II. Structure des ARN - IBMC

Hubert BeckerIBMC, Laboratoire 337, 3 ème étagehttp://www-ibmc.u-strasbg.fr/arn/enseignement/Hubert.html

PlanIII. Les architectures nucléoprotéiquesA. IntroductionB. Le SpliceosomeC. L’ARNm et export nucléocytoplasmiqueD. Polyadénylation de l’ARNm eucaryotiqueE. L’ARNm eucaryotique est une RNP1. Généralité2. La synthèse de la CAP3. L’ARNm eucaryotique et l’initiation de la traductionF. L’aa-ARNt est une RNPG. Le ribosome1. Composition2. Topologie3. Localisation des protéines ribosomales dans le ribosome des procaryotes4. Un exemple de protéine ribosomale la protéine L195. La structure cristallographique du ribosome 70S6. Les sites de fixation de l’ARNt sur le ribosome 70S7. La cryomicroscopie électronique et le ribosome8. Les polysomes chez les eucaryotesB. Les virus1. Le phage lambda2. Les virus et la cryomicroscopie électronique3. Le phage P22

Supports du courshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books

Supports du courshttp://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do

I. Les différents types d’ARNLa Transcription de l’ADNCatalysée par la RNA polymérase (RNApol) DNA-dépendanteC’est la copie du brin (-) d’ADN en ARN (+)

I. Les différents types d’ARNLa Transcription de l’ADNCatalysée par la RNA polymérase (RNApol) DNA-dépendanteC’est la copie du brin (-) d’ADN en ARN (+)La RNApol se déplace dans lesens 3’ 5’ sur le brincomplémentaire (-) d’ADN. Il ysynthèse d’une moléculed’ARN qui s’allonge de 5’ 3’de même séquence que le brin(+) de l’ADN.

II. Structure des ARNC’est la structure 3D d’un ARN ainsi que la dynamique decette structure qui donne sa fonction à une molécule d’ARNA. Structure Primaire (I aire )1. La molécule d’ARN

II. Structure des ARNC’est la structure 3D d’un ARN ainsi que la dynamique decette structure qui donne sa fonction à une molécule d’ARNA. Structure Primaire (I aire )1. La molécule d’ARN

II. Structure des ARNC’est la structure 3D d’un ARN ainsi que la dynamique decette structure qui donne sa fonction à une molécule d’ARNA. Structure Primaire (I aire )1. La molécule d’ARN4’5’3’2’91’Adénosine (Nside) = Adénine + riboseLiaison Phosphodiester 5’ 3’5’4’3’2’11’5’4’1’3’2’5’4’3’ 2’1’LiaisonN-glycosidique

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )2. Les paires de bases watson-Crick

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )2. Les paires de bases watson-Crick

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )2. Les paires de bases watson-Crick

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )2. Les paires de bases watson-Crick

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )3. Les nucléosides modifiésModificiaton and Editing ofRNABy: Grosjean (Henri Grosjean,CNRS Laboratory of StructuralEnzymology and Biochemistry& Rob Benne, University ofAmsterdam) and BenneBlackwell Publishing (1998)

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )3. Modification de l’information génétique par éditionLes nucléosides modifiés

II. Structure des ARNA. Structure Primaire (I aire )3. Modification de l’information génétique par éditionLes nucléosides modifiés

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )La chaîne d’ARN se replie dans l’espace avec une structure dite spongière

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )La chaîne d’ARN se replie dans l’espace avec une structure dite spongière

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )La chaîne d’ARN se replie dans l’espace avec une structure dite spongière

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )L’existence de ces structures secondaires permet la recherche de moléculesd’ARN dans les génomes basée sur des programmes recherchant des élémentsde structure secondaire conservés.http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

II. Structure des ARNhttp://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/B. Structure Secondaire (II aire )Exemple recherchedes gènes d’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )1. Les motifs de structure II aire de l’ARN

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )2. La structure II aire de l’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )2. La structure II aire de l’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )2. La structure II aire de l’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )3. La structure II aire de l’ARN 16S

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )1. Exemples d’éléments de structure III aire des ARN

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )1. Exemples d’éléments de structure III aire des ARN

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )2. Les paires de bases non canoniquesLa formation notamment de ces éléments de structure IIIaire fait appel à denombreuses interactions entre pdb qui ne sont pas classiques, ce sont desappariements non canoniques.

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )3. Comparaison entre l’hélice B d’ADN et l’hélice A d’ARNRNA-ADNA-B+--+Grand sillon (Major groove)

II. Structure des ARN3. Comparaison entre l’hélice B d’ADN et l’hélice A d’ARNRNA-ADNA-B+ +--Petit sillon (Minor groove)

33Приложение № 1к Правилам выпуска и обслуживания кредитных карт, предоплаченных карти расчетных карт с разрешенным овердрафтомЗАО «КРЕДИТ ЕВРОПА БАНК»ПОРЯДОК ДОСТУПА И ОБСЛУЖИВАНИЯ КЛИЕНТОВ В СИСТЕМАХИНТЕРАКТИВНОГО ГОЛОСОВОГО МЕНЮ И ЦКП1. Порядок Дистанционной Идентификации Клиента1.1. Доступ к Системам обслуживания предоставляется только после прохождения ДистанционнойИдентификации Клиента. Для прохождения Дистанционной Идентификации Банк имеет правозапросить у Клиента следующую информацию:1.1.1. 16-значный номер Карты,1.1.2. Код активации, высланный Банком на номер мобильного телефона Клиента(при осуществлении Дистанционной Идентификации с целью Активации Карты и полученияПИН кода),1.1.3. Код верификации Карты1.1.4. Числовой номер паспорта Клиента,1.1.5. Кодовое слово, указанное Клиентом,1.1.6. Дополнительные вопросы по персональной информации о Клиенте,хранящиеся в Базе данных Банка.1.2. Банк вправе отказать Клиенту в доступе к Системам обслуживания, в случае непредставлениязапрошенной информации или предоставления неверной информации.2. Активация Карты и получение ПИН-кода2.1. Активация Карты и получение ПИН-кода Карты проводится при помощи ИнтерактивногоГолосового Меню.2.2. Для доступа в Интерактивное Голосовое Меню с целью Активации Карты Клиент долженпозвонить по телефону ЦКП, указанному на оборотной стороне Карты, перевести телефон врежим тонального набора и следовать указаниям системы.2.3. Для Активации Карты Клиент должен:2.3.1.создать и ввести ПИН-код Карты,2.3.2.повторно ввести созданный ПИН-код. После успешного создания ПИН-кодаавтоматически производится Активация Карты.3. Получение информации по счету расчетной Карты3.1. Для получения финансовой информации по расчетной Карте Клиенту необходимопозвонить по телефону ЦКП, указанному на оборотной стороне Карты и следоватьуказаниям системы.3.2. Получение информации при помощи Интерактивного Голосового Меню происходитпосле ввода в тональном режиме набора номера Карты, ввода ПИН-кода Карты. После вводаПИН-кода система автоматически сообщит баланс по Карте.4. Получение информации по счету кредитной карты / расчетной карты с разрешеннымовердрафтом / расчетной карты с разрешенным овердрафтом с возможностьюпогашения задолженности минимальными платежами

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )4. Structure tertiaire d’un ARNLa structure tertiaire est acquise grâce à des interactions triples ou noncanoniques.

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )4. Structure tertiaire d’un ARN

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )5. Les ARN catalytiques ou ribozymes

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )5. Les ARN catalytiques ou ribozymes

II. Structure des ARND. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )1. La structure II aire de l’ARNt

II. Structure des ARNB. Structure Secondaire (II aire )1. La structure II aire de l’ARNt

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )Les ARNt se replient toujoursen une structure IIIaire dite enL (en fait un L renversé). CetteSt est stabilisée par desappariements à longuedistance qui peuvent parfoisêtre des appariements triplesentre 3 bases

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )G 22C 13m 7 G 46G 10C 25G 45

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )G 5518C 56G 19m 1 A 58T 54

II. Structure des ARNC. Structure Tertiaire (III aire )

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPA l’heure actuelle 2 aa sont codés par reprogrammation contexte-dépendantedes codons STOP il s’agit du 21 ème aa du CG: la sélénocystéine (Sec) et du 22 èmeaa: la Pyrrolysine (Pyl).SecCysUGA (Opale)PylUAG (ambre)LysDans ce cas, le codon STOP est toujours un STOP sauf lorsque le mRNA d’un gèneprésente une structure secondaire et/ou tertiaire indiquant au ribosome que cecodon STOP code pour un nouvel aa

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPCette reprogrammation de codon STOP = expansion ducode génétique cf répertoire en aaePourquoi er le répertoire ?Permet d’avoir de nouveau groupements (gpt) chimiques permettant defaire de nouvelles réactions enzymatiquesSec: Dans site actif de nombreuses enzymes (Ez) d’oxydoréductionPyl: Dans site actif de méthyl-transférases d’archaea méthanogènes

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPUn message sur le ribosome indiquant que ce n’est pas uncodon stop mais qu’il code le nouvel aa10-14 Nt9-12 NtNon WC quartet3-7 Nt2-13 Nt4-19 Nt

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPUn message sur le ribosome indiquant que ce n’est pas uncodon stop mais qu’il code le nouvel aa

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPUn facteur d’élongation spécifique du nouvel aa-ARNtL’addition de la Sec au répertoire du code nécessite un facteur d’élongationspécifique: SelB

II. Structure des ARNE. Structure Secondaire et Tertiaire de l’ARNm1. La reprogrammation contexte-dépendante de codons STOPUn facteur d’élongation spécifique du nouvel aa-ARNt

III. Les ribonucléoprotéinesA. IntroductionLes ribonucléoprotéines sont utilisés dans toutes les étapes de latraduction de l’information génétique:- épissage: spiceosome- export nucléocytoplasmique de l’ARNm eucaryotique- Polyadénylation de l’ARNm eucaryotique- l’ARNm eucaryotique est une RNP- l’aminoacyl-ARNt existe principalement sous forme d’une RNPdans la cellule (ARNt aaRS ou aa-ARNt EF-Tu)- le ribosome

III. Les ribonucléoprotéinesB. Le spliceosomeL’épissage catalysé par le spliceosome est l’un des 2 mécanismed’épissage qui existent

III. Les ribonucléoprotéinesB. Le spliceosomeIl fait intervenir des snRNP

III. Les ribonucléoprotéinesB. Le spliceosomeIl fait intervenir des snRNP

III. Les ribonucléoprotéinesB. Le spliceosomeIl fait intervenir des snRNP

II. Structure des ARNB. Le spliceosomeFigure 6-33. The exon definition hypothesis. According to one proposal, SR proteins bind toeach exon sequence in the pre-mRNA and thereby help to guide the snRNPs to the properintron/exon boundaries. This demarcation of exons by the SR proteins occurs cotranscriptionally,beginning at the CBC (cap-binding complex) at the 5' end. As indicated, theintron sequences in the pre-mRNA, which can be extremely long, are packaged into hnRNP(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein) complexes that compact them into moremanageable structures and perhaps mask cryptic splice sites. Each hnRNP complex forms aparticle approximately twice the diameter of a nucleosome, and the core is composed of a setof at least eight different proteins. It has been proposed that hnRNP proteins preferentiallyassociate with intron sequences and that this preference also helps the spliceosomedistinguish introns from exons. However, as shown, at least some hnRNP proteins may bindto exon sequences but their role, if any, in exon definition has yet to be established. (Adaptedfrom R. Reed, Curr. Opin. Cell Biol. 12:340–345, 2000.)

III. Les ribonucléoprotéinesC. L’ARNm eucaryotique et export nucléocytoplasmiqueL’ARNm eucaryotique est exporté sous forme d’une RNP. La plupart desprots qui sont fixées sur l’ARNm sont des prots intervenant dansl’épissage

III. Les ribonucléoprotéinesD. Polyadénylation de l’ARNm eucaryotique1. Généralités

III. Les ribonucléoprotéinesD. Polyadénylation de l’ARNm eucaryotique1. Généralités

III. Les ribonucléoprotéinesD. Polyadénylation de l’ARNm eucaryotique2. Synthèse

III. Les ribonucléoprotéinesE. L’ARNm eucaryotique est une RNP1. Généralités

III. Les ribonucléoprotéinesE. L’ARNm eucaryotique est une RNP2. Synthèse de la La CAP

III. Les ribonucléoprotéinesE. L’ARNm eucaryotique est une RNP3. L’ARNm eucaryotique et l’initiation de la traduction chez les eucaryotes

III. Les ribonucléoprotéinesE. L’ARNm eucaryotique est une RNP3. L’ARNm eucaryotique et l’initiation de la traduction chez les eucaryotes

III. Les ribonucléoprotéinesF. L’aa-ARNt dans une cellule est est une RNP1. Synthèse de l’aa-ARNtCertaines aaRS ont besoin de l’ARNt pour activer l’aa, l’ARNt joue alorsle rôle de cofacteur comme dans les RNP classiques

III. Les ribonucléoprotéinesF. L’aa-ARNt dans une cellule est est une RNP2. Prise en charge par EF-Tu

III. Les ribonucléoprotéinesG. Le ribosome1. Composition

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome1. Composition

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome1. Composition

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome2. TopologieCrevasse220 × 50 Å30Sdoigtépaule150 × 200 Å50S70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome3. Localisation des protéines ribosomales dans le ribosome des procaryotes

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome4. Un exemple de protéine ribosomale la protéine L19

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome4. Un exemple de protéine ribosomale la protéine L19

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome5. La structure cristallographique du ribosome 70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome5. La structure cristallographique du ribosome 70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome5. La structure cristallographique du ribosome 70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome6. Les sites de fixation de l’ARNt sur le ribosome 70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome6. Les sites de fixation de l’ARNt sur le ribosome 70S

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome7. La cryomicroscopie électronique et le ribosome

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome7. La cryomicroscopie électronique et le ribosome

III. Les architectures nucléoprotéiquesG. Le ribosome8. Les polysomes chez les eucaryotes

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus1. Le phage lambda

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus1. Le phage lambda

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus2. Les virus en cryomicroscopie électronique

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus3. Le phage P22Jack JohnsonDepartment of Molecular BiologyThe Scripps Research InstituteLa Jolla, CAhttp://johnsonlab.scripps.edu/

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus3. Le phage P22

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus3. Le phage P22

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus3. Le phage P22

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus1. Le phage P22P22 ~650Å diameterGenome 43,400bpGene products in viriongp1 (portal),gp5 (subunit),gp4,gp9, gp10, gp26 (tail machine)gp7, gp16, gp20 (Ejection proteins)

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus1. Le phage P22

III. Les architectures nucléoprotéiquesB. Les virus1. Le phage P22

III. Les architectures nucléoprotéiquesP22 Prohead particles (gp5,gp1)

III. Les architectures nucléoprotéiques

III. Les architectures nucléoprotéiquesProtéine d’assemblage

III. Les architectures nucléoprotéiquesP22 virions 9 gene products +43kbp DNA

III. Les architectures nucléoprotéiquesCouchesuccessivesetconcentriquesd’ADN

III. Les architectures nucléoprotéiquesAvant entrée de l’ADN

III. Les architectures nucléoprotéiquesAprès entrée de l’ADN

III. Les architectures nucléoprotéiquesCouche extérieure2 ème Couche

III. Les architectures nucléoprotéiquesCouche extérieure

III. Les architectures nucléoprotéiquesSens d’enroulement del’ADN génomique viral

III. Les architectures nucléoprotéiques

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