Modelagem molecular e avaliação da relação estrutura ... - UFRJ

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Na equacao 1, E s = energia de deformacao (estiramento ou compressão) axial
(comprimento de ligação); E a = energia de deformacao (abertura ou fechamento)
angular (ângulo de ligação); E t = energia de rotação de ligação (ângulo de torção);
E elet = energia eletrostática; E vdw = energia de van der waals (estérica).
Cada um desses termos representa a diferença de energia entre a molécula
hipotética, sendo todos os parâmetros estruturais, em valores ―ideais‖ou ―naturais‖
(ANDREI et al., 2003; SANT’ANNA, 2002), onde qualquer desvio desses parâmetros
dos valores ―ideais‖ resulta em penalidades energéticas para a geometria molecular
(SOUZA, 2007).
Os parâmetros associados ao conjunto de átomos que compõem uma
molécula permanecem razoavelmente constantes entre estruturas diferentes, desde
que os tipos de ligações e a hibridação dos átomos envolvidos (i.e. tipos de átomos)
sejam os mesmos (COHEN, 1996), permitindo que as funções de energia potencial
possam ser transferidas entre conjuntos de moléculas semelhantes.
Comparada a outros métodos de cálculo da estrutura molecular, a mecânica
molecular é relativamente simples, rápida e pode ser aplicada a sistemas grandes
como enzimas, no entanto, os resultados são limitados pela qualidade e abrangência
dos parâmetros e pelas constantes usados na construção do modelo.
Os perfis de energia potencial obtidos com estes métodos têm significados
limitados, visto que, normalmente apenas pontos extremos são usados no
procedimento de parametrização (COHEN, 1996). Assim a confiabilidade desses
cálculos depende das funções de energia potencial e da qualidade dos parâmetros
utilizados, sendo, a escolha de um campo de força adequado para uma
investigação, de grande importância (AFONSO, 2008).