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mais parcimoniosas foram geradas através de busca heurística, a qual considera uma
porção entre todas as árvores possíveis e que contém um conjunto de árvores mais
prováveis de conter a mais parcimoniosa. Os táxons foram adicionados às árvores
aleatoriamente passo a passo, com 100 replicações para cada busca e a permutação de
ramos conduzida por divisão e reconexão de clados nas árvores (TBR – Tree bisection-
reconnection).
Para cada árvore foram estimados: O comprimento (L – Length) em número de
passos; o índice de Consistência (CI – Consistence Index), que é uma medida indireta
do número de vezes que um caráter sofre mudanças em uma topologia, sendo assim
uma estimativa indireta de homoplasia, e o índice de Retenção (RI – Retention index)
que indiretamente reflete a proporção de sinapomorfias.
As árvores de consenso para as duas situações (TS1TV1 e TS1TV2) foram
obtidas por consenso estrito, cuja árvore contém somente os grupos que apareceram
em todas as árvores igualmente parcimoniosas e pela regra da maioria de 50%, cuja
árvore apresenta os grupos que apareceram em mais de 50% das árvores mais
parcimoniosas.
O nível de confiança de cada nó das árvores de MP para as duas matrizes de
peso (TS1TV1 e TS1TV2) foi estimado utilizando-se o método não paramétrico
bootstrap (Felsenstein, 1985) (análise de reamostragem de caracteres da matriz com
reposição de dados gerando assim novas matrizes) baseado em 1000 réplicas.
Todas as análises foram realizadas incluindo um indivíduo de B. vaillantii
como grupo externo.
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