GC/52/2 - IARC

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Tableau 1. Projet de système de classification des variants de séquence identifiés par test génétique Classe Description Probabilité d'être pathogène 5 Certainement pathogène >0,99 4 Probablement pathogène 0,95–0,99 3 Incertain 0,05–0,949 2 Probablement pas pathogène ou d'importance clinique négligeable 0,001–0,049 1 Non pathogène ou sans importance clinique
dans CDKN2A, nous avons réalisé une MPLA («multiplex ligation-dependent probe amplification») sur la série française de familles sujettes au mélanome. Dans l’ensemble, nous avons montré que les délétions génomiques représentaient 2,1% des mutations totales observées dans cette série (*Lesueur et coll., 2008). Chez les familles sujettes au mélanome, l’effet des mutations dans CDKN2A varie non seulement en fonction du phénotype des individus (type de peau, nombre de naevus, sensibilité au soleil), mais aussi de la présence de variants génétiques du gène de la pigmentation, MC1R, hautement polymorphe. Nous avons également étudié l’impact des gènes GST, impliqués dans la détoxication des métabolites après exposition aux UV, sur le risque de mélanome dans des familles sujettes au mélanome sur plusieurs générations, porteuses de mutations CDKN2A. Nous avons observé que l’allèle nul GSTT1 modifie le risque de développer un mélanome chez les porteurs d’une mutation CDKN2A conférant un risque élevé, et ce, même après ajustement sur le génotype MC1R et les facteurs d’hôte. Il est donc clair que de multiples modificateurs génétiques influencent le risque de mélanome (*Chaudru et coll., 2009). Le Groupe <strong>GC</strong>S a acquis une plateforme Illumina BeadArray reader/Goldengate, en avril 2008. Les flux de travail pour le génotypage des SNP, les profilages de méthylation et d’expression de gènes ont été validés et le personnel du Groupe a été formé en conséquence. Plusieurs projets ont été réalisés sur la plate-forme Illumina. En appui à un projet de <strong>GC</strong>S sur la génétique du cancer du sein, nous avons créé et validé une série de marqueurs ancestraux informatifs avec un jeu de 384 SNP. En appui à un projet du Groupe EGE, nous avons utilisé le kit Illumina Cancer Panel I methylation, pour établir le profil de méthylation des promoteurs de 807 gènes associés au cancer dans une série de tissus provenant de cancers hépatocellulaires, du sein et de l’œsophage, ainsi que dans les tissus environnants. En appui à un projet du Groupe MOC, la plate-forme Illumina a permis de réaliser le profil d’expression de gènes dans des séries de lignées cellulaires de cancer du sein, pour évaluer de quelle façon le statut de p53 affecte la réponse transcriptionnelle de ces cellules à l’œstradiol ou au tamoxifène, modulateur sélectif des récepteurs à œstrogènes. Des analyses sont en cours et un manuscrit devrait suivre. En adoptant une stratégie semblable à celle développée pour identifier et analyser les gènes de risque modéré pour le cancer du sein, notre prochain objectif est d’étudier des gènes candidats de prédisposition au mélanome dans la voie de pigmentation, grâce à un criblage mutationnel cas-témoins sur des individus de la cohorte EPIC. Services groupe prédispositions génétiques au cancer 103
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Centre international de Recherche s
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ISBN 978-92-832-0426-8 ISSN 1017-34
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Table des matières Introduction 1
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Course on Introduction to Cancer Re
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women attending cervical cancer scr
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Groupe Production Epidémiologie de
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era les différents moyens d’asso
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Le Volume 100 indique un degré plu
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composant invariable Skp1 du comple
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