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Chapitre 4
enant partiellement ou entièrement de banques de gènes ou d’herbier ; or de telles données
ne sont habituellement pas générées dans le but d’effectuer des études biogéographiques, et
elles résultent souvent de collectes ad hoc, d’échantillonnages non systématiques et d’efforts
d’échantillonnage inégaux (Chapman, 2005a). Il est fréquent que les spécimens aient été collectés
dans des zones faciles d’accès ou des zones où l’on sait que se trouve une espèce,
et cela réduit la représentativité des données (Hijmans et al., 2000). De ce fait, la population
échantillonnée peut être ou ne pas être représentative de l’espèce sur les plans environnemental
ou géographique, puisque les données fournissent une information sur des structures de
répartition qui correspondent seulement aux sites collectés, plutôt qu’à l’ensemble de la zone
étudiée (Williams et al., 2002). Il y a plusieurs méthodes pour réduire le préjugé statistique,
mais celles-ci ne résolvent que partiellement le problème. Les Chapitres 5 et 6 donnent plus
de détail sur ces méthodes (comme le voisinage circulaire, la raréfaction et la modélisation de
la distribution d’espèces).
4.1. Contrôle qualité fondé sur l’information relative
aux unités administratives
Une manière d’évaluer l’exactitude d’un point de présence consiste à comparer les données
sur l’unité administrative contenues dans ses données de passeport avec l’information sur
l’unité administrative extraite des couches thématiques en se référant aux coordonnées
géographiques du point. Pour cela, les données de passeport doivent inclure des données sur
le pays et, de préférence, sur des unités administratives de niveau inférieur. Le menu Data de
DIVA-GIS fournit l’option Check Coordinates, qui permet de vérifier la qualité des coordonnées
à partir des informations sur les unités administratives.
PROGRAMMES ET FICHIERS DE DONNÉES À UTILISER DANS CETTE SECTION
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Programmes :
• DIVA-GIS
• Excel
Fichiers de données :
Répertoire 4.1 Quality control – Administrative units (Contrôle
qualité – Unités administratives)
• Vasconcellea final errors (shp, shx, dbf)
• Latin America countries (shp, shx, dbf)
• Latin America Adm 01 (shp, shx, dbf)1
4.1.1. Comment vérifier la qualité des données en se fondant sur les données
d’unité administrative du passeport
Dans l’exercice suivant, vous utiliserez une portion du jeu de données qui contient de
l’information sur la distribution géographiques des papayes d’altitude collectée au cours
d’une étude sur la papaye d’altitude conduite en Amérique latine (Scheldeman et al., 2007).
Certaines erreurs ont été introduites dans le jeu de données pour les besoins de cette analyse.
La version propre de ce jeu de données sera utilisée dans l’analyse de la diversité interspécifique
de la Section 5.1.
1 Notez que la couche Latin America Adm 01 contient certaines imprécisions au niveau administratif 1
qui, si elles n’ont pas d’impact sur les analyses dans cet exercice, pourraient empêcher l’usage de ce
fichier dans d’autres analyses. Pour obtenir des cartes au niveau Adm 01 à jour, vous pouvez consulter
le site Web de DIVA-GIS (http://www.diva-gis.org/Data) ou la base de données mondiales sur les zones
administratives (GADM en anglais, http://www.gadm.org/).