Visualisierung biochemischer Netzwerke - Arbeitsbereich für ...

Visualisierung abstrakter Daten SS 2004
Felix Schernhammer TU Wien
Das sind einige Visualisierungen, die mit
ChemDraw erstellt wurden.
Ein weiteres sehr ähnliches Tool ist ISIS
Draw von MDL (s.o.).
2.3 3D Visualisierung von Biomolekülen
Durch 3D Visualisierungen kann die tatsächliche räumliche Struktur von Molekülen
visualisiert werden. Zum einen ergibt sich diese Struktur durch Kräfte, die zwischen den
Molekülen bzw. Atomen wirken. Die Struktur, die durch diese Kräfte (z.B. Van der Waals
Kräfte) entsteht ist von minderem Interesse für die Wissenschaft, weil durch sie meist keine
neuen Eigenschaften des Moleküls gebildet werden. Zum anderen werden bestimmte
Moleküle so geformt, dass sie durch eben diese Form zusätzliche Eigenschaften erhalten. (vgl.
Tertiärstruktur von Proteinen (s.o.))
3D Visualisierungen können natürlich aus den oben genannten 2D Visualisierung mittels der
Plugins ADD/3D für ISIS Draw und Chem 3D für ChemDraw erzeugt werden. Das
Standardverfahren um Moleküle 3-dimensional zu visualisieren ist allerdings das erzeugen
eines .pdb Files. In diesen Files wird jedes Atom mit den dazugehörigen Koordinaten im 3-
dimensionalen Raum (und zusätzlichen Eigenschaften (u.a. Ladung)) gespeichert. Es gibt nun
mehrere Tools, die in der Lage sind aus solchen Dateien 3D Visualisierung zu erzeugen. Zwei
der bekanntesten sind Chime von MDL und das Freeware-Tool RasMol von Roger Sayle.
Visualisierung biochemischer Netzwerke Seite 13/26