Alineamiento de secuencias biolÃ³gicas (pdf).

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$Medium Refractive index Disolved in 0.25% PPD, 0.0025% DABCO ...$

PerfilesF K L L S H C L L VF K A F G Q T M F QY P I V G Q E L L GF P V V K E A I L KF K V L A A V I A DL E F I S E C I I QF K L L G N V L V CA -18 -10 -1 -8 8 -3 3 -10 -2 -8C -22 -33 -18 -18 -22 -26 22 -24 -19 -7D -35 0 -32 -33 -7 6 -17 -34 -31 0E -27 15 -25 -26 -9 23 -9 -24 -23 -1F 60 -30 12 14 -26 -29 -15 4 12 -29G -30 -20 -28 -32 28 -14 -23 -33 -27 -5H -13 -12 -25 -25 -16 14 -22 -22 -23 -10I 3 -27 21 25 -29 -23 -8 33 19 -23K -26 25 -25 -27 -6 4 -15 -27 -26 0L 14 -28 19 27 -27 -20 -9 33 26 -21M 3 -15 10 14 -17 -10 -9 25 12 -11N -22 -6 -24 -27 1 8 -15 -24 -24 -4P -30 24 -26 -28 -14 -10 -22 -24 -26 -18Q -32 5 -25 -26 -9 24 -16 -17 -23 7R -18 9 -22 -22 -10 0 -18 -23 -22 -4S -22 -8 -16 -21 11 2 -1 -24 -19 -4T -10 -10 -6 -7 -5 -8 2 -10 -7 -11V 0 -25 22 25 -19 -26 6 19 16 -16W 9 -25 -18 -19 -25 -27 -34 -20 -17 -28Usa pesos discriminatorios no solopara los AAs que aparecen. Para losque no aparecen se basan en lasfrecuencias observadas y en laprobabilidad de que el AA seasustituidoA tiene más baja probabilidad que Mque, aunque no aparece, sabemosque M es fisicoquímicamente mássimilar a L, I, V y F.Más sensibles que lasexpresiones regularesY 34 -18 -1 1 -23 -12 -19 0 0 -18Paulino Gomez-PuertasBioinformática.
HMMsHidden Markov models (HMMs) son modelos estadísticosde la estructura primaria de las secuencias.Se supone que lo que vemos es resultado de un procesooculto (hidden) del que tenemos un modelo.Paulino Gomez-PuertasBioinformática.
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