X - Luc Quoniam

Pour l’étude des interactions entre protéines, il existe aussi des techniques de production dedonnées en masse. La méthode dite du double hybride (FIELDS et alii ,1989),l’électrophorèse bidimensionnelle sur gel et la spectrométrie de masse peuvent parexemple être utilisées. La méthode du double hybride est utilisée à l’échelle du protéomepour la levure.La post génomique se donne pour objectif d’intégrer toutes ces données quantitativesd’expressions des gènes (CHEE et alii, 1996). Il s’agit par exemple d’intégrer des donnéesd’expression avec des informations sur les voies métaboliques (NAKAO et alii, 1999), le butétant principalement de prévoir la fonctions des protéines (GERSTEIN et alii, 2000).Les informations de séquence, même si elles ne suffisent pas, sont très utilisées pourdéterminer la fonction des gènes comme nous allons le voir dans la section suivante.D. UTILISATION DU PROJET GÉNOME POUR ACCÉDER À LA FONCTION DES GÈNESEn premier lieu, notons que la notion de fonction est difficile à définir. Dans les bases dedonnées sont présentes toutes sortes d’informations qui touchent d’une façon ou d’uneautre à la fonction des gènes. Il existe principalement quatre types de fonctions :− Fonction moléculaire : dans quels processus biochimiques les produits du gène sontimpliqués− Fonction cellulaire : dans quel processus biologique le gène est impliqué− Fonction dans le développement : à quel stade et dans la formation de quel organe legène est impliqué− Fonction d’adaptation : comment le gène participe à la compétitivité de l’organismedans son milieu.Ainsi, plusieurs niveaux de description coexistent et il est difficile de construire une notionde fonction qui va rassembler toutes les approches possibles (DAVIDSON et APWEILER,1999).Quoi qu’il en soit, les données de séquences sont très utiles pour accéder à la fonction desgènes.La première façon d’utiliser les données de séquences est de faire des comparaisons avecdes séquences dont la fonction est déjà connue. En effet, une similarité dans la séquencetrahit souvent l’existence d’un gène ancestral commun. Dans ce cas, les gènes sont qualifiésd’homologues. Cette notion a été définit par FITCH en 1970 (FITCH et alii, 1970). Laconséquence est que bien souvent on a une analogie de fonction. La recherche de similaritéfait partie des méthodes de base de la bioinformatique (BORK et alii, 1998). Une séquenceétant connue, il s’agit d’identifier les éventuelles séquences homologues déjà présentes dansles banques de données de séquences. Ces recherches de similarités se font le plus souventpar des méthodes tel que BLAST 5 qui permettent de cribler les banques de séquence à larecherche de séquence homologue (ALTSCHUL et alii, 1990). La recherche d’homologie vautaussi bien pour des gènes situés dans le même génome que pour des gènes appartenant àdes génomes différents. C’est d’ailleurs ce qui justifie l’étude d’organismes aussi éloignés del’homme que la drosophile. On parle à ce sujet d’organismes modèles.5 Accessible sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/17