Untersuchungen zur Molekularbiologie von Escherichia coli ...

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Abbildungsverzeichnis xiv 30 Schematische Darstellung der Strategie zur Insertion konstitutiver Promotoren 76 31 Nachweis der Induktion von clbQ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 32 Promotorinsertionen im Bereich von clbB bis clbA und Nachweis der Induktion 77 33 Wiederherstellung des zytopathischen Effekts in CPE-negativem E. coli Nissle 1917 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 34 Wiederherstellung des zytopathischen Effekts in E. coli 536 . . . . . . . . . . . . 79 35 Schematische Darstellung der Strategie zur Herstellung von Luziferase- Reportergenfusionen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 36 Relevanter Sequenzkontext bei der Herstellung von Reportergenfusionen . . . 81 37 Visualisierung der Luziferaseaktivität . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 38 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in LB, schüttelnd . . . . . . 83 39 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in LB, stehend . . . . . . . . 84 40 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in DMEM, schüttelnd . . . . 85 41 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in DMEM, stehend . . . . . 85 42 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in M63-Medium, schüttelnd 86 43 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in M63-Medium, stehend . 87 44 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA unter Eisenmangel . . . . . 87 45 Trankriptionsniveaus von clbA und clbR in Wildtyp und CPE-negativem Klon von E. coli Nissle 1917 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 46 Trankriptionsniveaus von clbQ, clbB, clbR und clbA in Kokultur mit HeLa-Zellen 89 47 Modell zur Regulation der Zellulosesynthese in Salmonella und E. coli . . . . . . 93 48 Schematische Darstellung der Biosynthese von Yersiniabactin . . . . . . . . . . 100 49 Putative Struktur des Peptid-Polyketids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 50 Modell der post-transkriptionalen Regulation der Genexpression durch BarA/UvrY und CsrA/CsrB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 51 pGEM-T Easy npt-Ptet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134 52 pFuseA-npt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134 53 pASK-4711/1960 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 54 pASK-1960 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 55 pASK-1943 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 56 Polyketid-Gencluster aus E. coli IHE3034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137 57 Verbreitung der asnW-Insel innerhalb der ECOR-Stammsammlung . . . . . . . 138 58 Darstellung des intergenischen Bereichs zwischen clbB und clbR . . . . . . . . . 142 59 Wachstum der Reportergen-Stämme 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 60 Wachstum der Reportergen-Stämme 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 61 RLU der Reportergenfusionen im Vergleich zur Kontrolle . . . . . . . . . . . . . 145
Tabellenverzeichnis 1 E. coli-Pathogruppen und deren dominierende Virulenzfaktoren . . . . . . . . . 13 2 Pathogenitätsinseln von E. coli 536 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 3 Bakterienstämme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 4 Plasmide und Vektoren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 9 Aus der Transposon-Mutagenese hervorgegangene, nicht-wildtypische Phänotypen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 10 Verbreitung der PKS/NRPS-Gene in verschiedenen E. coli-Varianten . . . . . . 63 11 Domänenstruktur der Polyketidsynthasen und nichtribosomalen Peptidsynthetasen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 12 Potentielle karzinogene Eigenschaften bakterieller Toxine . . . . . . . . . . . . . 114 13 Oligonukleotide und deren Verwendungszwecke . . . . . . . . . . . . . . . . . 130 14 Putative Promotoren der asnW-Insel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 xv
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Seite 9 und 10: Inhaltsverzeichnis 1 Zusammenfassun
Seite 11: Inhaltsverzeichnis 6.2.1 Polyketide
Seite 17 und 18: 1 Zusammenfassung Eine eindeutige U
Seite 19 und 20: Summary In many cases, it is diffic
Seite 21 und 22: 2 Einleitung 2.1 Bakterielle Besied
Seite 23 und 24: 2.3 Die Spezies Escherichia coli se
Seite 25 und 26: Antagonistische Wirkung gegen patho
Seite 27 und 28: Abb. 3: Regulation des rdar-Morphot
Seite 29 und 30: 2.4 Fitness und Virulenz von E. col
Seite 31 und 32: 2.5 Bakterielle Toxine, die den euk
Seite 33 und 34: 2.6 Polyketide und nichtribosomale
Seite 35 und 36: 2.6 Polyketide und nichtribosomale
Seite 37 und 38: 2.7 Zusammensetzung bakterieller Ge
Seite 39 und 40: Tab. 2: Pathogenitätsinseln von E.
Seite 41 und 42: 3 Material 3.1 Bakterienstämme Die
Seite 43 und 44: 3.2 Plasmide und Vektoren 3.2 Plasm
Seite 45 und 46: Es kamen folgende Kits zum Einsatz:
Seite 47 und 48: 0,2 % (w/v) Thiamin 1 ml H2Odest. a
Seite 49 und 50: 20 % (v/v) 10× MOPS 4 % (v/v) 50 %
Seite 51 und 52: 4 Methoden 4.1 Kultur von Bakterien
Seite 53 und 54: 4.3 Allgemeine molekularbiologische
Seite 59 und 60: 4.3.13 Hybridisierungsanalysen 4.4
Seite 61 und 62: 4.5 Genetische Manipulationen von E
Seite 63 und 64: 4.5 Genetische Manipulationen von E
Seite 65 und 66:
4.6 Induktion von clbA, clbB, clbQ
Seite 67 und 68:
5 Ergebnisse 5.1 Untersuchung des m
Seite 69 und 70:
5.1 Untersuchung des multizellulär
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5.2 Charakterisierung eines Polyket
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A. 5.2 Charakterisierung eines Poly
Seite 95 und 96:
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A. B. C. A. B. C. 5.2 Charakterisie
Seite 99 und 100:
Seite 101 und 102:
RLU/OD 5.2 Charakterisierung eines
Seite 103 und 104:
Seite 105:
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6 Diskussion zum einen maßgeblich
Seite 110 und 111:
6 Diskussion der die Fähigkeit zu
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6 Diskussion bundenes Protein die E
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6 Diskussion es eine Reihe von Fakt
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6 Diskussion Abb. 48: Schematische
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6 Diskussion zu einem linearen Pept
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6 Diskussion erfolgreich war. Auch
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6 Diskussion duzierte Expression de
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6 Diskussion Anzahl von CAAT-Sequen
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6 Diskussion Abb. 50: Modell der po
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6 Diskussion 6.2.7 Biologische Funk
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6 Diskussion Tab. 12: Potentielle k
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6 Diskussion sind zukünftig zwei A
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7 Literaturverzeichnis Brzuszkiewic
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7 Literaturverzeichnis Ferrières,
Seite 138 und 139:
7 Literaturverzeichnis Knott-Hunzik
Seite 140 und 141:
7 Literaturverzeichnis Patzer, S. I
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7 Literaturverzeichnis Stinear, T.
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A Anhang A.1 Abkürzungsverzeichnis
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Tab. 13: Oligonukleotide. (Fortsetz
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Tab. 13: Oligonukleotide. (Fortsetz
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tetR bla tet p/o XbaI I (119) clbR
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137 A.4 Polyketid-Gencluster aus E.
Seite 155 und 156:
A.6 Promotor-Vorhersage A.6 Promoto
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Tab. 14: Promotoren. (Fortsetzung)
Seite 159 und 160:
A.8 Wachstumskurven der Reportergen
Seite 161 und 162:
A.9 Luciferaseaktivität im Verglei
Seite 163:
A.11 Lebenslauf Persönliche Daten
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