Cahier d'Exercices en Biochimie - FacultÃ© de mÃ©decine Saint-Antoine

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Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 165.10 Vous voulez étudier un fragment d'ADN de 536 paires de base correspondant à la régionrégulatrice située en amont (5') du gène de votre protéine favorite. Cette séquence est lasuivante :Brin sens :5' GATTCAGGAGATTCACAC - - 500 nucléotides - - TCGGTACAGCTATACAGG 3'Brin antisens:3' CTAAGTCCTCTAAGTGTG - - 500 nucléotides - - AGCCATGTCGATATGTCC 5'5.10.1 Parmi les 8 amorces suivantes quelle sont les 2 amorces (à désigner par leurslettres) qui permettront l'amplification par PCR de ce fragment ?a) 5' GATTCAGGAGATTCACAC 3'b) 5' CTAAGTCCTCTAAGTGTG 3'c) 5' CACACTTAGAGGACTTAG 3'd) 5' TCGGTACAGCTATACAGG 3'e) 5' AGCCATGTCGATATGTCC 3'f) 5' GTGTGAATCTCCTGAATC 3'g) 5' CCTGTATAGCTGTACCGA 3'h) 5' GGACATATCGACATGGCT 3'5.10.2 Décrire brièvement mais précisément les différents ingrédients requis et le principede base de cette méthode de PCR.5.10.3 Quelle expérience simple vous permettra de savoir si l'amplification spécifique devotre fragment a réussi.5.11 Les ARN extraits du cytosol de différents tissus sont analysés par la technique dite du"Northern" en utilisant comme sonde un oligonucléotide correspondant à une partie dupremier exon du gène de la calcitonine (hormone hypocalcémiante).Thyroïde Cerveau Foie Rein Muscle RateSens demigrationa. Interprétez cette image en indiquant les différentes hypothèses possibles.b. Lorsque la même expérience est réalisée sur des ARN nucléaires de thyroïde ou decerveau, on observe surtout des bandes très faibles et diffuses, de plus haut poidsmoléculaire qu'en partant d'ARN cytosolique. A quoi correspondent-elles ?5.12 Compléter les propositions suivantes :a. Les simples brins complémentaires d’ADN reforment toujours des doubles hélices grâce àun processus appelé ________________________b. Dans la technique connue sous le nom de __________________, les molécules d’ARNintactes sont séparées sur gel d’électrophorèse selon leur taille, transférées sur une feuillede nitrocellulose (ou de nylon) puis hybridées avec une sonde radioactive.c. Dans la technique connue sous le nom de ________________________, les fragments derestriction d’ADN sont séparés sur gel d’électrophorèse selon leur taille, transférés sur unefeuille de nitrocellulose ou de Nylon) puis hybridés avec une sonde radioactived. Les différences de taille des fragments de restriction d’ADN sont connus sous le nom de__________________ .Faculté de Médecine Saint-Antoine
Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 175.13 Compléter les propositions suivantes :6. QCMa. Le ________________________ consiste à insérer un fragment d’ADN contenant un gèned’intérêt dans l’ADN génomique purifié d’un élément génétique autoréplicatif, généralementun virus ou un plasmide.b. Les ________________________ utilisés pour le clonage de gènes sont des petites moléculescirculaires d’ADN double brin dérivant de plasmides plus grands existant naturellementdans les bactéries.c. On dit qu’un plasmide contenant un fragment d’ADN génomique isolé constitue un____________________________ ; une vaste collection de tels plasmides constitue une____________________________d. Un clone contenant une copie d’ADN de l’ARNm est appelé _______________________, etune collection entière de clones dérivant d’une préparation d’ARNm est appelée_________________________.e. La technique appelée _______________ permet d’amplifier un milliard de fois l’ADN d’unerégion sélectionnée du génome, pourvu que, pour une partie au moins, sa séquencenucléotidique soit déjà connue .6.1 Structure et biosynthèse des acidesnucléiques1 La composition chimique des acides nucléiquesV o F o a. Les éléments de base (oumonomères) des acides nucléiques sontappelés les "nucléosides".V o F o b. Un monomère d'acide nucléique (ADNou ARN)est constitué d'un acideorganique à 5 C, d'une base organiquecyclique et d'une molécule minérale:l'acide phosphorique.V o F o c. Le désoxyribose correspond à unemolécule de ribose dans laquelle le OH enposition 3' est remplacée par un H.V o F o d. Il existe deux types de basesorganiques: les bases puriques à deuxhétérocycles et les bases pyrimidiques quien ont un seul.V o F o e. Les ADN et les ARN diffèrentseulement du point de vue chimique par lanature des bases organiques de leursmonomères.2 Indiquez la ou les propositions exactesconcernant les acides nucléiquesV o F o a. Dans l'ADN double brin, le nombre desbases puriques est le même que lenombre des bases pyrimidiques.V o F o b. Dans la double hélice de l'ADN, il n'y aque deux types d'appariement.V o F o c. Les cytosines des doublets CG del'ADN sont souvent méthylées sur lecarbone 5.V o F o d. L'ADN contient de l'uracile.V o F o e. Les bases pyrimidiques sont lesmêmes dans l'ADN et dans l'ARN.3 Dans l'ADN, indiquez le ou les couple(s) detrinucléotide(s) complémentaire(s) en tenantcompte des conventions d'écriture desséquences (c'est-à-dire de 5' vers 3')V o F o a. AAC et GTTV o F o b. AAC et TTGV o F oV o F oV o F oc. CAT et GTAd. CAT et ATGe. CTA et GAT4 Dans l'ADNV o F o a. Les bases G et C sont appariées pardeux liaisons hydrogènes.V o F o b. Les bases pyrimidiques sont appariéesentre elles.V o F o c. Chez les eucaryotes , l'ADN possèdeplusieurs origines de réplication.V o F o d. Dans une molécule d'ADN, le caractèrepolyanionique est dû à l'acidité du résiduphosphate dans chaque liaisonphosphodiester.V o F o e. Les deux chaînes d'une molécule d'ADNsont anti-parallèles.5 Indiquer si les assertions suivantes sont vraies oufaussesV o F o a - Dire que la réplication est semiconservatricesignifie que les brins d’ADNparentaux servent de matrice pour lasynthèse de nouveaux brins d’ADN, etqu’ainsi les molécules d’ADN filles secomposent d’un brin parental et d’un brinnéosynthétisé.V o F o b - quand on les lit dans le même sens (5’vers 3’), la séquence nucléotidique du brind’ADN néosynthètisé est la même que celledu brin matrice parental.V o F o c - Une synthèse d’ADN dans le sens 5’-3’suppose que la croissance se fasse parl’addition de dNTP à un groupe 3’-OH libreavec libération de résidus pyrophosphateinorganiques.V o F o d. La synthèse de l’ADN s’effectue dans lesens 5’-3’ sur la chaîne précoce, et dans lesens 3’-5’ sur la chaîne tardive.V o F o e - La perte de l’activité exonucléasique 3’-5’ de l’ADN polymérase d’E. coli doit ralentirle taux de synthèse de l’ADN sans toutefoisaffecter sa fidélité.Faculté de Médecine Saint-Antoine
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