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h) O único aminoácido que possui um alfa-amino grupo substituído. Influencia o dobramentoda proteína forçando uma curvatura na cadeia.i) O grupo R tem pKa próximo de 4 e assim está carregado negativamente em pH 7.j) Tem grupo R aromático, capaz de formar pontes de hidrogênio; tem pKa perto de 10.k) Forma ligações cruzadas de dissulfeto (pontes de dissulfeto) entre cadeias polipeptídicas,o pKa do seu grupo funcional é cerca de 8.l) O grupo R tem pKa próximo de 12, fazendo-o positivamente carregado em todos os pHsfisiológicos. Sua carga positiva é importante em algumas proteínas para a ligação comgrupos fosfatos negativamente carregados.m) Quando seu grupo R polar não carregado é hidrolisado, este aminoácido converte-se emoutro que possui uma carga negativa em seu grupo R quando em pH ao redor de 7.06.Wood et al., Biochemistry: A Problems Approach, Capítulo 2, Problema 2-2. Analisandoas estruturas dos aminoácidos, indique qual deles se adapta às seguintes descrições:a) ______________________ altera o dobramento da cadeia polipeptídica porque não é umverdadeiro aminoácido. Nas cadeias polipeptídicas da mioglobina e hemoglobina nemtodo dobramento tem ________________, mas todo(a) _________ produz umdobramento. (Todos os três espaços vazios correspondem ao mesmo resíduo deaminoácido, o qual é único na maneira pela qual ele forma ligações peptídicas).b) ________________ tem uma cadeia lateral não polar e interage com outros anéisaromáticos. (Os anéis aromáticos têm a tendência a se empilhar (estaquear) com outrosanéis aromáticos).c) ______________ é pequeno(a), e não contém enxofre. Ele (ela) pode formar pontes dehidrogênio internas numa proteína enovelada.d) O par de elétrons solitário em um dos nitrogênios do anel no(a) ______________, o(a)torna, como metionina um ligante potencial, importante na união dos íons de ferro nahemoglobina.e) ______________________ desempenha um papel crucial na estabilização da estrutura demuitas proteínas em virtude da habilidade de dois de tais resíduos formar uma ligaçãocovalente entre suas cadeias laterais, quando estes resíduos estão presentes na mesma ouem diferentes cadeias polipeptídicas.f) Os carbonos em um aminoácido são designados por letras do alfabeto grego começandocom o carbono alfa e extendendo pela cadeia lateral: beta, gama, delta, ... Se dois ou trêsgrupos (não átomos de hidrogênio) são ligados ao carbono beta, a molécula é ditaramificada no carbono beta. Dois resíduos adjacentes que têm ramificações no carbono βtornam a estrutura do polipeptídeo conhecido como alfa hélice instável. Por este critério__________, ________ e ________ devem interromper a α-hélice quando adjacentes.g) Nas proteínas, sob condições fisiológicas normais (próximo ao pH = 7), as cadeias lateraisde ________ e __________ são quase totalmente positivamente carregadas, mas ascadeias laterais de __________ estão somente em parte positivamente carregadas.PEPTÍDEOS1. Baseado em Marzzoco e Torres, Bioquímica Básica, Página 220, Problema 3.Para o tripeptídeo H 3 N + -Ala-Lys-Ser-COO -a) Classifique os grupos R segundo suas polaridades.b) Diga para que tipo de ligação esses grupos poderiam contribuir na estrutura terciária deuma proteína.c) Calcule o pI sabendo que:
Ala Lys Ser GlupK a1 2,34 2,18 2,21 2,19pK a2 9,69 8,95 9,15 9,67pK a3 (grupo R) 10,53 4,25d) Para que polo migraria o tripeptídeo numa eletroforese feita a pH = 7?e) Discuta a capacidade do peptídeo de atuar como tampão.f) Refaça os ítens anteriores para um tripeptídeo contendo ácido glutâmico no lugar delisina.02. Stryer, Biochemistry, 3 a edição, Capítulo 3, Problema 1. Os seguintes reagentes sãocomumente usados na Química de Proteínas:CNBr (brometo de cianogênio) Cloreto de DabsilaUréiaHCl 6Nβ-MercaptoetanolNinhidrinaTripsinaFenil isotiocianatoÁcido PerfórmicoQuimiotripsinaQual(is) dele(s) é(são) o(s) mais adequado(s) para executar cada uma das seguintes tarefas?a) Determinação da sequência de aminoácidos de um peptídeo pequeno.b) Identificação de um resíduo amino-terminal de um peptídeo (do qual dispõe-se somentede menos de 10 -7 g).c) Desnaturação reversível de uma proteína isenta de pontes de dissulfeto. Que outroreagente seria necessário se elas estivessem presentes?d) Hidrólise de ligações peptídicas no lado carboxílico de resíduos com R aromático.e) Clivagem de ligações peptídicas no lado carboxílico de metioninas.f) Hidrólise de ligações peptídicas no lado carboxílico de resíduos de lisina e arginina.03. Rawn, Biochemistry, Capítulo 3, Problema 4. Um peptídeo tem a composição: Ala, Arg,Asp 2 , Glu 2 , Gly 3 , Leu, Val 3 .Os seguintes peptídeos foram isolados após hidrólise ácida parcial e suas sequênciasdeterminadas:(1) Asp-Glu-Val-Gly-Gly-Glu-Ala(2) Val-Asp-Val-Asp-Glu(3) Val-Asp-Val(4) Glu-Ala-Leu-Gly-Arg(5) Val-Gly-Gly-Glu-Ala-Leu-Gly-Arg(6) Leu-Gly-ArgCom estes dados, indique a sequência de aminoácidos no peptídeo original.04. Segel, Biochemical Calculations, Capítulo 2, Problema 2-3. A hidrólise parcial de umaproteína forneceu vários polipeptídeos. Um deles foi purificado. Deduza a sequência deaminoácidos neste polipeptídeo a partir das seguintes informações:a) A hidrólise ácida completa forneceu Ala + Arg + 2 Ser + Lys + Phe + Met + Trp + Pro.b) O tratamento com fluorodinitrobenzeno (FDNB, o reagente de Sanger) seguido dahidrólise ácida completa forneceu como únicos dinitrofenil derivados (DNP derivados), aalfa- dinitrofenilalanina (alfa-DNP-Ala) e a epsilon-dinitrofenilisina (epsilon-DNP-Lys).c) Carboxipeptidase A ou carboxipeptidase B não liberaram qualquer aminoácido Cterminal.d) O tratamento com brometo de cianogênio (CNBr) forneceu dois peptídeos. Um continhaSer + Trp + Pro. O outro continha todos os aminoácidos restantes (inclusive a segundaserina).e) O tratamento com quimiotripsina forneceu três peptídeos. Um continha somente Ser +Pro. Outro, somente Met + Trp. O terceiro Phe + Lys + Ser + Arg + Ala.
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