Tillverkning av DNA-konstrukt med hjälp av enzymatiska metoder

O Ligering
Volymer tillsatta provet hybrisirerat RE-konstrukt för ligering:
• 2 µl 50% PEG4000 solution
• 0,4 µl T4 DNA ligase
• 1 µl EDTA (0,2 µM)
EDTA tillsattes först efter ligering och inaktivering.
P Undersökning av sekundärstrukturer i DNA-handtag
I Tabell P-1 presenteras de prover som laddades på icke-denaturerande 5 % polyakrylamidgel av
anledning av verifiera eventuella sekundärstrukturer hos DNA-handtagen.
Tabell P-1: Prover för att verifiera sekundärstrukturer hos DNA-handtag.
Provnummer Innehåll
1 4 µl O’RangeRuler 500 bp DNA Ladder (0,5
µg/µl)
1 µl formamid
1 µl Sybrgold (2x)
2 1 µl ΦX174 (312 pmol DNA-bas)
0,5 µl 6X Orange DNA Loading Dye
4,4 µl formamid
1 µl Sybrgold (2x)
3 0,2 µl RE1 (256 pmol DNA-bas)
0,5 µl 6X Orange DNA Loading Dye
4,3 µl formamid
1 µl Sybrgold (2x)
4 0,2 µl RE2 (256 pmol DNA-bas)
0,5 µl 6X Orange DNA Loading Dye
4,3 µl formamid
1 µl Sybrgold (2x)
Q Beräkning av DNA-molekyler/polystyrenskula i kulgradient
(Matlab)
Följande skript skrevs i Matlab för att beräkna antalet DNA-molekyler per polystyrenkula.
clc
%% ps kulorna
r=1.05e-6; % m
vkula=4*pi*r^3/3; % m^3
rps=1.05; % g/cm^3
wkula=rps*1e6*vkula; % gram
vsolbs=[0.5e-6 1e-6 1.5e-6 2e-6 3e-6] % volym kullsg. bs=biotin/streptavidin
vsoldad=[2.5e-6 5e-6 7.5e-6 10e-6 15e-6] % volym kullsg. dad=DIG/Anti-DIG
wsolbs=vsolbs*1e3 % gram antagit att lsg. är 1kg/liter
wsoldad=vsoldad*1e3
wbskulortot=wsolbs*0.005 % Xg*0.005 (w/v)
wdadkulortot=wsoldad*0.001
Npskulorbs=wbskulortot/wkula
Npskulordad=wdadkulortot/wkula
47