Tillverkning av DNA-konstrukt med hjälp av enzymatiska metoder

Figur 5-3: Verifiering av linjära DNA-molekyler. En denaturerande 5 % polyakrylamidgel som
efterinfärgades med Sybrgold för att bekräfta att det utifrån cirkulärt ΦX174-genom skapats linjära DNAmolekyler.
1: ΦX174-genom där 85 % är cirkulärt och 15 % är linjärt (31,2 µM DNA-bas). 2: RE1 (25,26
µM DNA-bas). 3: RE2 (25,26 µM DNA-bas). 4: PCR1 (22,8 µM DNA-bas). 5: PCR2 (22,8 µM DNA-bas).
Notera att bana 1 har en högre koncentration av DNA-baser.
Då DNA-molekylerna i bana 2-5 har migrerat in på gelen indikerar det att DNA-molekylerna är
linjära. En jämförelse kan göras med bana 2, där de cirkulära ΦX174-genomen fastnat i brunnen.
Avsaknaden av DNA i brunnarna hos bana 2-5 tyder på att proven endast innehåller linjära DNAsekvenser.
Figur 5-3 ger också en indikation av storleken på DNA-fragmenten. De 15 % linjära fragmenten
av ΦX174-genomet i bana 1 har migrerat på gelen och kan därför användas som storleksmarkör
för 5386 baser. DNA-sekvenserna i bana 2-5 har migrerat lika långt som det linjära bandet i bana
1. Resultatet tyder på att både RE- och PCR-metoden genererade linjära DNA-fragment av en
uppskattad längd på 5386 baser.
Proverna framställda med PCR-metoden verkade innehålla en större variation av längder på de
linjära DNA-fragmenten jämfört med de RE-baserade proverna i Figur 5-3. Denna observation bekräftades
med intensitetsanalys av bana 2-5 i Figur 5-4. I figurerna plottas antalet DNA-molekyler
mot sträckan som de har migrerat på gelen, där brunnen är vid 0 mm på den horisontella axeln.
Figur 5-4a och 5-4b visar intensitetskurvorna för DNA-molekylerna framställda med RE-metoden.
Figur 5-4c och 5-4d visar intensitetskurvorna för DNA-molekylerna framställda med PCR-metoden.
18