Untersuchungen zur Molekularbiologie von Escherichia coli ...

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3 Material Geldokumentation Intas (Gel iX Imager, Gel-Pro Analyzer 4.5) Heizblock Liebisch Hybridisierungsofen Hybaid (Mini10) Inkubatoren Heraeus, Memmert Kühlschrank Privileg (Superöko) Luminometer Berhold (Lumat) Magnetrührer GLW (M21) Mikroskope Zeiss (Axiolab) Mikrowelle Privileg (8020) Netzgeräte Bio-Rad (PowerPac 300) PCR-Gerät Biometra (T3) pH-Meter WTW (pH 523) Photometer Pharmacia Biosystems (Ultraspec III) Röntgenfilmentwickler Agfa (Curix 60) Schüttelinkubator Braun-Melsungen (Clim-O-Shake), New Brunswick Scien- tific (Innova 4300) Sequenzierer Applied Biosystems (ABI Prism 310 Genetic Analyzer) Sterilbank Nunc (Microflow biological saftety cabinet) UV-Crosslinker Bio-Rad (GS Gene Linker R○ ) Tischmischer Scientific Industries (Vortex Genie 2) Tischzentrifuge Eppendorf (5415C), Heraeus (Biofuge fresco) Wasseraufbereitungsanlage GFL (Bi-Dest 2304) Wasserbad Memmert (GFL 1083) Zentrifuge Beckman (J2-HC) Die in dieser Arbeit verwendeten Verbrauchsmaterialien wurden sämtlich von den Firmen ABgene (Hamburg), Becton Dickinson (Heidelberg), Bio-Rad (München), Eppendorf (Ham- burg), Greiner Bio-One (Frickenhausen), peqLab (Erlangen), Millipore (Schwalbach), Nalgene (Rochester, USA), Sarstedt (Nümbrecht) sowie Whatman (Dassel) bezogen. 34
4 Methoden 4.1 Kultur von Bakterien 4.1.1 Anzucht und Stammhaltung Die in dieser Arbeit verwendeten E. coli-Stämme wurden, soweit nicht anders angegeben, in LB oder auf LB-Agar angezogen, dem gegebenenfalls die entsprechenden Antibiotika zuge- setzt wurden. Inkubation erfolgte je nach Anwendung bei 30 ◦ C, 37 ◦ C oder 42 ◦ C. Stämme wurden auf Festmedien bei 4 ◦ C gelagert und regelmäßig auf frische Agarplatten überstri- chen. Flüssigkulturen wurden mit Einzelkolonien von Agarplatten beimpft und bei 180-220 Upm geschüttelt. Für Dauerkonserven wurden Aliquots von Flüssigkulturen mit sterilem Glycerin versetzt (Endkonzentration 30 %) und bei -80 ◦ C eingefroren. 4.1.2 Bestimmung des Wachstums in Flüssigkulturen Das Bakterienwachstum in Flüssigkulturen wurde, gegebenenfalls in angemessener Verdün- nung, durch die photometrische Messung der optischen Dichte bei einer Wellenlänge von λ = 600 nm verfolgt. 4.1.3 Phänotypische Charakterisierung Nachweis des rdar-Morphotyps (Curli- und Zelluloseexpression) Zum Nachweis von Curli-Fimbrien und Zellulosesynthese (rdar-Morphotyp) wurden die zu testenden Stämme auf Kongorot-Agar (3.5) überimpft und bei 30 ◦ C und 37 ◦ C für 48 h inkubiert. Als Kontrollen dienten der rdar-positive Stamm E. coli Nissle 1917 sowie eine rdar-negative Spontanmutante des Stammes. Nachweis der Zellulosesynthese Die Synthese von Zellulose wurde durch Kultur der entsprechenden Stämme auf Calcofluor-Agar (3.5) und anschließende Betrachtung der Kolonien unter UV-Licht (λ = 254 nm) nachgewiesen. Zellulose-positive Stämme konnten durch deren Fluoreszenz identifiziert werden. 35
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Seite 11: Inhaltsverzeichnis 6.2.1 Polyketide
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Seite 23 und 24: 2.3 Die Spezies Escherichia coli se
Seite 25 und 26: Antagonistische Wirkung gegen patho
Seite 27 und 28: Abb. 3: Regulation des rdar-Morphot
Seite 29 und 30: 2.4 Fitness und Virulenz von E. col
Seite 31 und 32: 2.5 Bakterielle Toxine, die den euk
Seite 33 und 34: 2.6 Polyketide und nichtribosomale
Seite 35 und 36: 2.6 Polyketide und nichtribosomale
Seite 37 und 38: 2.7 Zusammensetzung bakterieller Ge
Seite 39 und 40: Tab. 2: Pathogenitätsinseln von E.
Seite 41 und 42: 3 Material 3.1 Bakterienstämme Die
Seite 43 und 44: 3.2 Plasmide und Vektoren 3.2 Plasm
Seite 45 und 46: Es kamen folgende Kits zum Einsatz:
Seite 47 und 48: 0,2 % (w/v) Thiamin 1 ml H2Odest. a
Seite 49: 20 % (v/v) 10× MOPS 4 % (v/v) 50 %
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Seite 59 und 60: 4.3.13 Hybridisierungsanalysen 4.4
Seite 61 und 62: 4.5 Genetische Manipulationen von E
Seite 63 und 64: 4.5 Genetische Manipulationen von E
Seite 65 und 66: 4.6 Induktion von clbA, clbB, clbQ
Seite 67 und 68: 5 Ergebnisse 5.1 Untersuchung des m
Seite 69 und 70: 5.1 Untersuchung des multizellulär
Seite 77 und 78: 5.2 Charakterisierung eines Polyket
Seite 93 und 94: A. 5.2 Charakterisierung eines Poly
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RLU/OD 5.2 Charakterisierung eines
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6 Diskussion zum einen maßgeblich
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6 Diskussion der die Fähigkeit zu
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6 Diskussion bundenes Protein die E
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6 Diskussion es eine Reihe von Fakt
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6 Diskussion Abb. 48: Schematische
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6 Diskussion zu einem linearen Pept
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6 Diskussion erfolgreich war. Auch
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6 Diskussion duzierte Expression de
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6 Diskussion Anzahl von CAAT-Sequen
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6 Diskussion Abb. 50: Modell der po
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6 Diskussion 6.2.7 Biologische Funk
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6 Diskussion Tab. 12: Potentielle k
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6 Diskussion sind zukünftig zwei A
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7 Literaturverzeichnis Brzuszkiewic
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7 Literaturverzeichnis Ferrières,
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7 Literaturverzeichnis Knott-Hunzik
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7 Literaturverzeichnis Patzer, S. I
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7 Literaturverzeichnis Stinear, T.
Seite 145 und 146:
A Anhang A.1 Abkürzungsverzeichnis
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Tab. 13: Oligonukleotide. (Fortsetz
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Tab. 13: Oligonukleotide. (Fortsetz
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tetR bla tet p/o XbaI I (119) clbR
Seite 153 und 154:
137 A.4 Polyketid-Gencluster aus E.
Seite 155 und 156:
A.6 Promotor-Vorhersage A.6 Promoto
Seite 157 und 158:
Tab. 14: Promotoren. (Fortsetzung)
Seite 159 und 160:
A.8 Wachstumskurven der Reportergen
Seite 161 und 162:
A.9 Luciferaseaktivität im Verglei
Seite 163:
A.11 Lebenslauf Persönliche Daten
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