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66NeurociênciasA comparação de proteomascomo abordagem para o estudoda redundância de proteínas:interesses e limites para acompreensão do fenômeno demimetismo molecularO número de exemplos de mimetismomolecular tem crescido ao mesmo tempoem que se observa um rápido incrementoda quantidade de genomas completamentesequenciados. Além disso, a comparaçãodireta das sequências proteicasde parasitas e hospedeiros pode semostrar uma ferramenta poderosa paraaumentar ainda mais a velocidade deidentificação de estruturas que podemexercer mimetismo molecular. Contudo,apesar de extremamente interessantes,os trabalhos que se servem desse tipode abordagem são escassos na literatura[37-42] . Ao mesmo tempo, talvez por serainda um campo de estudo novo, umaanálise dos trabalhos publicados apontapara a falta de critérios para a definiçãodas características necessárias para queuma determinada sequência seja consideradauma candidata à classificação de“proteína mimética”. Por exemplo, algunstrabalhos excluem proteínas que mostramsemelhança (mesmo que ela seja grande)entre os genomas do parasito e de seuhospedeiro caso elas também estejampresentes em organismos não patogênicosfilogeneticamente próximos ou emorganismos que estejam em posiçãointermediária na escala evolutiva entre oparasita e o hospedeiro [42]. Outros nãoutilizam sequências proteicas inteiras,mas padrões compostos de pequenassequencias de aminoácidos [40,41].Um outro problema com esse tipo deabordagem é que ele só permite analisarhomologias levando em consideração asequência primária de aminoácidos dasdiversas proteínas, o que exclui homologiasconformacionais e pode gerar falsospositivos, já que uma mesma sequênciade aminoácidos presente em duas proteínasglobulares diferentes pode estar localizadana parte externa da conformaçãode uma proteína e escondida no interiorde outra, devido às suas conformaçõessecundárias e terciárias. Da mesmaforma, esse tipo de análise não leva emconta as modificações pós-transcricionaissofridas pelas diversas proteínas e quetambém são capazes de modificar a conformaçãodas mesmas.Essa ausência de critérios faz comque o mesmo conjunto de dados possaser analisado e interpretado de maneirasdiferentes. Por exemplo, quando procuramosproteínas inteiras com alto grau dehomologia entre dois proteomas e filtramosos resultados excluindo aquelas queapresentem grau semelhante ou maiorde similaridade também com organismosnão patogênicos ou que tenham posiçãointermediária na escala evolutiva entre osdois proteomas comparados, tendemosa ter um número menor de proteínasrestantes [42]. Todavia, quando consideramoso proteoma de microorganismos,dividimo-lo em sequências pequenas deaminoácidos e verificamos se elas podemser encontradas no proteoma do hospedeiro,tendemos a encontrar uma grandesobreposição entre os oligopeptídeos eas proteínas do hospedeiro [40,41].A primeira abordagem tende a diminuiro número de falsos positivos, mas,consequentemente, aumenta o númerode falsos negativos, já que proteínaspodem ter importância na interaçãoparasita-hospedeiro, mesmo que tambémestejam presentes em outras espéciesnão patogênicas ou em espécies inter-