系统发生分析小结 - abc

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Phylip 是一个免费的系统发生 (phylogenetics) 分析软件包 ,由华盛顿大学遗传学系开发。Phylip 主要包括一下几个程序组 : 分子序列组、距离矩阵组、基因频率组、离散字符组、进化树绘制组。根据分析数据 , 选择适当的程序选择适当的分析方法 : 若分析的是 DNA 数据 , 可以选择简约法 (DNAPARS)、似然法 (DNAML,DNAMLK)、距离法 (DNADIST) 等。进行分析 : 选择好程序后 , 执行 , 读入分析数据 , 选择适当的参数 , 进行分析 , 结果自动保存为 outfile、outtree。
通过 clustalw 比对获得的蛋白序列推测进化树。注意 : 更改输出文件的默认格式 , 打开输出PHYLIP 格式选项
Page 1 and 2: LOGO系统发生分析小结
Page 3 and 4: 蛋白质与核酸中序列
Page 5 and 6: 直系同源与旁系同源
Page 7 and 8: 进化树的构建基本思
Page 9 and 10: 选择特征分子既可以
Page 11 and 12: 序列比对只有正确的
Page 13 and 14: 方法根据所处理数据
Page 15 and 16: 最大简约法 (MP) 解释
Page 17 and 18: 最大似然法 (ML) 选取
Page 19 and 20: 系统发生树的可靠性
Page 21 and 22: The bootstrap方法 : 对 “ 列
Page 23 and 24: Delete-half-jackknifing从一组
Page 25: 具体做法 ( 以 PHYLIP 包
Page 29 and 30: 软件名称网址说明PHYL
Page 31: 利用 Phylip 构建进化树
Page 35 and 36: MP 法运行 protpars.exe, 选
Page 37 and 38: 然后再运行 neighbor运行
Page 39 and 40: 总结在进行系统发生
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