Untersuchungen zur Molekularbiologie von Escherichia coli ...

Abbildungsverzeichnis
1 Überblick über die verschiedenen Wirkungsweisen von E. coli Nissle 1917 . . . 9
2 Fitnessfaktoren von E. coli Nissle 1917 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3 Regulation des rdar-Morphotyps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4 Bakterielle Zyklomoduline und ihr Einfluss auf den eukaryotischen Zellzyklus 16
5 Beispiele für bedeutsame Polyketide und nichtribosomale Petide . . . . . . . . 18
6 Funktion und Mechanismus der katalytischen und Träger-Domänen in PKS
und NRPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
7 Zusammenstellung möglicher modifizierender Domänen in PKS und NRPS . . 20
8 Verteilung horizontal erworbener DNA in sequenzierten bakteriellen Genomen 22
9 Marker für die Elektrophorese . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
10 Schematische Darstellung des λ-Red-Rekombinase vermitteltem Allelaustauschs 46
11 Verifikation der csgBA-, yaiC und csgD-Mutanten von E. coli Nissle 1917 . . . . 52
12 Phänotypen verschiedener Mutanten von E. coli Nissle 1917 auf Kongorot- und
Calcofluor-Agar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
13 Einzelkolonien aus der Transposon-Bibliothek auf Kongorot-Agar . . . . . . . . 54
14 Beispiele wiederholt auftretender Nicht-Wildtyp-Phänotypen nach der
Transposon-Mutagenese . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
15 Southern-Hybridisierungsexperiment zum Nachweis zufälliger Transposon-
Integrationen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
18 Nachweis der Zelluloseproduktion auf Calcofluor-Agar . . . . . . . . . . . . . . 55
16 Schematische Darstellung der inversen PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
17 Inverse PCR von 28 zufällig ausgewählten Transposon-Insertionsmutanten . . 56
19 Analyse der chromosomalen Lokalisation des PKS/NRPS-Genclusters in E. coli
CFT073 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
20 Nachweis des zytopathischen Effekts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
21 Vergleich der Repeat-Regionen von E. coli CFT073 und IHE3034 . . . . . . . . . 66
22 Schematische Darstellung der Strategie zur Deletion der asnW-Insel . . . . . . . 70
23 Nachweis der Deletion der asnW-Insel aus dem Chromosom . . . . . . . . . . . 70
24 Deletion und Komplementation der asnW-Insel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
25 Vergleichende Transkriptmengenanalyse der clb-Gene unter verschiedenen
Kulturbedingungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
26 Vergleichende Transkriptmengenanalyse der clb-Gene in Standard- und Kokultur 73
27 Vergleichende Transkriptmengenanalyse zwischen E. coli Nissle 1917 und CPEnegativer
Mutante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
28 Vergleichende Transkriptmengenanalyse von E. coli Nissle 1917 in Standardund
Kokultur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
29 Transkriptionseinheiten der asnW-Insel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
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