X - Luc Quoniam

1. Identifier le vocabulaire spécifique de l’interactionNous avons choisi d’aborder le sens des textes par l’analyse de leur seul vocabulaire. C’est àdire que nous ne voulons pas prendre en compte l’ordre des mots, ni même la présencesimultanée de plusieurs mots. Ainsi, nous pensons que certains mots possèdent à eux seuls,en dehors de tout contexte ou de toute combinaison avec d’autres mots, un pouvoir dediscriminer entre les phrases qui décrivent une interaction et celles qui n’en décrivent pas.Downstream en est un bon exemple puisque l’on imagine mal que ce mot puisse servir à autrechose qu’à caractériser le place relative d’un gène par rapport à un autre dans une voie designalisation. Dés lors, toute phrase qui utilise ce terme a de grande chance de décrire uneinteraction. Il se trouve qu’effectivement, dans le corpus étudié par PILLET, toutes lesphrases qui utilisent downstream décrivent bien une interaction. Le tableau 1 donne lesphrases qui utilisent le terme downstream.Tableau 1 Notion de terme spécifiqueLe tableau suivant donne toutes les phrases de Flybase qui utilisent le terme downstream. Toutesdécrivent une interaction. Le terme est donc très spécifique.Homozygous females and females of the genotype Df(1)HC244,Sxl[M1]/ovo are sterile with ovaries devoidof germ cells: ovo must act downstream of Sxl or in a different pathwayFemales of the genotype Df(1)HC244,Sxl[M1]/fl(1)302 are sterile: fl(1)302 acts downstream of Sxl or in adifferent pathwayphl acts downstream of torcsw functions downstream of torJra is required downstream of the sev signalling pathway for development in the eyeSor1 acts downstream of phl in the DER pathwayGenetic analysis suggests that pnt is a downstream effector of Ras85DKr acts downstream of ct in the Malpighian tubule regulatory pathwaysrp acts downstream of hkb to promote morphogenesis and differentiation of anterior and posterior midgutsrp acts as a homeotic gene downstream of the terminal gap gene hkb to promote morphogenesis anddifferentiation of anterior and posterior midgutReduction in intensity of twi expression at gastrulation correlates well with degree of dorsalization of embryos,suggesting effect of dl mediated through its downstream target genesThe exd gene product acts with the selector homeodomain proteins, including Ubx, as a DNA bindingtranscription factor, thereby altering their regulation of downstream target genesDouble mutant analysis suggests that sdt acts downstream of and is activated by crbEms is a downstream gene that is transcriptionally regulated by Abd-B gene productsIn-vivo ac is a direct downstream target of h regulationLe terme act est lui aussi assez spécifique bien que les phrases qui utilisent ce terme nedécrivent pas toutes une interaction : 10 phrases sur un total de 60 ne décrivent pasd’interaction. Les proportions sont encore un peu moins favorables pour le terme activatedpuisque 14 phrases sur un total de 64 ne décrivent pas d’interaction.Un tableau permettant de classer entre eux les termes associés à l’énoncé d’une interaction àété établi. Le tableau 2 en donne un extrait. Les calculs ont été faits, non pas sur les termeseux-même, mais sur les lemmes associés. La lemmatisation consiste à ramener les formesfléchies, à savoir les formes conjuguées et les pluriels, à des formes standardisées, à savoirl’infinitif ou le singulier.43