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En 1998 Puntlandia declara su autonomía. En el año 2000 líderes de los clanes
y altos cargos somalíes reunidos en Yibuti eligen a Abdulkassim Salat Hassan
presidente de Somalia, pero al año siguiente señores de la guerra somalíes, apoyados
por Etiopía, anuncian que en seis meses formarán un ejecutivo opuesto
al gobierno de transición existente en Mogadiscio. Una grave sequía en el sur
obliga a la ONU a reclamar ayuda alimentaria para medio millón de somalíes.
En 2004 se produce un nuevo intento por restaurar el gobierno central. Se
trata del decimocuarto ensayo desde 1991, que convierte a Abdullahi Yusuf en
presidente, ejerciendo su cargo, al igual que el parlamento, desde su exilio en
Kenia. En diciembre de ese año los efectos del tsunami llegan a las costas de
Somalia, provocando cientos de muertos y decenas de miles de desplazados.
Por fin, en 2005 el Gobierno de transición vuelve del exilio, pero surgen serias
discrepancias sobre la localidad en la que asentar el parlamento, que en 2006 se
reúne por primera vez en suelo somalí, en la ciudad de Baidoa. Mientras, la Unión
de Tribunales Islámicos se hace con el control de Mogadisico y de otras áreas
del sur del país tras derrotar a los señores de la guerra. Tropas etíopes entran
en Somalia para luchar contra las fuerzas de los Tribunales y, a pesar de que la
Liga Árabe y la Unión Africana exigen su retirada, a finales de año se hacen con
Mogadiscio. Ante el empuje etíope, en 2007 los islamistas abandonan su último
bastión, la ciudad portuaria de Kismayo. El presidente Absullahi Yusuf consigue
entrar en Mogadiscio por primera vez desde su nombramiento en 2004.
Ese mismo año el Consejo de Seguridad de la ONU autoriza una misión de
mantenimiento de la paz en Somalia durante seis meses dirigida por la Unión
Africana, pero cuando llegan a Mogadiscio se encuentran con los peores combates
en quince años. En dos meses 320.000 somalíes abandonan la capital.
A finales del año 2007 el número de refugiados somalíes alcanza el millón de
personas. Por su parte, el Programa Mundial de Alimentos de la ONU alerta de
que el resurgimiento de la piratería amenaza el suministro de ayuda. Se inician
nuevas conversaciones de paz que dejan fuera a los islamistas.
Estados Unidos no ha dejado de intervenir militarmente de modo puntual
en Somalia en el marco de su guerra contra el terrorismo. En 2004 realizó ataques
aéreos contra supuestos líderes de Al Qaeda en el sur de Somalia. Unos
meses después, un navío norteamericano bombardeó presuntos objetivos de
Al Qaeda en Puntlandia y en 2008 Estados Unidos lanzó misiles sobre la ciudad
sureña de Dhoble contra supuestos miembros de Al Qaeda por haber atentado
contra un hotel de propiedad israelí en Kenia en 2002. Un mes después otro
ataque aéreo mató a un líder del grupo islamista rebelde Al Shabab. Al mismo
tiempo, Estados Unidos reclama a la comunidad internacional un esfuerzo para
luchar contra la piratería. Finalmente, la ONU permite a los buques de guerra
enviados por varios Estados al Cuerno de África entrar en el dominio marítimo
somalí para luchar contra los piratas.
A pesar de las reiteradas declaraciones de Etiopía de que mantendrá tropas
en Somalia hasta la derrota de los islamistas, en mayo de 2008 se firma un
acuerdo de paz entre el Gobierno somalí y un grupo opositor por el que las
tropas etíopes abandonarán Somalia en los meses siguientes. El presidente
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