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O mtDNA é também muito utilizado devido à facilidade em isolá-lo, ao
grande número de cópias por célula, seu tamanho pequeno, sua organização simples
(Avise et al., 1984; Hayashi et al., 1985), por sua suposta herança estritamente materna
(a mitocôndria paternal parece ser ativamente degradada durante a fertilização) e
uniclonal (Hutchison et al., 1974; Giles et al., 1980; Vaughn et al., 1980; Avise et al.,
1986, 1994). A herança materna gera hipóteses que refletem a filogenia das fêmeas de
uma população, sendo útil, por exemplo, no estudo da movimentação de fêmeas em
populações naturais de uma espécie (Lasman et al., 1981; Avise et al., 1984). A alta
taxa de mutação ainda permite que o DNA mitocondrial seja utilizado para inferir
relações filogenéticas entre populações ou espécies com tempos de divergência
relativamente recentes entre milhares e alguns milhões de anos (Brown et al., 1979).
Dentro do mtDNA, a região controle ou D-loop apresenta taxas de mutações ainda
mais elevadas do que as regiões codificadoras, o que a torna uma região ainda mais
indicada para estudos intra-específicos.
1.4 - A Região Controle
A região controle (alça-D ou D-loop) (fig. 05 seta) é a região não codificadora
do genoma mitocondrial. Apresenta em torno de 1100 pares de bases e localiza-se
entre as regiões codificadoras de dois RNAs transportadores (tRNA), o tRNA da
prolina e o tRNA da fenilalanina.
Esta região é chamada D-loop (displacement loop structure) ou alça-D porque
nela estão contidos os sítios de iniciação da replicação da fita pesada (H) e os
promotores de transcrição das fitas leve e pesada (Brown et al., 1986; Honeycutt &
Wheeler, 1990; Strachan & Read, 1996).
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