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Chapitre 5
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Travail personnel : Visualisez les sites de collecte de cherimoya inclus dans l’analyse de
diversité (voir le Chapitre 3 – Eléments de base).
Travail personnel : Réalisez une analyse de richesse allélique, d’abord avec des cellules
d’un (1) degré, puis avec des cellules de 10 minutes et un voisinage circulaire d’un (1)
degré (voir Section 5.1). Regardez où se trouve le plus haut niveau de diversité.
Les rasters générés, montrés ci-dessus, indiquent que le Nord du Pérou est la région où l’on
trouve le plus haut niveau de diversité (plus grand nombre d’allèles différents trouvés), tandis
que la Bolivie se maintient au plus bas niveau.
Méthode de raréfaction
Comme nous l’avons vu dans la première analyse (Analyse 5.1.1) une distribution inégale des
observations peut avoir un impact significatif sur l’analyse de la richesse. La méthode de
raréfaction a été développée pour comparer la richesse entre des cellules qui ont un nombre
différent d’observations ou de spécimens (pour de plus amples informations, se référer à
Petit et al. [1988] et Leberg [2002]). La méthode de raréfaction recalcule la richesse mesurée
dans les différentes cellules comme si le même nombre standard d’observations avaient été
effectuées dans chaque cellule. Seules les cellules qui contiennent un nombre d’observations