X - Luc Quoniam

façon des mots clefs même si elles se concentrent sur ce qu’elles peuvent apporter en plusau processus d’extraction d’informations. Nous réserverons donc une partie aux méthodesqui traitent de l’utilisation de mots clefs pour permettre l’accès à l’information pertinentesur les interactions.A. MÉTHODES D’ANALYSE INFORMATIQUE DES TEXTES SUR LES INTERACTIONSGÉNÉTIQUES ET MOLÉCULAIRES BASÉES SUR LA RECHERCHE DE MOTS CLEFS ETDE PHRASES CLEFSNous présentons dans cette section des travaux appartenant au domaine de la recherched’informations. Leur but est de faciliter l’accès au texte en repérant des points saillants ouen classant les textes selon des thèmes. Ces travaux ont été menés sur Medline. Les auteurss’intéressent aux interactions entre les gènes ou leurs produits et plus généralement à lafonction des gènes. La méthode utilisée est celle de la recherche de mots clefs et de phrasesclefs.AbXtract 16 est un système de recherche d’informations sur la fonction des protéines(ANDRADE et alii, 1998). Il permet de sélectionner dans la littérature les phrases les plusinformatives sur la fonction d’une famille de protéines donnée. Ces phrases, appeléesphrase clefs, sont repérées selon des critères statistiques (ANDRADE et alii, 1997). Il s’agit desavoir si une phrase donnée contient des mots, appelé mots clefs, plus spécifiquementassociés à la famille d’intérêt qu’à d’autres familles. Les textes sont présentés à l’utilisateuravec un code de couleurs qui lui permet de visualiser les éléments du texte les plussignificatifs. Nous présentons un exemple ci-dessous.Exemple 1 Détection de phrases clefs et de mots clefs par le logiciel AbXtract.Les mots clefs sont en gras, les phrases clefs sont soulignées. La première phrase correspond au titrede l’article. Le résumé présenté est celui dont le numéro est 96362658. Le formatage est calculé parAbsXtract avec la requête cap2, qui est le nom d’une protéine chez la levure.Mutational analysis of capping protein function in Saccharomyces cerevisiae. To investigate physiologicfunctions and structural correlates for actin capping protein (CP), we analyzed site-directed mutations in CAP1and CAP2, which encode the alpha and beta subunits of CP in Saccharomyces cerevisiae. Mutations infour different regions caused a loss of CP function in vivo despite the presence of mutant protein in the cells.Mutations in three regions caused a complete loss of all aspects of function, including the actin distribution,viability with sac6, and localization of CP to actin cortical patches. Mutation of the fourth region led topartial loss of only one function-formation of actin cables. Some mutations retained function and exhibited thecomplete wild-type phenotype, and some mutations led to a complete loss of protein and therefore loss offunction. The simplest hypothesis that can explain these results is that a single biochemical property is necessary forall in vivo functions. This biochemical property is most likely binding to actin filaments, because thenonfunctional mutant CPs no longer co-localize with actin filaments in vivo and because direct binding ofCP to actin filaments has been well established by studies with purified proteins in vitro. More complexhypotheses, involving the existence of additional biochemical properties important for function, cannot be excluded bythis analysis.Nous avons remplacé le codage en couleur par un codage en noir et blanc. On voit que letitre a été repéré comme phrase clef, plus quatre phrases au milieu du résumé.Les mots clefs et les phrases clefs ont été déterminés de la manière suivante. Pour unefamille de protéines donnée, on considère l’ensemble des résumés qui traitent de cette16 Accessible sur http://www.pdg.cnb.uam.es/blaschke/cgi-bin/abx33