X - Luc Quoniam

Chapitre 3 Notre apport et celui du consortiumCeriseI. HISTORIQUE DES TRAVAUX DANS LE CONSORTIUM CERISENous présenterons dans cette partie le consortium dans lequel nous avons travaillé et lesexpériences qui y ont été mené avant ou parallèlement à notre travail.A. PRÉSENTATION DU PROGRAMME DE RECHERCHE DU CONSORTIUM CERISENotre travail s’inscrit dans le programme du Consortium d'Etude des Réseauxd'Interactions des Systèmes Eucaryotes (Cerise). Nous allons en présenter le schémagénéral avant de voir plus en détail certains résultats obtenus dont nous avons besoin pourdéfinir le cadre de notre travail.Cerise a pour but l’étude des interactions génétiques et moléculaires. Il fait partie duprogramme génome du CNRS. Cinq équipes de recherche venant de disciplines différentesy prennent part. La plupart de ces équipes font partie du CNRS et travaillent sur desthématiques de génétique. Deux laboratoires font exception car leurs thèmes de recherchene sont pas traités au CNRS. Il s’agit de l’INRIA Rhône-Alpes 22 , spécialisé en intelligenceartificielle, et du CRRM qui est spécialisé en science de l’information et dont je fais partie.La compagnie Xerox a participé aux opérations en collaborant avec l’INRIA Rhône-Alpes.La direction du consortium est assurée par BERNARD JACQ qui est chargé de recherche auLGPD 23 .Pour mener son étude sur les interactions génétiques et moléculaires, le consortium s’estdonné trois axes de travail :− Saisie d’informations sur les interactions génétiques et moléculaires− Représentation de ces informations à partir de base de connaissance par objet− Exploitation de ces informations : analyse, comparaison et simulation defonctionnement.Voyons maintenant brièvement chacun de ces axes de recherche.1. La saisie des informations sur les interactions génétiques et moléculairesCette tâche, à laquelle nous avons participé, vise à mettre à disposition du consortium etplus spécialement de la communauté des chercheurs en génétique, un nombre importantd’informations tirées d’articles scientifiques sur les interactions génétiques et moléculaires.Deux techniques différentes ont été utilisées.La première, mise en œuvre avec l’aide du CRRM est basée sur l’utilisation des statistiquestextuelles. Ce travail a été initié en 1996 lors du DEA de PILLET et a été complété par unethèse (2000). Cette technique a servi de point de départ à notre travail et nous reprendronsun certain nombre de résultats et en particulier la mise en évidence d’un vocabulaire22 Institut national de la recherche en informatique et automatique.23 Laboratoire de génétique et développement de Marseille.39