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Chapitre 2
Les spécimens sont la plupart du temps associés à des données qui donnent de plus amples
détails sur les caractéristiques individuelles de la plante et à des données utilisées pour évaluer
la diversité intra-spécifique ou les caractéristiques agronomiques qui peuvent être associés à
des informations spatiales (par exemple des données climatiques). Les données associées
peuvent donc comprendre des informations sur les caractères morphologiques (comme la
taille, la forme, la couleur), la physiologie (comme le nombre de jours avant la germination, ou
avant la floraison), l’évaluation (comme le rendement, la tolérance aux stress abiotiques ou
biotiques) ou la séquence ADN (comme des données de marqueurs moléculaires). La Section
5.2 présente une analyse de la diversité fondée sur les caractères morphologiques (diversité
phénotypique) alors que l’analyse présentée dans la Section 5.3 est fondée sur les données
de marqueurs moléculaires.
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Représenter le monde réel à l’aide d’un SIG
Le monde réel (real world) représenté par des vecteurs
(à gauche) et par un raster (à droite)
Les logiciels de SIG peuvent traiter différents types de données spatiales : les données vectorielles
et les données raster (en quadrillage). Les données vectorielles sont constituées
d’un ensemble de points géoréférencés qui forment des groupes de points, des lignes ou
des polygones et représentent des zones géographiques réelles. Dans ce manuel, les points
géoréférencés de présence de plantes individuelles (points de présence) ou les couches
d’unités administratives des pays (polygones) servent d’exemples de données vectorielles. Le
format de dossier des données vectorielles le plus couramment utilisé est shapefile.
DIVA-GIS utilise des shapefiles pour représenter des données vectorielles. Un shapefile consiste
en (au moins) trois fichiers avec le même nom de fichier mais avec une extension différente.
Les extensions de ces fichiers sont : ‘.shp’, ‘.shx’ et ‘.dbf’. L’ensemble formé par
ces trois fichiers constitue un shapefile. Le fichier SHP (*.shp) est le fichier principal dans
lequel sont stockées les spatial features (objets spatiaux) et qui apparait dans la boîte de dialogue
lorsqu’on ouvre le fichier vecteur en utilisant DIVA-GIS. Les attributs non spatiaux des
objets sont stockés dans le fichier dBase IV (*.dbf), tandis que le fichier SHX (*.shx) contient
l’information d’indexation du fichier vecteur – elle est utilisée par les programmes pour accéder
plus rapidement au fichier .shp et le relier aux enregistrements dans le fichier dBase IV (.dbf).