Alineamiento de secuencias biolÃ³gicas (pdf).

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$Medium Refractive index Disolved in 0.25% PPD, 0.0025% DABCO ...$

Esquemas de PuntuaciónCapturar el significado biológico de las semejanzasMatrices PAM. Dayhoff (1972)Considerar los reemplazos conservativosy las diferencias en las frecuencias observadasEvolutivo, proporcional a log(f AB /f ' AB) para alinear el residuo A con el Bf AB frecuencia AB en alineamientos relacionadosf ' AB frecuencia en los alineamientos no relacionados (f ' AB=f A xf B )f ABDepende de la semejanza entre las proteinas[Pequeña]para secuencias muy relacionadas[Crece]a mayores distancias evolutivas[Azar]a distancias evolutivas muy grandesFuente:Alineamientos múltiples con no más de un 15% de diferencias por identidad.Tablas de las frecuencias de sustitución entre residuosNormalizar (en 100 residuos 1 mutación) => PAM, 1% Percent Accepted MutationExtrapolar a diferentes distancias (120, 250, 320, etc) PAMs.vPaulino Gomez-PuertasBioinformática.
Esquemas de PuntuaciónCapturar el significado biológico de las semejanzasMatrices BLOSUM. Altschul (1991) No se conoce a priori lo semejante que son las secuencias a buscar PAM extrapola las relaciones lejanas a partir de relaciones cercanas(Hipótesis que favorece las posiciones más mutables)Fuente: Alineamientos de bloques de secuencias.Bloque Matriz cuyas filas representansegmentos de secuenciasalineadas sin interrupcionesEKPRKVMLMVRAGDVVDQFIEALLPHLEEGEKPRKIFLMVTAGKPVDSVIQSLKPLLEEGETPRKILLMVKAGTATDATIQSLLPHLEKDETPRKILLMVKAGTATDATIQSLLPHLEKDETPRRILLMVKAGAGTDAAIDSLKPYLDKGETPRRILLMVKAGSGTDSAIDSLKPYLDKGBLOSUMnn (BLOcks SUbstitution Matrices)(nn : umbral de identidad utilizado para la seleccionar bloques)Un blosum bajo (umbral bajo de identidad) se corresponde conun número alto de PAM (distancia evolutiva grande).Paulino Gomez-PuertasBioinformática.
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