X - Luc Quoniam

En définitive, la notion d’interaction que nous prenons en compte recouvre des réalitésbiologiques variées :− Possibilité de fixation d’une protéine sur l’ADN− Régulation post-transcriptionnelle− Modification post-traductionnelle− Formation de complexe protéique− Activation ou inhibition d’un gène par un autre− Participation à des voies de signalisations− etc.B. LE PROJET GÉNOMEDepuis la découverte de l’importance des molécules d’ADN dans le stockage del’information génétique, les biologistes ont formé le projet d’en connaître la séquencecomplète. Des actions de séquençages du génome complet de plusieurs organismes ont vule jours. Le plus grand chantier, en terme de moyen mis en œuvre, est celui qui concernel’homme ; c’est ce que l’on a appelé le projet génome.Actuellement, plus de trente-cinq génomes bactériens sont séquencés. On compte aussicinq génomes d’organismes plus évolués (des eucaryotes), à savoir, la levure Sacharomycescerevisæ, le ver Cænorhabditi elegans, la mouche Drosophila melanogaster, la planteArabidopsis thaliana et enfin l’Homme. Ce dernier n’est encore qu’un « premier jet » maisrenferme déjà une quantité considérable d’informations nouvelles (THE GENOMESEQUENCING CONSORTIUM, 2001).Avec l’apparition de grandes quantités d’informations numérisées disponibles, est apparueune nouvelle discipline scientifique : la bioinformatique. Cette discipline utilise desconnaissances issues de la biologie, de l’informatique, des mathématiques et notamment desstatistiques. ANDRADE et SANDER (1997) définissent la bioinformatique comme unnouveau domaine de recherche qui, à partir de données biologiques et par l’utilisation deméthodes informatiques, permet de créer des connaissances nouvelles dans le domaine de labiologie elle-même.Quand il s’agit d’exploiter des informations sur le génome on parle alors de génomique.Ce terme a été inventé par THOMAS H. RODERICK et alii en 1986 lors d’une discussion sur lenom d’un nouveau journal. Ce journal, Genomics, avait pour objet les données de séquences,la découverte de nouveau gènes, la cartographie génétique et plus généralement lesnouvelles techniques en génétique. Ces études de génétique se consacrent au génome priscomme un tout, contrairement par exemple à l’analyse d’un ou de quelques gènes impliquésdans tel ou tel mécanisme biologique.Au départ, la génomique s’est consacrée principalement à l’analyse des données deséquences. La détermination dans le génome des séquences codantes, à savoir celles quicorrespondent à des gènes ou à des séquences régulatrices, est un problème classique de lagénomique.Elle s’oriente désormais vers l’étude de la fonction des gènes. Le terme de génomiquefonctionnelle a été formé pour désigner cette nouvelle tendance (HIETER et alii, 1997).La relation entre la séquence et la fonction est une chose très complexe. Il est difficile deprévoir la forme d’une protéine à partir de sa seule séquence en acides aminés. Or la15