10 1 Full Volume (PDF)(jcmb.halic.edu.tr) - Journal of Cell and ...

More documents

Recommendations

Info

izolasyonu yapıldı ve daha sonra Nano Drop Spektrofotometre kullanılarak, elde edilen DNA’ların konsantrasyonları ölçüldü. DNA’lar konsantrasyonları <strong>10</strong>0 ng/μl olacak şekilde seyreltildi. PCR Survivin geni promotör bölgesindeki -625G/C polimorfizmine özgü primerler (Tablo 1) dizayn edildi. PCR, total hacim 25 µl ve <strong>10</strong>X PCR Buffer (MBI Fermentas), 1mM MgCl2, 0.2 mM dNTP, KHDAK’de survivin polimorfizmi 29 0.375 mM her bir primer, <strong>10</strong>0 ng genomik DNA ve 1 U Taq DNA polimeraz (MBI Fermentas) olacak şekilde dizayn edildi. Amplifikasyon şartları, 95°C’de <strong>10</strong> dakika ilk denatürasyondan sonra 95°C’de 45 saniye, 72°C’de 60 saniye 5 döngü, takiben 94°C’de 45 saniye, 60°C’de 45 saniye ve 72°C’de 60 saniye 30 döngü, uzama aşamasında da <strong>10</strong> dakika 72°C’de olacak şekilde düzenlendi. Optimum amplifikasyon şartları sağlanarak PCR ürünleri %2 lik agaroz jel elektroforezinde yürütüldü. Tablo 1. Survivin geni promotör -625 G/C bölgesi primerleri (FP: İleri Primer, RP: Geri Primer) Polimorfizm Primer Dizileri PCR Ürün boyu -625C/G (rs8073069) Restriksiyon analizi FP: 5’-TGTTCATTTGTCCTTCATGCGC-3’ RP: 5’-CCAGCCTAGGCAACAAGAGCAA-3’ Amplifiye olan PCR ürünleri BstUI restriksiyon enzimi ile uygun tamponu içeren karışım hazırlandıktan sonra 37°C de 4 saat inkübe edildi. Kesim ürünleri % 3’lük agaroz jelde <strong>10</strong>0 volt elektrik altında, 20 dakika yürütüldükten sonra UV altında incelenerek genotipler tespit edildi. İstatistiksel analiz AJJC tarafından yayınlanmış olan evrelendirme sistemine göre tümör evrelendirmesi yapılan hasta olguları ve kontrollere ait veriler SPSS 15.0 programına yüklendi ve kategorik verilerin karşılaştırılmasında ki-kare testi ve parametrik ttesti kullanıldı. Şekil 1. Survivin geni -625 G/C bölgesi PCR görüntüsü Sonuçlar 125 bç BstUI kesimi sonrası ürün boyları CC: 125 CG: 125/<strong>10</strong>4/21 GG: <strong>10</strong>4/21 Çalışmaya 146 KHDAK hastası ve 98 kontrol olgu dahil edildi. Hastaları yaş ortalaması 60,41 yaş (±9,71), kontrol olgularının yaş ortalaması 55,23 yaş (±8,8.) di. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 132’si erkek (%90,4), 14’ü kadın (%9,6), kontrol grubu olgularının ise 56’sı erkek (%57,1), 42’si kadındı (%42,9). Hasta ve kontrol grubuna ait genotip ve alel dağılımları Tablo 2’de verilmiştir. PCR sonucu elde edilen bant boyu 125 baz çifti büyüklüğünde (Şekil 1); BstUI restriksiyon enzimi kesimi sonucu elde edilen bant büyüklükleri ise 125, <strong>10</strong>4 ve 21 baz çifti olarak görüntülendi (Şekil 2). Şekil 2. BstUI kesimi %3’lük jel elektroforezi görüntüsü. M: 50 bp DNA markörü
30 Engin AYNACI et al. Tablo 2. Hasta ve kontrol grubuna ait genotip ve alel dağılımları Genotipler ve Alel dağılımları Kontrol Grubu N=98 Hasta Grubu N=146 -625G/C N % N % GG 56 57.1 72 49.3 GC 32 32.7 57 39.1 CC <strong>10</strong> <strong>10</strong>.2 17 11.6 Aleller P değeri χ2 0.484 1.45 tamamlamış yapmış yapmış G C 144 52 56.06 43.94 201 91 58.59 41.41 0.27 1.21 Tartışma düzeyindeki artışın -31G/C polimorfizmi ile ilişkili olduğunu ve bu artışın hem mRNA düzeyinde hem de protein düzeyinde meydana geldiğini Kanser oluşumunda apoptoz mekanizmasındaki bozukluklar önemli rol oynamaktadır. Apoptoz, farklı inhibe ve aktive edici ajanlar tarafından kontrol altında tutulan önemli bir olaydır. Kanserde apoptozun çeşitli anti-apoptotik proteinler tarafından inhibisyonu söz konusudur. Survivin, hücre döngüsünün düzenlenmesinde temel rol oynayan başlıca anti-apoptotik faktördür. Ayrıca survivinin Bcl-2 ve diğer IAPlerin aksine farklılaşmasını normal dokularda anlatımı olmayan ancak çeşitli kanser tiplerinde ifade edilen bir protein olduğu bilinmektedir. Bu durum survivin genindeki anormal ifadenin transkripsiyonel regülasyon bozukluğuna sebep olduğunun açık bir göstergesidir. Apoptozu inhibe eden diğer proteinlerde de bulunan BIR (“Baculovirus IAP Repeat”) bölgesi ile kaspazlara bağlanarak etkisini göstermektedir. Dai ve ark. 20<strong>10</strong> yılında yaptıkları çalışmada survivin geni promotor bölgesindeki polimorfizmlerin KHDAK’de gen modifikasyonuna neden olabileceğini ileri sürmüşlerdir. Jang ve ark. tarafından yapılan çalışmada -31 G alelinin -31 C aleline göre önemli derecede düşük transkripsiyonel aktiveye sahip olduğu ve bu durumun -31G/C polimorfizminden etkilenerek ortaya çıktığı ve buna bağlı olarak -31G/C polimorfizminin akciğer kanserine yatkınlıkta önemli bir rolü olduğu belirtilmektedir. (Jang et al., 2008). Xu ve ark. kanser hücre hatları ile oldukları bir çalışmada survivin gen ifadesi . bildirmişlerdir. Klinik perspektiften bakıldığında kişisel paternlerle klinik özelliklerin öngörülmesinde hastaların genetik parmak izinde survivin geni ifadesi düzeylerinde ve genetik varyantlarda oluşan değişikliklerin olası tedaviye yanıtta erken bir belirteç olabileceğini söylemek mümkündür. Örneğin plevral efüzyondaki yüksek survivin düzeylerinin kötü prognoz göstergesi olduğu Lan ve ark. 20<strong>10</strong> yılındaki yayınında gösterilmiştir. Yang ve ark 2009 yılında özefagus kanserli hastalarda yaptıkları bir çalışmada C alleline sahip olmanın hastalık riskini 1.4 kat arttırdığını söylemektedirler. Özefagus kanseri hastalarında survivin -625G/C promotor polimorfizminin p53 düzeyine bağlı olan survivin yüksek ifadesi olasılığını artırdığı düşünülmektedir. Sonuç olarak bir Türk popülasyonu üzerinde olduğumuz bu çalışmada survivin geni -625 G/C bölgesi (rs8073069) polimorfizminin küçük hücreli dışı akciğer kanseri hastalığına yatkınlık sağladığına dair herhangi bir bulgu elde edilemedi. Ancak olgu sayısının artırılması ve polimorfik bölgenin özellikle transkripsiyonun aktivitesine etki eden promotör bölgesinde olmasından dolayı yapılabilecek ekspresyon çalışmaları ile özellikle tanı öncesi ve sonrası gen anlatım ifadesine bağlı değişikliklerin öngörülmesine yardımcı olabilecek daha anlamlı sonuçlara ulaşılabileceği kanaatindeyiz.
Page 1 and 2: Journal of Cell and Molecular Biolo
Page 3 and 4: Haliç University Faculty of Arts a
Page 6 and 7: Journal of Cell and Molecular Biolo
Page 8 and 9: Laccase has many applications in ot
Page 10 and 11: dimethoxyphenol (2, 6-DMP). Kinetic
Page 12 and 13: pharmaceutical importance that has
Page 14 and 15: Gianfreda L, Xu F, Bollag JM. Lacca
Page 16: isoforms by Pleurotus pulmonarius i
Page 19 and 20: 14 Tasnim FARASAT et al. practicing
Page 21 and 22: 16 Tasnim FARASAT et al. Figure 2.
Page 23 and 24: 18 Tasnim FARASAT et al. Noronha M,
Page 25 and 26: 20 Alexander V. ATAMAN et al. Intro
Page 27 and 28: 22 Alexander V. ATAMAN et al. Table
Page 29 and 30: 24 Alexander V. ATAMAN et al. In so
Page 31 and 32: 26 Alexander V. ATAMAN et al. Matar
Page 33: 28 Engin AYNACI et al. Giriş Akci
Page 37 and 38: 32 Engin AYNACI et al. Yang X, Xion
Page 39 and 40: 34Ragini SHARMA et al. Introduction
Page 41 and 42: 36Ragini SHARMA et al. lymphocytes
Page 43 and 44: 38Ragini SHARMA et al. Discussion C
Page 45 and 46: 40Ragini SHARMA et al. Kosnett. Glo
Page 47 and 48: 42 Raziye MOHAMMADPOUR et al. Intro
Page 49 and 50: 44 Raziye MOHAMMADPOUR et al. Table
Page 51 and 52: 46 Raziye MOHAMMADPOUR et al. Figur
Page 53 and 54: 48 Raziye MOHAMMADPOUR et al. Caspa
Page 55 and 56: 50 Raziye MOHAMMADPOUR et al. Figur
Page 57 and 58: 52 Raziye MOHAMMADPOUR et al. promo
Page 59 and 60: 54 Raziye MOHAMMADPOUR et al. the c
Page 61 and 62: 56 Muhammad IRFAN et al. Introducti
Page 63 and 64: 58 Muhammad IRFAN et al. Effect of
Page 65 and 66: 60 Muhammad IRFAN et al. Figure 5.
Page 67 and 68: 62 Muhammad IRFAN et al. Figure 9.
Page 69 and 70: 64 Muhammad IRFAN et al. Nimkar MD,
Page 71 and 72: 66 Abstract: A brief, informative a
Page 73 and 74: 68 may ask one referee to comment o

10 1 Full Volume (PDF)(jcmb.halic.edu.tr) - Journal of Cell and ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?