Friedrich-Schiller - Chair for Bioinformatics Freiburg

6 KAPITEL 1. EINLEITUNG
ergibt sich die Bewertungsfunktion s wie folgt:
s(A m ) = ∑ i
χ c (A m [i])
Eine weitere Vereinfachung besteht darin, den phylogenetischen Baum, dem die
Sequenzen zugrunde liegen, zu vernachlässigen. Die evolutionäre Geschichte wird so
nur indirekt aus den Sequenzdaten abgeleitet. Dadurch ist es zwar verhältnismäßig
einfach, multiple Alignments von sehr ähnlichen Sequenzen zu erstellen aber auch
unmöglich, ein eindeutig richtiges Alignment für entfernte Sequenzen – und damit
für die interessanten Fälle – zu berechnen.
Als Beispiele für die vielen existierenden Bewertungsfunktionen sollen hier zwei
Standartmethoden der Bioinformatik dienen.
Sum Of Pairs
Auch diese Methode verwendet keinen phylogenetischen Baum und nimmt eine
statistische Unabhängigkeit der Spalten an. Der Sum-of-pairs-Score einer Spalte ist
dann als Summe der Substitutiosscores über alle Paare von Einträgen innerhalb der
Spalte definiert.
Sei A m ein multiples Alignment von m Sequenzen, A m [g ][i] der Eintrag der
g-ten Zeile in der i-ten Spalte von A m und χ p eine Funktion, welche zwei Einträgen
aus A m ein Gewicht zuordnet. Dann ergibt sich die Bewertungsfunktion s sop wie
folgt:
s sop (A m ) = ∑ ∑
χ p (A m [g ] [i],A m [h][i])
i
g