Alineamiento de secuencias biológicas (pdf).

e-value (E)Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)A partir de un modelo en el que estudiaron qué “scores” alcanzaban los alineamientos de secuenciasgeneradas al azar (según las frecuencias observadas de aminoácidos), Karlin & Altschul desarrollaron lasiguiente fórmula para el cálculo del e-value:E = -KMn e -lSEl e-value (E) de un determinado score indica cuántos alineamientos esperamos que por azar alcancenun score igual o mayor (no confundir con el p-value, que indica la probabilidad de que un score se hayaalcanzado por azar al menos en una ocasión). E-value y p-value se relacionan mediante la siguientefórmula:P = 1 – e -E(P y E tienen un valor prácticamenteidéntico en la escala de 0 a 0.01)En una búsqueda en bases de datos de secuencia, K y l son dos parámetros que se determinanempíricamente a partir del máximo y la anchura de la distribución de “scores” tras la comparación desecuencias “random”, N es la longitud de la secuencia y S es el “score” del alineamiento. M es el tamañode la base de datos (número total de aminoácidos o nucleótidos; tras aplicar una cierta corrección).Más información:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.htmlLesk, AM. Introduction to Bioinformatics. 2nd Ed. p183Paulino Gomez-PuertasBioinformática.