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Chapitre 5
124
SSR5-166 81 1177
SSR1-291 89 1182
SSR3-220 31 1192
SSR7-177 53 1222
SSR4-145 67 1234
SSR7-206 43 1251
SSR5-146 101 1294
SSR5-164 114 1337
SSR8-318 5 1646
SSR7-193 89 2158
SSR4-156 55 2226
tableau incomplet
Le premier groupe inclut les allèles qui n’ont été observés qu’une fois (surlignés
en jaune). Ces allèles sont considérés comme uniques bien que le nombre de leur
occurrence dépende largement du nombre d’échantillons pris dans une zone donnée.
Comme l’intensité de l’échantillonnage a une forte influence sur l’identification d’allèles
uniques, ce type d’allèle est considéré comme moins intéressant que ceux du groupe
suivant.
Les allèles les plus intéressants pour identifier les zones de diversité élevée sont
ceux que l’on observe de manière répétée dans une petite zone : par exemple, les
allèles SRR1-289 et SSR7-208 (surlignés en vert). Ils sont ce que l’on appelle des
allèles communs au niveau local. La probabilité que ce phénomène apparaisse de
manière répétée et dans une zone limitée est beaucoup plus basse que la probabilité
d’observer un allèle déterminé une fois seulement, étant donné les différences dans
la stratégie d’échantillonnage. Les populations qui contiennent un nombre significatif
d’allèles communs localement peuvent être placées en priorité dans les mesures de
conservation du fait qu’elles contiennent des allèles (et très probablement aussi des
gènes utiles) que l’on ne trouve pas ailleurs et leur observation dépend moins des
différences dans l’intensité de l’échantillonnage.
Un autre groupe d’allèles est constitué par ceux que l’on trouve dan une zone
relativement grande mais avec une fréquence faible (par exemple SSR7-191 et SSR8-
318, surlignés en orange). Ces observations peuvent dénoter un échantillonnage
incomplet.
Enfin, la majorité des allèles se trouvent couramment dans toute la zone d’étude. On
les appelle allèles communs, et ils ne contribuent guère à l’analyse de diversité.
4. Regardez de plus près la distribution des allèles d’intérêt : SSR1-289, SSR7-191, SSR7-
208 et SSR8-318. La première étape consiste à sélectionner la couche des SSRs dans
Analysis/Point to Grid/Richness. Cette fois-ci, sélectionnez Presence/Absence comme
Output Variable. Utilisez des rasters avec des cellules d’un (1) degré.