6 4 capat ""e~- ~..!z-J: a "- L:::;_!' c:-=.:~::.;:::-!:.-.h. :: .r. se::::-esar 60% pengaruh pH yang rendah antara

11 

lain menurunkan daya tahan tubuh terhadap serangan penyakit sedangkan pada pH 

tinggi toksitas amoniak meningkat (Spotte, 1979). 

Senyawa amoniak dalam lingkungan perairan merupakan hasil pemupukan, 

kotoran udang dan perambakan jasad mokroorganisme (Nurdjanah et a/., 1980). 

Konsentrasi amoniak yang tinggi pada media kultur menyebabkan pengeluaran amoniak 

melalui insang terhambat sehingga te~adi akj.Jmulasi dalam darah mengakibatkan 

kekacauan metaboksme, selanjutnya menghambat pertumbuhan bahkan menyebabkan 

kematian (Lazur, 2007). Lebih lanjut dijelaskan pada kadar NH 3 0,5 ppm menurunkan laju 

pertumbuhan sampai 50%, sedangkan pada konsentrasi 1,3 ppm dapat mematikan larva. 

Oksigen terlarut merupakan variabel kualitas air yang penting bagi hewan air, 

dimana pada konsentrasi tertentu dapat diserap oleh haemosianin dalam pembuluh dara 

insang akibat perbedaan tekanan parsial selanjutnya dimanfaatkan dalam metabolisme 

baik pembentukan sel baru maupun pergerakan· ·(Lazur, 2007): ·· Udang wtnd 

membutuhkan kadar optimallebih besar dari 3 ppm. Sedangkan pada konsentrasi kurang 

dari 1 ppm menyebabkan kematian (Sutaman, 1992). 

Dalam proses pembelahan sel, cahaya memegang peranan penting dalam proses 

pertumbuhan fitoplankton. Menurut Budiono (1990) bahwa pertumbuhan fitoplankton 

sangat tergantung pada intensitas cahaya, lama penyinaran dan panjang gelombang 

cahaya yang mengenai sel-sel tanaman untuk berfotosintesis. Selanjutnya Dwijoseputro 

(1984) menyatakan sinar yang terlalu banyak berpengaruh buruk pada klorofil, sebab 

larutan klorofil. Berdasarkan hal tersebut maka dtanggap perlu dilakukan penelitian 

mengenai pengaruh intensitas cahaya dan lama penyinaran terhadap perumbuhan 

Chaetoceros sp.

BAB Ill. TUJUAN DAN MANFAAT 

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui secara jelas karakteristik genetik dari 

berbagai spesies Chaetoceros yang banyak digunakan di hatchery-hatchery dan 

komposisi biokimia nutrisi dari masing-masing spesies sehingga dapat digunakan untuk 

menentukan jenis pakan alami dalam hal ini jenis Chaetoceros yang tepat pada 

perbenihan larva udang windu_ Sehingga dengan sendirinya akan diperoleh peningkatan 

produksi dan kualitas larva udang windu.

BAB rv. METODOLOGI 

Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei - Nepember 2010 di Balai Penelitian dan 

Pengembangan Budidaya Air Payau - Mares. Dilakukan dibeberapa lekasi yakni 

Laberaterium Bieteknelogi, Laboratorium Bielog i, Laboraterium Kualitas Air, Laboraterium 

Nutrisi dan Laberaterium Kesehatan lkan dan Lingkungan serta lnstalasi Hatchery Balai 

Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau di Desa Lawallu Kabupaten Barru. 

Penelitian terdiri dari 3 lingkup keg iatan yakni sebagai berikut: 

4.1. Karakterisasi Genetik Berbagai Spesies Chaetoceros 

Kegiatan ini dilaksanakan di Laberaterium Bieteknelegi BRPBAP Mares. Bahan-bahan 

yang digunakan meliputi beberapa jenis Chaeteceres yang .untuk sementara diduga sebagai 

Chaeetoceros amami, Chaetoceros ca/citran, Chaetoceros ceratos, Chaetoceros gracilis 

dan Chaetoceros simplex yang ada di laberaterium kultur BRPBAP Mares, dan jika terdapat 

jenis yang berbeda ditambah dengan keleksi dari hatchery di sepanjang perairan Sulawesi 

Selatan antara lain hatchery di Barru dan Takalar. 

Kegiatan pada tahap ini dilakukan dengan 4 tahap utama, yaitu: 

1. Ekstraksi DNA 

2. Penggandaan (amplifikasi) DNA dengan teknik PCR. Primer spesifik telah 

dirancang/didesain dengan target: gen penyandi 16S-rRNA. 

3. Deteksi hasil amplifikasi (preduk PCR) dengan metede elektreferesis gel agaresa 

4. Analisa sekuen DNA hasil PCR 

4.1.1. Ekstraksi DNA 

Ekstraksi DNA diawali dengan kegiatan preservasi sampel. Mikroalga 

Chaeteceres murni yang telah dikultur dalam vo1u_me yang · - C!~kup _{! 50 ml} 

selanjutnya dipreservasi dengan cara 1 ,5 ml sampel disentrifuge 3500 rpm, 

selama 10 me nit. Buang supernatan dan ditambahkan sam pel dan disentrifuge 

lagi hingga terbentuk ekstrak mikroalga yang dianggap cukup dan sudah terpisah 

dengan kandungan aimya; kemudian diawetkan dalam larutan etanel 70%. 

Selanjutnya diuji dengan menggunakan teknik PCR dua tahap. Dipreservasi 

=s-Urea buffer dalam tabung eppenderf 1,5 ml, 

se ,' a,., ,_. u ruang sampai dilakukan ekstraksi DNA.

14 

Gambar 4. Sampel Chaetoceros yang siap disentrifuge 

Ekstraksi dan amplifikasi DNA Chaetoceros dilakukan dengan 

metode phenol kloroform. Semua sampel ditimbang sebanyak 0,03 gra 

na,....ao;...iffi-5 

supernatant yang diambil sebanyak 400 IJL dan penambahan etanol 95% se~nv-~ 

800 IJL Proses elektroforesis dilakukan dalam agarose 2% dengan TBE 1:x: se:.a;a 

pelarutnya. Elektroforesis dijalankan pad a tegangan 100 se 1 a~a 1 ja- ~ 

yang telah dielektroforesis selanjutnya direndam dalam farutan Bhidium Bromrca 

(konsentrasi 1 mg/ml) selama 10-15 menit lalu direndam lagi dalam akuades sa 

digoyang-goyangkan selama 5-10 menit agar sisa ethidium tertepas dan gel bisa 

terlihat lebih jemih. Gel kemudian disimpan dalam gel dokumentasi yang dilengkapi 

dengan lampu UV dan sekaligus dilakukan pengambilan foto. Detil prosedur dapat 

dilihat pada Lampiran 1. 

4.1.2. Penggandaan (amplifikasi) DNA dengan PCR 

Proses PCR untuk memperbanyak DNA melibatkan serangkaian siklus 

temperatur yang berulang dan masing-masing siklus terdiri atas tiga tahapan. 

Tahapan yang pertama adalah denaturasi cetakan DNA (DNA template) pada 

temperatur 94-96°C, yaitu pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal. 

Sesudah itu, dilakukan penurunan temperatur pada tahap kedua sampai 45-60°C 

yang memungkinkan terjadinya penempelan (annealing) atau hibridisasi antara 

oligonukleotida primer dengan utas tunggal cetakan DNA. Tahap yang terakhir 

adalah tahap ekstensi atau elongasi (elongation) , yaitu pemanjangan primer menjadi 

suatu utas DNA baru oleh enzim DNA polimerase. Temperatur pada tahap ini 

bergantung pada jenis DNA polimerase yang digunakan (Lampiran 2). 

4.1.3. Elektroforesis 

E:e r-~etoa'e untuk memisahkan DNA pada media gel 

be a"'"'~ c::;.e atan listrik. Pemisahan molekul DNA adalah

15 

berdasarkan perbedaan mobilitas atau kecepatan fragmen-fragmen DNA yang 

bergerak karena adanya gaya tarik atau gaya tolak partike-partikel (DNA) yang 

bermuatan. Pada proses elektroforesis, molekul-molekul dipisahkan berdasarkan laju 

perpindahannya oleh gaya gerak listrik di dalam matriks gel. Laju perpindahan 

tersebut bergantung pada ukuran molekul bersangkutan. 

Setiap sistem elektroforesis mempunyai kisaran optimum DNA yang akan 

dipisahkan. Fragmen DNA yang memiliki ukuran yang besar (> 20 kb = > 20.000 bp) 

tidak akan terpisahkan dengan memakai elektroforesis minigel. DNA-DNA berukuran 

besar (berbagai ukuran) akan terkumpul membentuk satu pita di dekat sumur (well) 

sampel. Elektroforesis minigel hanya optimum untuk pemisahan DNA berukuran 

kecil (ratusan bp hingga sekitar 10 kb). Kondisi running pada minigel: Voltase 70 

hingga 120 V, waktu running: 30 hingga 120 menit. Kondisi kuat arus (Ampere) aKa 

menyesuaikan setting Voltase sehingga tidak perlu disetting lagi. Buffe 

elektroforesis diperlukan untuk menciptakan kondisi -bermuatan · Hstrik. Pada 

umumnya berupa buffer TAE atau TBE. 

Prosedur Elektroforesis: 

• Sejumlah sampel DNA (banyaknya sampel tergantung tujuan pengecekan) yang 

akan di cek dicampur dengan 2-5 f.d loading dye yang mengandung bahan pemberat 

DNA dan pewama (Bromphenol blue, xylene cyanol, glycerol, EDTA). 

• Campuran dimasukkan ke dalam sumur-sumur elektroforesis. Siapkan 1 well untuk 

running marker DNA. 

• Bak elektroforesis ditutup dan lisrik dialirkan dengan tegangan 250 volt dan kuat arus 

80-100 rnA. 

• Setelah DNA bermigrasi dari kutub negatif ke kutl.ib positif .mencapai % bag ian dari 

panjang gel (dapat diamati dari migrasi pewama loading dye} , maka proses 

elektroforesis dapat dihentikan. 

• Gel diangkat dari bak elektroforesis dan .dilepaskan.dari .cetakan .·untuk selanjutnya 

diamati dengan menggunakan ultraviolet transluminator dengan panjang gelombang 

pendek (280 nm). 

4.1.4. Analisa sekuen DNA hasil PCR 

SeK~.;e 

377 ::Je,..,• n E: l.rii.:-~ ~&!,J_ Cvcle sequenc;ng DNA template dilakukan

16 

menggunakan kit BigDye® Ready Reaction Mix (Perkin Elmer Biosystem, USA). 

Campuran cycle sequencing terdiri atas 1 J..ll (300-500 ng) DNA template, 3,2 pmol 

primer, 1 1-11 DMSO, 6 1-11 BigDye® Ready Reaction Mix, dan nuclease free water 

untuk menggenapkan volume menjadi 20 1-1'- Prose cycle sequencing dilakukan pada 

mesin PCR dengan kondisi sebagai berikut: pre-PCR pada suhu 94°C selama 5 

menit, denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik, annealing atau pelekatan primer 

(50°C, 30 detik}, elongasi atau pemanjangan primer (72°C, 2 menit}, dan post-PCR 

(72°C, 7 menit) dengan jumlah siklus sebanyak 25 kali. 

Hasil cycle sequencing terebut selanjutnya dimurnikan dengan metode 

pengendapan etanol dan natrium asetat (Sambrook dan Russell 2001 ). Pada 

metode pemurnian ini campuran hasil cycle sequencing dimasukkan dalam taoung 

Eppendorf yang berisi 50 J..ll 95% (v/v) etanol dan 2 1-11 3M natrium asetat pH 4.6 ta 

divorteks. Setelah diinkubasi pada suhu ruang 

disentrifugasi selama 20 menit pada kecepatan 

supernatan dibuang sampai habis menggunakan pipet mikro. Pelet yang tertinggal 

dicuci dua kali dengan 70% (v/v) etanol. Untuk menghilangkan sisa-sisa etanol, 

pelet divakum selama 10 men it. Pelet yang diperoleh selanjutnya dilarutkan dengan 

loading buffer dan siap dilarikan pada gel sekuensing. Sekuen DNA yang diperoleh 

dibandingkan dengan sekuen data base European Bioinformatics Institute (EBI) 

BLASTIN 2.0 atau FASTA3 pada situs http://www.ebi.ac.uk. 


Kegiatan pemantauan pertumbuhan dan komposisi biokimia berbagai spesies 

Chaetoceros dilaksanakan di beberapa lokasi laboratorium yakni di Laboratorium Biologi, 

Laboratorium Kualitas Air dan Laboratorium Nutrisi dan Makanan lkan BRPBAP Mares. 

Wadah yang digunakan untuk pemantauan pertumbuhan yakni wadah kaca yang diisi 

volume air media 2 liter, dilengkapi dengan perangkat .. aerasi . dan .lampu penerangan 

dengan suhu ruangan 23°C. Media air laut yang digunakan salinitas 30 ppt dan terlebih 

dahulu disaring dengan menggunakan membran filter 0,2 mikron, selanjutnya diautoclave 

(115 oc selama 30 menit). Media air selanjutnya dipupuk dengan Conwy. Komposisi 

pembuatan medium Conway (Walne) sebagai berikut:

17 

Gam bar .... Kegiatan pemantauan pertumbuhan spesies Chaetoceros sp 

Tabel3. Kome_osisi medium steril Walne 

Nutrien 

NaN03 

Na 2 EDTA 

H3803 

NaH2P04.H20 

FeCI3.6HzO 

MnCiz.4HzO 

Stok vitamin primer 1 > 

Stok Trace metals 2 > 

Akuades 

lJKomposisi stok vitamin primer 

Vitamin 81 

Vitamin 812 

Akuades 

Kome_osisi Stok trace metals 

ZnCiz 

COCI2.H20 

H4)6Mo10 24· HzO 

CuS04. SH20 

Akuades 

Total 

10,0 g 

4,5 g 

.. 3,3g 

2,0 g 

0,13 g 

0,036 g 

10 ml 

0,1 ml 

Volume up to 100 ml 

---50mg 

2,5mg 

50ml 

2,1 g 

2,0 g 

0,9 g 

2,0 g 

100 ml

18 

Stok Chaetoceros yang akan diinokuilasi, terlebih dahulu dihitung kepadatan 

awalnya kemudian diinokulasi sesuai dengan kepadatan awal media Chaetoceros yang 

diinginkan yakni 500.000 sellml. Hasil akhir yang diukur (endpoint) adalah pertumbuhan 

Oumlah sel) diatom pada perlakuan. Penelitian didesain dengan Rancangan Acak Lengkap 

dengan 5 perlakuan dan 3 ulangan (Gambar 3). Untuk kegiatan uji mutu/kandungan nutrisi 

dari sampe/ Chaetoceros, telah dilakukan pengumpulan ekstrak 5 jenis Chaetoceros dengan 

menggunakan sentrifuge untuk kebutuhan ana lisa proksimat (Gam bar 4 ). Kegiatan 

pemantauan biokimia terdiri dari komposisi proksimat dan pengukuran khlorofil. 

Gambar 5. Pemantauan Pertumbuhan Chaetoceros di Lab. Biologi dan Pengukuran 

kandungan Chlorofil di Lab. Kualitas Air BRPBAP Maros

19 

Gam bar 6. Kegiatan Ekstraksi Chaetoceros spp dengan Sentrifuge 

4.3. Aplikasi Pemanfaatan Chaetoceros spp pada Perbenihan Larva Udang Windu. 

Penelitian dilaksanakan di lnstalasi Hatchery BRPBAP di Kab. Barru. Tahapa 

diawali/disertai dengan kegiatan penyediaan stok kultur murni dan ku ltur massal. 

murni Chaetoceros sp diperoleh dari Laboratorium Kultur Mumi/Laboratorium Biolog· 

BRPBAP Maros. Diatom dikultur dalam medium steril Walne (Conwy). 

Medium Walne 

disterilisasi menggunakan prosedur standar autoclave. Kultur stok awal dibuat menjadi 5 x 

1 0 5 sel/ml. Kepadatan stok dihitung dengan menggunakan haemocytometer di bawah 

mikroskop. Setiap 7-14 hari sekali dilakukan pemindahan ke media yang baru. Selanjutnya 

untuk membudidayakan secara massal di lakukan upscalling yaitu peningkatan skala secara 

bertahap. 

Bak pemeliharaan larva yang digunakan adalah bak fiber volume 1 00 liter sebanyak 

15 bak. Air laut hasil saringan filter bag diklorinisasi 125-150 ppm kemudian diaerasi 

beberapa menit lalu dinetralkan dengan natrium thiosulfat. Pupuk yang digunakan adalah 

pupuk teknis dengan komposisi Urea 10 g/ton, TSP 15 g/ton, ZA 60-80 g/ton, EDTA 2 g/ton, 

FeCI3 1 g/ton. 

rr ~ ~ 

,.... 

Gambar 7. Aoli'l

20 

Penelitian didesain dengan rancangan acak lengkap dengan 5 perlakuan Genis 

Chaetoceros yang digunakan) masing-masing dengan 3 ulangan. Udang uji yakni naupli 

udang windu yang berasal dari satu ekor induk, ditebar dengan kepadatan 100 ekor/liter. 

Pemberian mikroalga Chaetoceros spp sebanyak 2-10 L per hari tergantung stadia 

perkembangan larva. Pengamatan perkembangan stadia dan pengukuran kepadatan serta 

pengukuran kualitas air yakni DO, pH, suhu, dan salinitas dilakukan setiap hari. 

Meskipun dilaksanakan di ruang non permanen yang diberi atap dan didinding rapat 

dengan terpal plastik di lnstalasi hatchery BRPBAP Barru, diharapkan suhu bisa 

dipertahankan konstan (tidak terlalu fluktuatif) dan dapat mendukung perkembangan naupli 

udang windu dan pakan chaetoceros yang akan dicobakan. Hal ini dilakukan denga. 

pemasangan instalasi lampu, namun karena desain ruangan tertutup dengan terpal plas'" 

sehingga suhu dapat stabil dan tidak diperlukan penggunaan heater di masing-masina ba 

pemeliharaan.

BAS V. HASIL DAN PEMBAHASAN 

5.1 Diferensiasi Genetika Molekuler 

Kegiatan diawali dengan preservasi sampel dan diperoleh hasil ekstraksi DNA 

genom dari keempat jenis Chaetoceros yang diuji coba (Gambar 4), yang menghasilkan 

fragmen tunggal dengan berat molekul 1200 bp, hal ini memperlihatkan bahwa dengan 

menggunakan preservasi larutan TNES-Urea dengan metode Phenol-Chloroform maka 

ekstraksi DNA genom Chaetoceros telah berhasil dilakukan yang menghasilkan tingKa 

kemurnian DNA genom yang tinggi, jelas dan bersih. Hasil penelitian ini mengindikasika 

bahwa preservasi larutan TNES-Urea dan metode Phenol-Chloroform merupakan met 

yang efektif digunakan untuk isolasi DNA genom Chaetoceros. Berdasarl

£-V 

:.•1' !': 

,>J"i:\·.' j ' 

i . 1 • II 

ll

23 

A-4 

24 

[GENETYX : Evolutionary tree] 

Date : 2010.10.26 

Method: UPGMA 

0.0173 

A1-16s-forward-edit 

0.0( 17 

- 

0.0173 

A4-16s-for ward - ed~~ 

0.0029 

A3 - l6s-forwa=d-ed~~ 

0.0086 

0.0029 

A5 - 16s- forward-edit 

0.0075 

0.0115 

A2-16s-forward-edit 

Gam bar 10. Dendrogram UPGMA berdasarkan nukleotida daerah 16S rRNA mtDNA 

C.amami, C.calcitran, C.ceratosforum, C. gracilis, C. ·simplex berukuran 1200 

bp. 

Sampel C. amami mempunyai jarak genetik 0,0017 dengan C. gracilis dan nilai jarak 

genetik 0,0173 dengan C. gracilis. Sampel C. calcitrans mempunyai jarak genetik terbesar 

yaitu 0,0115 dengan C. ceratosforum dan C. simplex. Sampel C. ceratosforum mempunyai 

jarak genetik 0,0086 dan nilai jarak genetik 0,0029. Variasi·genetik·yang -k~cil kemungkinan 

diakibatkan oleh kurangnya pertukaran bibit Chaetoceros antar lokasi dan persilangan yang 

jarang terjadi karena semua bibit Chatoceros yang berada pada suatu daerah berasal dari 

satu sumber saja. Disamping perbedaan lingkungan perairan budidaya, karakteristik genetik 

(genotip) terse but juga merupakan salah satu penyebab terjadinya perbedaan fenotip 

Chaetoceros. Penggunaan populasi yang sama secara genetik akan menghasilkan generasi 

yang miskin variasi genetik dan akan terjadi "bottle neck effect" (pembatasan pertukaran 

gen) dalam suatu pen

25 

hilangnya aiel penting tertentu, misalnya aiel terhadap ketahanan terhadap penyakit atau 

perubahan lingkungan. 

Dendrogram hasil pengamatan morfometrik antar populasi diperoleh 2 kelompok 

(cluster) yaitu cluster pertama yang terdiri atas kluster C. Am ami dan C. gracilis, dan kluster 

C. calcitran, C. ceratos, dan C. simplex. Terjadinya pengelompokan ini kemungkinan 

disebabkan oleh persamaan lokasi geografi. Sesuai dengan pendapat (Tave, 1995) 

penampilan fenotipe sangat dipengaruhi oleh habitatnya. Dimana fenotipe suatu individu 

merupakan ekspresi dari genotipe dan lingkungan. Dengan lokasi geografi yang sama 

diduga kondisi kualitas air juga relatif sama. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa faktor 

lingkungan dapat mempengaruhi fenotifik suatu organisme. Suzuki et a/. (1 989) 

mengatakan, penampakan keragaman fenotipe pada beberapa sifat kuantitatif sebagia 

besar dipengaruhi oleh adaptasi lingkungan, bukan semata-mata oleh komponen genetL 

Nilai jarak genetik dan jauh dekatnya hubungan ··kekerabatan antar sampel 

menentukan keberhasilan persilangan dan budidaya suatu organisme. Semakin besar nilai 

jarak genetik dan semakin jauh hubungan kekerabatan antar sampel maka semakin kecil 

keberhasilan persilangan, tetapi kemungkinan untuk memperoleh genotip unggul lebih besar 

jika persilangan berhasil. Semakin beragam genetik yang ada maka semakin besar 

kemungkinan untuk memperoleh genotip unggul. Perkawinan antara individu berjarak 

genetik dekat atau hubungan kekerabatanya sama mempunyai efek peningkatan 

homozigositas. Sebaliknya perkawinan antara individu berjarak genetik besar atau 

kekerabatannya jauh mempunyai efek peningkatan heterozigositas (Leong, 1995). 

Homologi hasil analisis blast N untuk susunan basa nukleotida sampel Chaetoceros 

hasil penelitian dengan Chaetoceros yang tersedia di Bank Gen tertera di Tabel4 berikut: 

Tabel4. Hasil Blash Sampel Chaetoceros 

Sam pel 

Deskripsi 

Query 

Coverage 

Max. 

Identity 

1 . Chaetoceros • Chaetoceros muellerii isolate C12 16S 99% 94% 

amami 

ribosomal RNA gene, partial sequence; 

chloroplast 

• Chaetoceros calcitrans isolate C07 16S 99% 94% 


chloroplast 

• Chaetoceros sp. GSL025 16S ribosomal 99% 93% 

RNA gene, partial sequence;_Qiastid 

I· Chaetoceros socia!is strain NOZ 16S ribosomal RNA ce~e partial sequence; I 

99% 93%

26 

chloroplast 

• Chaetoceros sp. C134 16S ribosomal 99% 93% 

RNA gene, partial sequence; chloroplast 

2. Chaetoceros • Chaetoceros muellerii isolate C12 16S 99% 96% 

calcitran 


chloroplast 


RNA gene, partial sequence; plastid 



chloroplast 

• Chaetoceros socialis strain NOZ 16S 99% 95% 


chloroplast 

• Chaetoceros sp. C134 16S ribosomal 95% 95 % 


3. Chaetoceros • Chaetoceros muellerii isolate C12 16S 99 % 98 % 

ceratosforum 


chloroplast 

• Chaetoceros sp. GSL025 16S ribosomal 99 % 98 % 




chloroplast 



chloroplast 



4. Chaetoceros • Chaetoceros muellerii isolate C12 16S 100% 96% 

gracilis 


chloroplast 





chloroplast 

• Chaetoceros calcitrans isolate _C07 16S 100% 95% 


chloroplast 



- 

5. Chaetoceros • Chaetoceros muellerii isolate C 12 16S 92% 98% 

simplex 


chloroplast 


RNA gene. parta! sequence; plastid 

I

27 

I 



chloroplast 



chloroplast 

• Chaetoceros sp. C 134 16S ribosomal 92% 96% 


Homologi yang dilakukan dengan analisis blastN, Chaetoceros ceratosforum dan 

Chaetoceros simplex hasil penelitian menghasilkan top similarity 98%, sehingga memiliki 

hubungan kekerabatan yang dekat dengan Chaetoceros yang ada di Bank Gen. Sampel C. 

amami menghasilkan similarity 94% dengan C. muellerii dan C. calcitrans yang ada di ba 

gen. Sampel C. calcitran menghasilkan similarity 96% (dengan C. muellerii, Chaetoceros 

sp. GSL025, dan C. calcitrans di bank gen) dan 95% (dengan C. socia/is dan Chaetoceros 

sp. C134 di bank gen). Sampel C. ceratosforum menghasilkan similarity 98% dengan C. 

muellerii, Chaetoceros sp. GSL025, C. calcitrans, C. socilais dan 97% dengan Chaetoceros 

sp. C134 yang ada di bank gen. Sampel C. gracilis menghasilkan similarity 96% dengan C. 

muellerii, 95% dengan Chaetoceros sp. GSL025, C. socialis, C. calcitrans, dan 93% dengan 

Chaeroceros sp. C134 yang ada di bank gen. Sampel C. simplex menghasilkan similarity 

98% dengan C. muellerii dan Chaetoceros sp. GSL025, 97% dengan C. calcitrans dan C. 

socialis, 96% dengan Chaetoceros sp. C134. 

Berdasarkan hasil tersebu~ 

mengindikasikan bahwa sebagian besar materi genetik 

Chaetoceros hasil penelitian mengandung materi genetik yang sama dengan Chetoceros 

yang ada di bank gen. Namun demikian, spesifik nama jenis Chaetoceros sampel uji belum 

keseluruhan telah tercatat dan terdeposit di dalam Bank Gen kecuali C. calcitrans 

DNA mitokondria adalah penanda berdasarkan silsilah maternal (haploid) pada 

semua individu. Chaetoceros yang terkait dengan maternal akan memiliki urutan sekuens 

yang serupa, sementara yang tidak terkait hubungan maternal akan berbeda. 

Adanya 

perbedaan susunan dan komposisi basa-basa nukleotida antara Chaetoceros maupun 

Chaetoceros yang lain dianalisis berdasarkan sekuens 16S rRNA mtDNA (1200 bp) 

menunjukkan ada perbedaan materi genetik antar Chaetoceros tersebut. 

Demikian juga 

apabila dibandingkan inter populasi, walaupun demikian dibandingkan dengan data Bank 

Gen mempunyai keeratan, maka jelas terdapat hubungan kekerabatan yang tinggi. Proses 

ehidupan Chaetoceros dan berbagai pengaruh mutasi dan lingkungannya, udang 

mengalami perbedaan masing-masing. Apabila dibandingkan Chaetoceros hasil penelitian 

dengan Bank Gen terlihat jelas bahwa aca,..,ya perbedaan susunan basa-basa nukleotida

28 

(insersi, delesi, mutasi). Hal ini karena ada beberapa delesi dan insersi nukleotida pada 

Chaetoceros tersebut. Apabila ada satu saja situs yang mengalami delesi atau insersi dari 

hasil perbandingan tersebut, maka dianggap Chaetoceros tersebut sudah memiliki delesi 

atau insersi. Jumlah delesi atau insersi bervariasi antar individu. 


Berdasarkan hasil penelitian pengamatan pertumbuhan cell Chaetoceros sp, secara 

umum berdasarkan Grafik ... diperoleh bahwa C.graci/is memiliki tingkat perkembangan cell 

yang lebih tinggin dibanding dengan sampel Chaetoceros yang diuji lainnya. 

.. - 

0 

Perkembanean Jumlah Cell Chactoccros spp 

3000 ,-----·--- 

2500 

" 2000 

~ 

Gi 

v 

-3 

E 

--C. gracilis 

1500 --C. c~rat o s:f o ru m 

1000 

-- C. calc itran 

-~ 

--C. sim p l~ x 

500 

--C.amarni 

0 

1 2 3 ~ 5 6 7 s 9 101112131~1516 

hau 1-.e- 

··----- ·~~·· ··--·------· ·---·-·-------- 

Gam bar 11. Grafik Perkembangan Cell Chaetoceros sp yang Dikultur dengan Aerasi 

Tabel 5. Hasil Pengamatan klorofil a 5 Jenis Chaetoceros sp 

II 

I 

i 

No 

Kode 

Konsentrasi Klorofil a (mg/m 3 ) 

Awal 

Akhir 

1. Chaetoceros amami 72.32 768.47 

2. C. calcitran 60.94 623,51 

3. C. ceratos 69.89 521.72 

4. C.gracilis 164.06 410.99 

5. C.simplex -- §5,83______ 110,27

29 

5.3. Aplikasi Chaetoceros pada Larva Udang Windu 

Berdasarkan hasil penelitian aplikasi berbagai jenis Chaetoceros terhadap larva udang 

windu, diperoleh gambaran sintasan larva selama pemeliharaan mulai dari naupli hingga 

mysis 3 (Gambar 12). Terlihat bahwa hingga hari ke-9, larva udang windu yang memiliki 

sintasan tertinggi adalah perlakuan E atau dengan pemberian C.gracilis. 

120 ' 

100 j 

::::!:! 

0 80 

- 

~A 

c: 

10 

Cll 60 

--8 

10 

-c: 

c;; 40 

20 

-t::- c 

- - -D 

--E 

0 J 

1 2 3 4 5 6 7 8 9 

Waktu pengamatan (Hari) 

Gambar 12. 

Sintasan Larva Udang windu

30 

Tabel 7. Laju metamorfosis larva udang windu setiap perlakuan sampai hari ke-9 

Perlakuan 

Laju Metamorfosis pada Hari ke- 

1 2 3 4 5 6 7 8 

A1 0 1,00 1,00 1,97 2,86 3,79 4,87 5,76 

A2 0 1,00 1,00 2,00 2,96 3,82 4,75 5,72 

A3 0 1,00 1,00 2,00 2,85 3,80 4,73 5,84 

Total 0 3,00 3,00 5,97 8,67 11,41 14,35 17,32 

Rata-Rata 0 1,00 1,00 1,99 2,89 3,80 4,78 5,77 

81 0 1,00 1,00 1,80 2,67 3,60 4,53 5,57 

82 0 1,00 1,00 2,00 2,88 3,79 4,52 5,61 

83 0 1,00 1,00 1,90 2,84 3,85 4,51 5,58 

Total 0 3,00 3,00 5,70 8,39 11,24 13,56 16,76 

Rata-Rata 0 1,00 1,00 1,90 2,80 3,75 4,52 5,59 

C1 0 1,00 1,00 1,95 2,96 3,89 4,74 5,74 

C2 0 1,00 1,00 1,97 2,95 3,88 4,79 5,73 

C3 0 1,00 1,00 2,00 2,97 3,90 4,84 1 5,87 

Total 0 3,00 3,00 5,92 8,88 11,67 14,37 17,34 

Rata-Rata 0 1,00 1,00 1,97 2,96 3,89- 4,79 5,78 

01 0 1,00 1,00 1,75 2,69 3,71 4,45 5,41 

02 0 1,00 1,00 1,77 2,72 3,68 4,51 5,55 

03 0 1,00 1,00 1,79 2,70 3,66 4,57 5,62 

Total 0 3,00 3,00 5,31 8,11 11,05 13,53 16,58 

Rata-Rata 0 1,00 1,00 1,77 2,70 3,68 4,51 5,53 

E1 0 1,00 1,00 2,00 2,96 3,98 4,97 5,92 

E2 0 1,00 1,00 2,00 2,97 3,98 4,97 5,93 

E3 0 1,00 1,00 2,00 2,99 3,99 4,98 5,95 

Total 0 3,00 3,00 6,00 8,92 11,95 14,92 17,80 

Rata-Rata 0 1,00 1,00 2,00 2,97 3,98 4,97 5,93 

Ket: O=Naupli, 1 = Z1, 2=Z2, 3=Z3, 4=M1, 5=M2,6=M3, 7=Pascalarva 1 

9 

• 

6,86 

6,85 

6,83 

20,54 

6,85 

6,58 

6,54 

6,56 

19,68 

6 56 

6 78 

6,80 ' 

6,84 I 

2042 I 

6,81 I 

6,42 

6,51 

6,35 

19,28 

6,43 

6,90 

6,92 

6,94 

20,76 

6,92 

A = C. simplex 

8 = C. ceratosforum 

C = C. calcitran 

C =C. amami 

C = C. gracilis

31 

arameter kualitas air 

Parameter I Perlakuan 

A 8 c D E 

29,4-31.3 29,6-31,5 29,7-31,4 29,7-31,5 29,5-31,6 

30-31 31-32 30-34 30-31 30-31 

8,00-8,12 8,00-8,13 8,00-8,13 8,01 -8,12 8,02-8,15 

4,45-5,13 4,25-4,66 4,04-4,63 4,43-4,54 4,47-4,64 

Kisaran kualitas air yang diukur setiap hari secara keseluruhan berada dalam range 

yang sesuai dengan pertumbuhan mikro alga dan larva udang windu, sehingga dapat 

dipastikan bahwa pengaruh lingkungan dalam hal ini kualitas air pengaruhnya dapat 

diminimalisis terhadap perlakuan yang diberikan

BAB VI. KESIMPULAN DAN SARAN 

6.1. Kesimpulan 

6.1.1 . Populasi Chaetoceros yang diteliti terbagi menjadi 2 kelompok (kluster) utama 

yaitu cluster pertama yang terdiri atas kluster C. amami dan C. gracilis, dan 

kluster C. calcitran, C. ceratos, dan C. Simplex. 

6.1.2. Hasil yang diperoleh memiliki kemungkinan untuk dapat didepositkan ke Bank 

Gen mengingat beberapa jenis diantaranya bel urn terdaftar. 

6.1 .3. Nilai performasi spesies C.gracilis lebih tinggi dibanding Chaetoceros uji lainnya 

6.1.4. Tingkat penerimaan dan respon larva udang windu yang diberi C.graci/is lebih 

tinggi dibanding Chaetoceros uji lainnya 

6.2. Saran 

Penggunaan jenis Chaetoceros gracilis lebih disarankan pada perbenihan larva 

udang windu karena menunjukkan performansi yang lebih baik dibanding jenis lain yang 

diuji.

33 

DAFTAR PUSTAKA 

Amini. S. dan Aswin D. 2007. Pertumbuhan dan Kandungan Biokimia Mikroalgae Klas 

Bacillariophyceae (Thalassiosiera pseudomona, Chaetoceros calcitrans dan 

Skeletonema costatum). Jumal Penelitian. www.stp.go.id 

Anonim. 2006. lnstruktion Manual IQSyme 2000. Detection and Prevention System for 

White Spot Syndrom Virus (WSSV). Taiwan. 18 pp. 

Boeing.P.,2008. larval feed alternatives .Aquafauna Bio-Marine Inc. USA. 

Bosman, A.L. and P.A.R. Hockey. 1988. The influence of primary production rate on the 

population dynamics of Patella granularis, an intertidal limpet. Marone Ecology 9(3): 

181-198. 

Boyd. C.E., 1982. Water Quality Management For Fish Pond Kultur Elsevier Sci. Publ. 

Comp. New York. 

Brown, M. R., 2002. Nutritional value of mikroalga for aqukultur. In: Cruz-Suarez, L. E., 

Ricque-Marie, D., Tapia-Salazar, M.,Gaxiola-Cortes, M. G., Simoes, N. (Eds.). 

Avances en Nutrici6n ·Acuicola VI. Memorias del VI Simposi!Jm lnternacional de 

Nutrici6nAcuicola. 3 al 6 de Septiembre del 2002. Cancun, Quintana Roo, Mexico. 

Brown, M.R. and K.A. Miller 1992. The ascorbic acid content of eleven species of 

microalgae used in maricultur. J. Appl. Phycology 4(3): 205-215. 

Budiono, 1990. Proyek pengembangan Udang Balai Budidaya Air Payau. Takalar. 

Burford, M.A., Preston, N.P.,1994. Tropical Mikroalga, Their Potential For Rearing Prawn 

Larvae. The Third Asian Fisheries For!Jm, Manila Fhilippines. 

Dall, W., 1992. Feeding Digest and assimilation. In Penaeidae in Proceeding of the 

aquakultur Nutrition Workshop. Brackishwater Fish Kultur Research Station. 

Australia. Pp. 57-63 

Dwijoseputro, D., 1984. Pengantar Fis.iologi Tumbuhan. PT. Gramedia Jakarta. 

Elias.J.A.L., D. Voltolina· F. E.Ocana and G. G.Simental., 2005 Indoor and outdoor mass 

production of the diatom Chaetoceros muelleri in a mexican commercial hatchery . 

Aquacultural Engineering Voi!Jme 33, Issue 3, September 2005, Pages 181-191 

Fox, J.M., 1983. Intensive algal culture techniques in CRC Handbook Mariculture. CRC 

Press Florida USA. 

Fryxell, G.A., and Medlin, L.K., 1981. Chain Forming Diatom: Evidence parallel evolution of 

Chaetoceros. Cryptogamie: Algologie 2. 

Gireesh, R., H. C. Kesavan, and G. C. Purushothaman. 2008. Growth and Proximate 

Composition of the Chaetoceros calcitrans f pumilus under Different Temperature, 

Salinity and Carbon Dioxide Levels. Aquaculture Research, Volume 39, Number 10, 

July 2008 , pp. 1 053-1 058(6). 

Gonzales-Davina 1995. The role of phytoplankton cell on the control of heavy metal 

concentration in sea water. Mar. Chern. 48: 215-236. 

Haryanti, M. Takano, dan S. lsmi, 1992. Pengelolaan Hatchery Udang Pross. 

Puslitbangkan, Dirjen Perikanan Jakarta. Hal 26-33. 

Hourmant. A. , A Amara, P. Pouline, G. Durand, G. Arzul,and F. Quiniou. 2009. Effect of 

Bentazon on Growth and Physiological Responses of Marine Diatom: Chaetoceros 

gracilis. Toxicology Mechanisms and Methods February 2009, Voi!Jme 19, No. 2, 

Pages 1 09-115

34 

lsmi. S., Haryanti. Dan M. Takano., 1992. Teknik pengawetan dan Kultur Massal Plankton 

untuk hatchery udang. Pros Puslitbangkan . Jakarta 

Kungvangkij, P., 1988. Shrimp Hatchery Design. Operator and Management Naca 

Training Manual Series. Bangkok. 86 p. 

Lazur,A., 2007. Growout Pond and WaterQuality Management. JIFSAN Good 

Aquacultural Practices Program University of Maryland USA. 

Leong Cheu, Khokal R., Tit Meng Lim, and Woon Khiong Chan. 1995. Inheritance of 

RAPD Marker in the Guppy fish, Poecila reticulata. Departmen of Zoology, 

National University of Singapore. 

Liao, I. H. Su Dan J. H. Lin, 1983. Larval Food For Penaeid Prawn. Handbook Of 

Marikultur CRC Press. Florida. USA. 

Lin J.H, W.C Kao, K.P. Tsai, and C.Y. Chen. 2005. A novel algal toxicity testing technique 

for assessing the toxicity of both metalliv and organics toxicans. Wat.Res. 39: 1869- 

1877 

Nurdjana, M. L. , B. Martosudarmo, dan Anindiastuti, 1980. Pengelolaan Pembenihan 

Udang. Dirjen Perikanan Deptan Jakarta. 

Okauchi M., K. Toyoda, K. lmai, H. Suzuki and T. Nagumo.-2002. Identification of 

Chaetoceros neogracile and C. calcitrans Using DNA Polymorphism and Their 

Nutritive Value as Food Organisms National Research Institute of Aquakultur, 

Fisheries Research Agency, Minamiise, Mie 516-0193 Japan. 

Okay, O.S, P.Donkin, L.D.Peters, and D.R. Livingstone. 2000. The role of algae 

(lsochrysis galbana) enrichment on the bioaccumulation benzo[a]pyrene and its 

effects on the blue mussels Mytilus edulis. Environ. Pollut. 110: 103-113. 

Pilar.M.S. Saavedra and D. Voltolina. 2003.The chemical composition of Chaetoceros sp. 

(Bacillariophyceae) under different light conditions de Educaci6n Superior de 

Ensenada, (C.I.C.E.S.E.), Departamento de Acuicultura, Ave. Espinoza 843, Apdo. 

Preston,N.P.,Burford,M.A.,Coman, F.E., Rothlisberg, P.C., 1992. Natural diet of Larval 

Penaeus marguensis (Decapoda; Penaeidae) and its effect on survival. Mar.Biol.113. 

Rao, D.V.S., Y.Pan and F.AI-Yamani. 2005. Growth and photosynthetic rates of 

Clamydomonas plethora and Nitschia frustula cultures in isolated from Kuwait Bay, 

Arabian Gulf and their potential as live algal food for tropical mariculture. Marine 

Ecology 26:66-711 

Suyanto R. dan A. Harjono, 1987. Pedoman Pembenihan Udang. Desain Pengoperasian 

dan Pengelolaannya. Dirjen perikanan ke~asana dengan International Development 

Research Centre. Jakarta. 

Spotte, S., 1979. Fish and Invertebrate Kultur. Second -Edition John Willey and Sons 

New york. 

Sutaman, 1992. Petunjuk Praktis Pembenihan Udang Skala R1-1mah Tangga . 

Kanisius Yogyakarta. 

Suwanto, A. , Yogiara, D. Suryanto, I. Tan, and E. Puspitasari. 2000. Selected Protocols. 

Training Course on Advences in Molecular Biology Techniques to Assess Microbial 

Diversity. Bogor. 28 pp. 

Suzuki, D.T., A.J .F. Grifitths, J.H. Miller, and R.C. Lewontin. 1989. An Introduction to Genetic 

Analysis 4th. Ed. W.H. Freeman & Co, New York, 767 p.

35 

Tave, D. 1995. Selective breeding programme for medium-sized fish farms. FAO Fish. Tech. 

Paper. No. 352. Rome, Italy. 122 p. 

Tzardis,t., S. E., G. W . Patterson, G. H. Wikfors, P. K. Gladu, and D. Harrison. 1993. Sterols 

of Chaetoceros and Skeletonema. Lipids. Aquaculture . 28: 465-467. 

Vey,J.P.M, and J.M. Fox, 1983. Hatchery techniques for Penaeid Shrimp utilized by Texas 

A&M. CRC Handbook of Marikultur.Crustacean Aquakultur Vol-1 . Florida

JU 

Lampiran 1. 

METODE EKSTRAKSI DNA 

SO- 150 mg Sam pel + 250 Buffer TE 

D. 

+ 500 111 Buffer lysis + 20 111 Proteinase -K + 40 111 SDS 10% 

D. 

Diinkubasi pada suhu 55°C selama 1-3 jam 

D. 

+ 12.5 Ill RNAse 

D. 

Simpan pada suhu ruang selama 15- 30 menit 

D. 

+ Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol ( PCIA 25 : 24 : 1) 

D. 

Vorteks secara perlahan sampai homogen 

D. 

Simpan pada suhu ruang selama 10 menit 

D. 

Sentrifuse dgn kecepatan 13.000 rpm selama 8 menit 

D. 

Ambillapisan paling atas dan pindahkan ke tabung eopencorf ::.ar'- 

D. 

Penambahan PCIA diulang sekali lagi sepe 

D. 

Lapisan paling atas diambil dan pindahkan ke tabt.ng e:Jpencor. ::.a. - 

D. 

+ 1 bagian Vol Chloroform : Isoamyl alcohol ( CIA 24 : 1) 

D. 

Sentrifugasi dgn kecepatan 13.000 rpm selama 4 menit 

D. 

Lapisan paling atas diambil dan pindahkan ke tabung eppendorf baru 

.0. 

+ 2 bagian ethanol absolute dingin kemudian campur perlahan sampai homogen 

Sentrifugasi dengan kecepQ--an 6000 rpm selama 30 menit 

D. 

Cairan dibuang kemudian pellet DNA dicuci dengan 1 ml etanol 70% 

D. 

Sentrifugasi dengan kecepatan 6000 rpm selama 15 menit 

n

37 

Lampiran 2. 

METODE PCR (Polymerase 

=s:er r,tix (MM) yang terdiri dari campuran bahan 1- 

1. ddH20 = 15."' .. - ~"J ·6~ ~~m .s.a::u ta::>ung Eppendorf 1.5 111. Volume stok dikalikan 

2. Primer F = I ..... --~:X:r.y:: k sampe1 yang akan diuji ditambah dengan kontrol 

3. Primer R = 1 _.... s!s-...i; ca- :Control negatif. Contoh : Jumlah sampel {2) + 

4. dNTP 

5. Buffer 

6. Taqpol 

7. MgCI2 

= 2.5 '"' 3! = 4. M aka MM yang harus disiapkan adalah: 

= 2.5 

= 0.2 ddH20 = 60.4 ~I 

2. Primer F 

= 2.0 

= 4 ~I 

3. PrimerR = 4 ~I 

4. Dst.. .. 

Siapkan da n beri kode tabung PCR {200 Ill). Distribusikan MM ke dalam tabung tersebut 

dengan vol masing-masing 24.5 111/tabung. Jumlah tabung PCR yang disiapkan sebanyak 

jumlah sampel yang akan diuji + kontrol {3) 

_[J_ 

Tahap terakhir, masukkan template, yaitu ekstrak DNA ke dalam masingmasing 

tabung PCR tsb 0.5 Ill 

....!..._!- 1 

Masukkan tabung eppendorf ke dalam mesin PCR dan atur program sesuai suhu reaksi 

untuk primer yang digunakan 

Secara umum proses PCR berjalan seperti gambar di bawah ini 

Denaturasi 

94- gsoc 

,., 

Annealing 

rA 

45- 60°C 

ekstensi atau elongasi 

~ ~ 

LV 

Suhunya bergantung 

LV 

Elektroforesis

38 

Lampiran Hasil Peng 

KODE 

C. am3mi I 

C. Calcitran 1 

C. c~ratos I 

C. Grac:l.s I 

C. Sirr4)1~x I 

I C. Jrr.Jmi 2 

I C. CJicitr3n ~ 

I c. c~3~os~ 

I C. Graclis 2 

C. SirrciH2 

C. lrr..ami 2 

C. CJicitrJn 3 

C. C~J:os 3 

C. Graclos 3 

C. Sirrpl~x 3 

P~njM>g~ 

644 6.47 1£X I 

O.CCe -ace -- •· ... 

0.003 -a.cc~ · ...: :.· · 

O.C03 -a.cet ~=·=· 

O.Oii ace: --· 

0.171 0 Col~ .: _:;; 

D 2-'1 oc·· -. .,. ... 

0 2-4< on:' : =-=- · 

Q.27!! oc.::l :·-:· 1 

0 157 oe2Q oc.:.: .. -·- 

~. 

e-=:r 

~........--...-· 

~~ 

:::10& 

-::;:::. 

-:~ 

-':!I:: 

-. 

·- ··- 

c-.: 

c.....-;: 

!: ".':': I 

':::::: 1 

-. ·[ 

-: :::::.: r 

., • • I 

-..... 

-.. 

....... 

-- 

-- ~ 

-- 

-: 

"""ro~ .-·ICI: : 

.;- :1' E1I E3 X 

~:...~!, ~Si o.oa Vol (l) Khlorofil ~ 

' C2 C3 

~ II 

:-..-:. e::....:- .. 

... ..,.. -- 

:...~.-.· 

'Y ... ---~ 

- -r-- -: 00~ o.cco 0.010 72.~15 

:---; -~ 

... ---- : .'Y.l ~ o.ccc 0,010 60,';-~S 

:~ - ..... : :·z : .00::! 0,000 0,010 6g.E-:.5 

- ! :r,:.t -. -~"' 

- :.ace 0.000 0.010 164 .Dec3 

~ - I 

- :-.: ... , : :·· ... ' 

--"""· --~ 

: . 07~ O.C03 0.010 65.cs:l 

---- ... -= 

: =~ : ICe 0 004 0,050 40g s:~ 

-- 

:.. ...- : :-: ·, :!~ ::.;· :llll 0 004 0.050 416440 

7 :-a ': ~! · ~ : :,;- 3 :-· : 122 0 co: 

0,050 470 5i0 

- •"9'"- : : - _,. I - .. ..,2 1 :""~ ) Oi7 0 002 

0,050 

263 IS 

~ '::_; 

- : :t' :..-... ;. :l.ltlc 0,004 0.050 3g5,£3..:l 

... -~ 

-~- 

: -? 1 .... 0. ~0 0,002 0,010 768,46~· 

. - - 

- ....... : : .- : ~ :.~.: 0.032 0.001 0.010 623 .513 

.. .. - 

-. - . - : : .: : :: ·.:3 :>.o::!e O.C01 0.010 521.i23 

: :~ : : : • .: ! :: ~.:; 

-- . :l.O::>O 0.001 0.010 -410 . ~S5 

: .:-.t-: . : :-: i 3 4~- 0.12-' O,OOc 0.010 110 .2"..4 

Rumus 

Khlorofila

laporan akhir program insentif peningkatan kemampuan ... - KM Ristek

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?