Alineamiento de secuencias biológicas (pdf).

Búsquedas Rápidas: FASTA(Lipman & Pearson, 1985, Pearson & Lipman 1988)Reducir el espacio de búsqueda¿ En qué diagonales es más probable que se encuentre el mejor alineamiento ?Etapa I : Búsqueda de Regiones (diagonales) porIdentidad y sin GapsUso de k-tuplas para acelerarResultado : Las mejores diagonales (10)Complejidad O(N+M)Etapa II:Re-evaluación de las regiones por semejanzaUnión de regiones con GapsEtapa III:Evaluación exhaustiva de las mejores secuenciasReducciones de hasta 2 órdenes de magnitud en los tiempos de búsqueda.Velocidad a cambio de sensibilidad y selectividad(pierde reemplazos conservativos y palabras más pequeñas que k)Paulino Gomez-PuertasBioinformática.