X - Luc Quoniam

SOMMAIRESommaire ............................................................................................................................................ 2Remerciement..................................................................................................................................... 5Introduction........................................................................................................................................ 6Partie 1 État de l’Art................................................................................................................10Chapitre 1 Contexte scientifique de l’étude ................................................................11I. Veille technologique, intelligence économique et analyse de l’informationtextuelle................................................................................................................................11II. De la génétique à la bioinformatique .....................................................................12A. La génétique ..........................................................................................................12B. Le projet génome..................................................................................................15C. La post-génomique...............................................................................................16D. Utilisation du projet génome pour accéder à la fonction des gènes..............17III. La recherche et l’extraction d’informations textuelles.........................................18A. La recherche d’informations textuelles..............................................................18B. L’extraction d’informations textuelles ...............................................................20IV. Le couplage des Bases de données .........................................................................22A. La création de liens entre bases de données.....................................................22B. Couplage des bases de données factuelles avec des bases de donnéesbibliographiques.............................................................................................................23Chapitre 2 Études des travaux comparables...............................................................25I. Travaux concernant la reconnaissance de gènes ou de leurs produits dansdes textes .............................................................................................................................25A. Travaux sur la reconnaissance des gènes ou de leurs produits basés surl’utilisation de listes de termes .....................................................................................25B. Travaux sur la reconnaissance des gènes ou de leurs produits n’utilisantpas de lexiques................................................................................................................27C. Travaux sur la création automatique ou assistée de dictionnaire desgènes ou de leurs produits à partir de textes..............................................................29D. Conclusion sur les travaux concernant la recherche de gènes ou de leursproduits dans des textes................................................................................................31II. Travaux sur l’analyse informatique des textes et les interactions génétiquesou moléculaires...................................................................................................................32A. Méthodes d’analyse informatique des textes sur les interactionsgénétiques et moléculaires basées sur la recherche de mots clefs et de phrasesclefs 33B. Méthodes basées sur des études statistiques d’apparition de mots clefspour extraire des informations sur les interactions génétiques ou moléculaires ..35C. Méthodes basées sur la cooccurrence pour extraire des informations surles interactions génétiques ou moléculaires ...............................................................37D. Méthodes basées sur des motifs textuels pour extraire des informationssur les interactions génétiques ou moléculaires.........................................................37Chapitre 3 Notre apport et celui du consortium Cerise............................................39I. Historique des travaux dans le consortium Cerise...............................................39A. Présentation du programme de recherche du consortium Cerise .................39B. Choix méthodologique initié par Pillet..............................................................40C. La méthode des IVI .............................................................................................42D. Les variantes de la méthode des IVI..................................................................462